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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xpr
タイトルStructural mechanism of inhibition of the Rho transcription termination factor by the antibiotic 5a-formylbicyclomycin (FB)
要素
  • 5'-R(*CP*UP*CP*UP*CP*UP*CP*U)-3'
  • Rho transcription termination factor
キーワードTRANSCRIPTION/RNA / Rho / 5a-formylbicyclomycin / FB / ATPgammaS / TRANSCRIPTION-RNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


methane monooxygenase (soluble) / methane monooxygenase [NAD(P)H] activity / ATP-dependent activity, acting on RNA / one-carbon metabolic process / helicase activity / DNA-templated transcription termination / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding ...methane monooxygenase (soluble) / methane monooxygenase [NAD(P)H] activity / ATP-dependent activity, acting on RNA / one-carbon metabolic process / helicase activity / DNA-templated transcription termination / 加水分解酵素; 酸無水物に作用; 酸無水物に作用・細胞または細胞小器官の運動に関与 / ATP hydrolysis activity / RNA binding / ATP binding / metal ion binding / identical protein binding / membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Propane/methane/phenol/toluene hydroxylase / Methane/Phenol/Alkene Hydroxylase / Transcription termination factor Rho / Rho termination factor, N-terminal / Rho termination factor, RNA-binding domain / Transcription termination factor Rho, ATP binding domain / Rho termination factor, RNA-binding domain / Rho termination factor, N-terminal domain / Rho RNA-binding domain profile. / Rho termination factor, N-terminal domain ...Propane/methane/phenol/toluene hydroxylase / Methane/Phenol/Alkene Hydroxylase / Transcription termination factor Rho / Rho termination factor, N-terminal / Rho termination factor, RNA-binding domain / Transcription termination factor Rho, ATP binding domain / Rho termination factor, RNA-binding domain / Rho termination factor, N-terminal domain / Rho RNA-binding domain profile. / Rho termination factor, N-terminal domain / Rho termination factor, N-terminal domain superfamily / Cold shock domain / Cold shock protein domain / Ribonucleotide reductase-like / ATPase, F1/V1/A1 complex, alpha/beta subunit, nucleotide-binding domain / ATP synthase alpha/beta family, nucleotide-binding domain / Nucleic acid-binding proteins / Ferritin-like superfamily / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Nucleic acid-binding, OB-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Beta Barrel / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / 5A-FORMYLBICYCLOMYCIN / RNA / Transcription termination factor Rho / Methane monooxygenase component A alpha chain
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.15 Å
データ登録者Skordalakes, E. / Brogan, A.P. / Park, B.S. / Kohn, H. / Berger, J.M.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: Structural mechanism of inhibition of the rho transcription termination factor by the antibiotic bicyclomycin
著者: Skordalakes, E. / Brogan, A.P. / Park, B.S. / Kohn, H. / Berger, J.M.
履歴
登録2004年10月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
G: 5'-R(*CP*UP*CP*UP*CP*UP*CP*U)-3'
M: 5'-R(*CP*UP*CP*UP*CP*UP*CP*U)-3'
H: 5'-R(*CP*UP*CP*UP*CP*UP*CP*U)-3'
J: 5'-R(*CP*UP*CP*UP*CP*UP*CP*U)-3'
K: 5'-R(*CP*UP*CP*UP*CP*UP*CP*U)-3'
L: 5'-R(*CP*UP*CP*UP*CP*UP*CP*U)-3'
A: Rho transcription termination factor
B: Rho transcription termination factor
C: Rho transcription termination factor
D: Rho transcription termination factor
E: Rho transcription termination factor
F: Rho transcription termination factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)301,76029
ポリマ－296,82412
非ポリマー4,93717
水00
1
G: 5'-R(*CP*UP*CP*UP*CP*UP*CP*U)-3'
A: Rho transcription termination factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,0184
ポリマ－49,4712
非ポリマー5482
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
M: 5'-R(*CP*UP*CP*UP*CP*UP*CP*U)-3'
B: Rho transcription termination factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3485
ポリマ－49,4712
非ポリマー8783
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
H: 5'-R(*CP*UP*CP*UP*CP*UP*CP*U)-3'
C: Rho transcription termination factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3485
ポリマ－49,4712
非ポリマー8783
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
J: 5'-R(*CP*UP*CP*UP*CP*UP*CP*U)-3'
D: Rho transcription termination factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3485
ポリマ－49,4712
非ポリマー8783
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
K: 5'-R(*CP*UP*CP*UP*CP*UP*CP*U)-3'
E: Rho transcription termination factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3485
ポリマ－49,4712
非ポリマー8783
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
L: 5'-R(*CP*UP*CP*UP*CP*UP*CP*U)-3'
F: Rho transcription termination factor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,3485
ポリマ－49,4712
非ポリマー8783
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)210.526, 109.679, 160.046
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 108.16, 90.00
Int Tables number5
Cell settingmonoclinic
Space group name H-MC121

-
要素

#1: RNA鎖
5'-R(*CP*UP*CP*UP*CP*UP*CP*U)-3'


