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- PDB-1xq1: X-RAY STRUCTURE OF PUTATIVE TROPINONE REDUCATSE FROM ARABIDOPSIS ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xq1
タイトルX-RAY STRUCTURE OF PUTATIVE TROPINONE REDUCATSE FROM ARABIDOPSIS THALIANA GENE AT1G07440
要素PUTATIVE TROPINONE REDUCATSE
キーワードOXIDOREDUCTASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / CESG / AT1G07440 / REDUCTIVELY METHYLATED PROTEIN / PUTATIVE TROPINONE REDUCTASE / PSI / Center for Eukaryotic Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


酸化還元酵素; CH-OHの結合に対し酸化酵素として働く; NAD又はNADPを用いる / oxidoreductase activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Tropinone reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Enoyl-(Acyl carrier protein) reductase / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Tropinone reductase homolog At1g07440 / Tropinone reductase homolog At1g07450
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Wesenberg, G.E. / Smith, D.W. / Phillips Jr., G.N. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Allard, S.T.M. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: X-RAY STRUCTURE OF PUTATIVE TROPINONE REDUCATSE FROM ARABIDOPSIS THALIANA GENE AT1G07440
著者: Center for Eukaryotic Structural Genomics
履歴
登録2004年10月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年2月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Advisory / Refinement description / カテゴリ: pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / software
改定 1.42023年8月23日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PUTATIVE TROPINONE REDUCATSE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3601
ポリマ－28,3601
非ポリマー00
水1,02757
1
A: PUTATIVE TROPINONE REDUCATSE

A: PUTATIVE TROPINONE REDUCATSE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,7212
ポリマ－56,7212
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
Buried area2030 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area20910 Å2
手法PISA
2
A: PUTATIVE TROPINONE REDUCATSE

A: PUTATIVE TROPINONE REDUCATSE

A: PUTATIVE TROPINONE REDUCATSE

A: PUTATIVE TROPINONE REDUCATSE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)113,4414
ポリマ－113,4414
非ポリマー00
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-x+1,-y+1,z1
crystal symmetry operation3_655-x+1,y,-z1
crystal symmetry operation4_565x,-y+1,-z1
Buried area11960 Å2
ΔGint-72 kcal/mol
Surface area33920 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)56.335, 76.599, 112.134
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-338-

HOH

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要素

#1: タンパク質 PUTATIVE TROPINONE REDUCATSE


分子量: 28360.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At1g07440 / プラスミド: pVP-13 (pQE derivative) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) p(LacI+RARE) / 参照: UniProt: Q9ASX2, UniProt: P0DKI3*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.13 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.33 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 10 MG/ML PROTEIN, 12 PERCENT MEPEG 2000, 0.21 M AMMONIUM SULFATE, 0.10 M PIPES, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: APS-1 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月31日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: water cooled; sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→38.3 Å / Num. all: 14486 / Num. obs: 14488 / % possible obs: 99.6 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 5.9 % / Biso Wilson estimate: 25.4 Å2 / Limit h max: 26 / Limit h min: 0 / Limit k max: 36 / Limit k min: 0 / Limit l max: 53 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 117786.47 / Observed criterion F min: 0.3 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 21.533
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allΧ2% possible all
2.1-2.1560.3275.659310.92299.9
2.15-2.20.2729550.998100
2.2-2.260.2469620.979100
2.26-2.330.2079491.016100
2.33-2.40.1739491.122100
2.4-2.490.1399511.103100
2.49-2.590.1149601.154100
2.59-2.710.0999811.211100
2.71-2.850.0789681.027100
2.85-3.030.0629481.079100
3.03-3.260.0519800.97599.9
3.26-3.590.0459741.147100
3.59-4.110.0419881.19399.9
4.11-5.180.0349931.02699.9
5.18-500.0229990.98594.5

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation3 Å38.3 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1AE1

1ae1


解像度: 2.1→38.3 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.316 729 5 %random
Rwork0.255 ---
all-14583 --
obs-14486 99.3 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 55.0751 Å2 / ksol: 0.360732 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 77 Å2 / Biso mean: 36.62 Å2 / Biso min: 18.53 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-5.62 Å20 Å20 Å2
2---1.34 Å20 Å2
3----4.28 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.35 Å0.28 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.21 Å0.13 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→38.3 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1632 0 0 57 1689
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.1
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_deg21.9
X-RAY DIFFRACTIONc_torsion_impr_deg0.69
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.1-2.190.2938750.24116540.0311782174197.7
2.19-2.310.32810760.26816900.0321798179799.9
2.31-2.450.3191156.40.25716920.031809180799.9
2.45-2.640.29995.50.25317060.0291810180599.7
2.64-2.910.335874.80.25717090.03617961796100
2.91-3.330.308703.80.24717660.0371837183699.9
3.33-4.190.238844.60.23717370.0261822182199.9
4.19-38.30.409804.20.27318030.0461942188396.9
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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