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- PDB-1xpm: Crystal Structure of Staphylococcus aureus HMG-COA Synthase with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xpm
タイトルCrystal Structure of Staphylococcus aureus HMG-COA Synthase with HMG-CoA and Acetoacetyl-COA and Acetylated Cysteine
要素3-hydroxy-3-methylglutaryl CoA synthase
キーワードTRANSFERASE / HMG-COA Synthase / HMGS / Coenzyme A / Thiolase Fold / Condensing Enzyme / Cholesterol Biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxymethylglutaryl-CoA synthase activity / farnesyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / acetyl-CoA metabolic process / ergosterol biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase, prokaryotic / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase, N-terminal / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase, C-terminal domain / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase N terminal / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase C terminal / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETOACETYL-COENZYME A / 3-HYDROXY-3-METHYLGLUTARYL-COENZYME A / 3-hydroxy-3-methylglutaryl CoA synthase / 3-hydroxy-3-methylglutaryl CoA synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Theisen, M.J. / Misra, I. / Saadat, D. / Campobasso, N. / Miziorko, H.M. / Harrison, D.H.T.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA synthase intermediate complex observed in "real-time"
著者: Theisen, M.J. / Misra, I. / Saadat, D. / Campobasso, N. / Miziorko, H.M. / Harrison, D.H.T.
履歴
登録2004年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE RESULTS ARE FROM DAY THIRTY-ONE OF CRYSTALLIZATION. IN THE COORDINATE RECORDS SCY/CYS 111 ...SEQUENCE RESULTS ARE FROM DAY THIRTY-ONE OF CRYSTALLIZATION. IN THE COORDINATE RECORDS SCY/CYS 111 ISOFORMS ARE MODELED AS ALTERNATE CONFORMERS. BECAUSE OF THE FORMAT RESTRICTIONS ONLY SCY 111 ISOFORM IS REPRESENTED IN THE SEQUENCE RECORDS.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-hydroxy-3-methylglutaryl CoA synthase
B: 3-hydroxy-3-methylglutaryl CoA synthase
C: 3-hydroxy-3-methylglutaryl CoA synthase
D: 3-hydroxy-3-methylglutaryl CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)185,14320
ポリマ－177,3424
非ポリマー7,80116
水19,5101083
1
A: 3-hydroxy-3-methylglutaryl CoA synthase
B: 3-hydroxy-3-methylglutaryl CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,57210
ポリマ－88,6712
非ポリマー3,9018
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7890 Å2
ΔGint-50 kcal/mol
Surface area28430 Å2
手法PISA
2
C: 3-hydroxy-3-methylglutaryl CoA synthase
D: 3-hydroxy-3-methylglutaryl CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,57210
ポリマ－88,6712
非ポリマー3,9018
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7830 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area28450 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.119, 118.774, 121.304
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.08, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The asymmetric unit contains two dimers (A/B and C/D); the dimer is the biological unit.

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要素

#1: タンパク質
3-hydroxy-3-methylglutaryl CoA synthase


分子量: 44335.480 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
生物種: Staphylococcus aureus / 株: subsp. aureus / 遺伝子: mvaS / プラスミド: pET23d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q79ZY6, UniProt: A0A0H3K1U2*PLUS, hydroxymethylglutaryl-CoA synthase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 化合物
ChemComp-HMG / 3-HYDROXY-3-METHYLGLUTARYL-COENZYME A / (S)-HMG-COA


分子量: 906.620 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H39N7O20P3S
#4: 化合物
ChemComp-CAA / ACETOACETYL-COENZYME A / 3-オキソブチリルCoA


分子量: 851.607 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H40N7O18P3S
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1083 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: mmonium sulfate, Tris, DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: CUSTOM-MADE / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月28日
放射モノクロメーター: Double crystal Si-220 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→25 Å / Num. all: 232032 / Num. obs: 217551 / % possible obs: 89.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.6 % / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rsym value: 0.082 / Χ2: 1.26 / Net I/σ(I): 28.3
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2% possible all
1.6-1.660.605187780.66377.7
1.66-1.720.481203590.66284.4
1.72-1.80.343204950.71584.7
1.8-1.90.246208080.84886.3
1.9-2.020.177215921.1289.2
2.02-2.170.131220511.29691
2.17-2.390.109224151.58692.7
2.39-2.740.09230171.71295
2.74-3.440.07239181.96298.3
3.44-250.054241181.80598.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.501データ抽出
HKL-2000データ削減
BEAST位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XPK

1xpk


解像度: 1.6→15 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.226 10669 random
Rwork0.21 --
all-216448 -
obs-216448 -
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-3.035 Å20 Å2-0.673 Å2
2---7.236 Å20 Å2
3---4.202 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13753 0 488 1083 15324
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.005
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.0821.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.6222
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.6852
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.442.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2ligands_fromscratch.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param
X-RAY DIFFRACTION5cis_peptide.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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