分子量: 2400.433 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: ssRNA
#2: タンパク質
Rho transcription termination factor


分子量: 47070.168 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22869, UniProt: P0AG30*PLUS
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-AGS / PHOSPHOTHIOPHOSPHORIC ACID-ADENYLATE ESTER / ATP-GAMMA-S / ADENOSINE 5'-(3-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE 5'-(GAMMA-THIOTRIPHOSPHATE) / ADENOSINE-5'-DIPHOSPHATE MONOTHIOPHOSPHATE / ATP-γ-S


分子量: 523.247 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O12P3S
コメント: ATP-gamma-S, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#5: 化合物
ChemComp-FB / 5A-FORMYLBICYCLOMYCIN


分子量: 330.291 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C13H18N2O8

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5
詳細: PEG 3350, Na Cacodylate, NaCl, glycerol, Na DihydrogenPhosphate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 293K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 335011
2NaCl11
3glycerol11
4NaH2PO411
5sodium Cacodylate11
6PEG 335012
7NaCl12
8glycerol12
9NaH2PO412

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.1 Å
検出器検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.15→20 Å / Num. obs: 49136 / % possible obs: 86.5 % / Observed criterion σ(I): 1
反射 シェル解像度: 3.15→3.23 Å / % possible all: 76.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.2精密化
CCP4(SCALA)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.15→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.89 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.889 / SU B: 64.294 / SU ML: 0.494 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.64 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.29582 2613 5 %RANDOM
Rwork0.27357 ---
obs0.28389 49136 86.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 58.041 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.15 Å20 Å2-2.04 Å2
2---1.55 Å20 Å2
3----0.88 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.15→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19268 239 307 0 19814
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.02220120
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0812.00127193
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.99452423
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.16324.189888
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.528153730
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.57415162
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.23125
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0214666
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1840.29262
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2920.213685
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.140.2507
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0580.26
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1350.252
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.0990.23
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.3081.512595
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.551219617
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.18538393
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.2954.57576
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.15→3.23 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.408 173 -
Rwork0.41 3129 -
obs--76.74 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
113.54080.9174-1.45760.65950.40836.139-0.1029-0.3011-1.1458-0.3639-0.0899-0.14181.3582-0.41570.1927-0.0964-0.0129-0.2986-0.76480.11720.0384-10.1269-43.6666-5.6929
23.626-0.05130.86687.13640.92390.33-0.3767-0.3-0.22540.30810.09120.7109-0.3525-0.79750.2855-0.2385-0.020.0649-0.1067-0.0880.3779-36.7457-5.595311.0071
30.82190.61411.52377.5386-6.357210.76070.06230.81690.5011-0.34360.04870.6836-0.0614-0.6449-0.111-0.40770.17430.0013-0.2337-0.0652-0.0323-17.621539.373118.0407
44.11620.0792-3.65497.71542.60834.17550.41220.24820.3853-0.2603-0.326-0.3657-0.29820.9286-0.0862-0.071-0.0889-0.0015-0.03310.166-0.038731.148747.075714.9589
52.2947-2.636-0.508414.87634.60961.48040.22760.23410.1492-0.79520.5583-0.6684-0.34110.8321-0.7859-0.3868-0.14360.24720.0640.14450.135164.666710.310713.9146
64.5045-0.4634-1.16687.9949-1.2581.0753-0.27130.3672-0.1888-0.15570.339-0.56240.3536-0.0274-0.0677-0.17270.09080.13370.0202-0.2093-0.044952.8909-37.27621.4652
71.5393-0.62910.9442.07081.08094.54520.40570.0097-0.1747-0.0282-0.4160.47290.0663-0.34120.0103-0.2151-0.2188-0.0782-0.30940.04120.1401-20.5528-26.59584.897
