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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xqa | ||||||
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タイトル | Structure of a possible Glyoxalase from Bacillus cereus | ||||||
![]() | Glyoxalase/Bleomycin resistance protein | ||||||
![]() | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Dioxygenase / Glyoxalase/Bleomycin resistance / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Protein Structure Initiative / PSI | ||||||
機能・相同性 | ![]() 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase, domain 1 / 2,3-Dihydroxybiphenyl 1,2-Dioxygenase; domain 1 / Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase / Roll / Alpha Beta 類似検索 - ドメイン・相同性 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Cuff, M.E. / Li, H. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structure of a possible Glyoxalase from Bacillus cereus 著者: Cuff, M.E. / Li, H. / Joachimiak, A. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG) | ||||||
履歴 |
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Remark 600 | HETEROGEN THE LIGAND LABELED P6G IS TECHNICALLY FRAGMENTS OF PEG MME 550. |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 63 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 50.3 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 609.4 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 612.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 14.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 12891.105 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 生物種: Bacillus cereus / 株: ATCC 14579 / DSM 31 / 遺伝子: AAP10513 / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-P6G / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.5 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: PEG MME 550, NaCl, BisTris, glycerol, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 150 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月30日 / 詳細: SBC3 |
放射 | モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.980141 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→38.06 Å / Num. all: 19959 / Num. obs: 19959 / % possible obs: 98.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Net I/σ(I): 6.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.81→1.89 Å / 冗長度: 4.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Rsym value: 0.372 / % possible all: 94.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.358 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.45 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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