80.8360.10980.85252.95460.45473.36090.0131-0.0017-0.1367-0.32990.0120.5306-0.2629-0.0729-0.0251-0.40850.08760.07160.0734-0.14250.1372-27.245714.015217.2213
92.4391-0.17570.40210.5653-0.36833.8957-0.0010.45560.26830.18950.0341-0.0297-0.3279-0.0649-0.03310.00820.05890.0172-0.2605-0.0368-0.06324.850142.336519.8042
101.6457-1.18890.66912.32870.28523.07570.26180.19230.2743-0.5598-0.3092-0.5157-0.04630.13740.0474-0.1401-0.21010.143-0.00860.1710.074246.195330.059917.7594
111.03090.88460.20982.7903-0.71344.2895-0.22910.0385-0.1484-0.65510.2846-0.42280.27580.0483-0.0555-0.34360.05580.20280.0875-0.0603-0.051459.3821-10.877120.6829
120.9929-0.4677-0.45292.2099-0.59435.2712-0.10280.7147-0.47-0.29580.12270.28080.2628-0.1543-0.02-0.0234-0.15610.0002-0.1469-0.1057-0.151432.9756-42.953431.6472
130.8402-0.5407-0.62191.76950.8472.94680.0245-0.1726-0.15620.26230.06570.11930.42510.1975-0.09020.0134-0.05950.0111-0.27290.12770.0709-5.9144-23.117326.8084
140.91360.27070.30422.44341.06963.42270.047-0.2944-0.16930.26350.01830.05980.2279-0.1269-0.0653-0.1259-0.03670.1409-0.00820.0370.0075-12.46356.333237.7946
152.0740.29980.45690.4512-0.20213.015-0.005-0.0858-0.07430.198300.0321-0.1043-0.12530.005-0.04890.03690.0341-0.1605-0.1044-0.08910.05329.021242.0298
162.8464-1.0730.57572.0337-0.17352.2372-0.1784-0.21330.11320.35060.1445-0.2152-0.23590.02090.034-0.1639-0.0951-0.0509-0.1407-0.0315-0.084441.370722.434742.4426
170.95930.3210.56192.3366-0.76422.88290.098-0.07810.05580.3833-0.1332-0.2343-0.06620.14730.0352-0.25550.0112-0.01210.0121-0.0297-0.057653.0448-7.123746.1813
181.1540.0828-0.23171.1195-0.63623.09160.03920.1766-0.05450.03310.0053-0.05430.2116-0.1963-0.0445-0.1058-0.0338-0.0126-0.12540.017-0.226935.0588-32.061155.4898
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360000000000000000.0006-0.0012-0.00250.00220.00250.000544.9298-24.299352.2447
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41101.0669-80.353937.523429.0134192.5327149.35351.70774.64231.99594.4321-0.0085-2.43461.6129-3.3437-1.69920.11450.11870.13290.00780.0882-0.025741.0237-19.789651.1536
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4590.19724.815-20.78538.2639-32.3845126.95051.46680.1464-6.1475-0.1186-0.8562-3.87521.6466-3.9767-0.61050.00160.001800.00440.0025-0.001333.079627.25196.9242
46125.2803-33.8348-39.584156.196321.715558.0497-1.540.8795-2.2534-0.1927-4.2298-0.08044.5551-5.03835.7698-0.00430.0011-0.0033-0.001-0.00870.001647.4904-3.751810.4119
476.2263-9.7996-19.455515.604636.7259266.654-0.19382.12123.09731.4455-1.94347.3395-0.08640.20422.13710.0008-0.0033-0.00830.00010.0035-0.001531.4943-29.827719.4904
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AG1 - 461 - 46
2X-RAY DIFFRACTION2BH1 - 461 - 46
3X-RAY DIFFRACTION3CI1 - 461 - 46
4X-RAY DIFFRACTION4DJ1 - 461 - 46
5X-RAY DIFFRACTION5EK1 - 461 - 46
6X-RAY DIFFRACTION6FL1 - 461 - 46
7X-RAY DIFFRACTION7AG47 - 15547 - 155
8X-RAY DIFFRACTION8BH47 - 15547 - 155
9X-RAY DIFFRACTION9CI47 - 15547 - 155
10X-RAY DIFFRACTION10DJ47 - 15547 - 155
11X-RAY DIFFRACTION11EK47 - 15547 - 155
12X-RAY DIFFRACTION12FL47 - 15547 - 155
13X-RAY DIFFRACTION13AG156 - 400156 - 400
14X-RAY DIFFRACTION14BH156 - 400156 - 400
15X-RAY DIFFRACTION15CI156 - 400156 - 400
16X-RAY DIFFRACTION16DJ156 - 400156 - 400
17X-RAY DIFFRACTION17EK156 - 400156 - 400
18X-RAY DIFFRACTION18FL156 - 400156 - 400
19X-RAY DIFFRACTION19AG401 - 417401 - 417
20X-RAY DIFFRACTION20BH401 - 417401 - 417
21X-RAY DIFFRACTION21CI401 - 417401 - 417
22X-RAY DIFFRACTION22DJ401 - 417401 - 417
23X-RAY DIFFRACTION23EK401 - 417401 - 417
24X-RAY DIFFRACTION24FL401 - 417401 - 417
25X-RAY DIFFRACTION25AS16001
26X-RAY DIFFRACTION26BT26001
27X-RAY DIFFRACTION27CU36001
28X-RAY DIFFRACTION28DV46001
29X-RAY DIFFRACTION29EW56001
30X-RAY DIFFRACTION30FX66001
31X-RAY DIFFRACTION31AM16011
32X-RAY DIFFRACTION32BN26011
33X-RAY DIFFRACTION33CO36011
34X-RAY DIFFRACTION34DP46011
35X-RAY DIFFRACTION35EQ56011
36X-RAY DIFFRACTION36FR66011
37X-RAY DIFFRACTION37BY27011
38X-RAY DIFFRACTION38CZ37011
39X-RAY DIFFRACTION39DAA47011
40X-RAY DIFFRACTION40EBA57011
41X-RAY DIFFRACTION41FCA67011
42X-RAY DIFFRACTION42GA1 - 26 - 7
43X-RAY DIFFRACTION43MB1 - 26 - 7
44X-RAY DIFFRACTION44HC1 - 26 - 7
45X-RAY DIFFRACTION45JD1 - 26 - 7
46X-RAY DIFFRACTION46KE1 - 26 - 7
47X-RAY DIFFRACTION47LF1 - 26 - 7

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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