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- PDB-1xpk: CRYSTAL STRUCTURE OF STAPHYLOCOCCUS AUREUS HMG-COA SYNTHASE WITH ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xpk
タイトルCRYSTAL STRUCTURE OF STAPHYLOCOCCUS AUREUS HMG-COA SYNTHASE WITH HMG-CoA AND WITH ACETOACETYL-COA AND ACETYLATED CYSTEINE
要素(3-hydroxy-3-methylglutaryl CoA ...) x 2
キーワードTRANSFERASE / HMG-COA Synthase / HMGS / Coenzyme A / Thiolase Fold / Condensing Enzyme / Cholesterol Biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


hydroxymethylglutaryl-CoA synthase activity / farnesyl diphosphate biosynthetic process, mevalonate pathway / acetyl-CoA metabolic process / ergosterol biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Hydroxymethylglutaryl-CoA synthase, prokaryotic / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase, N-terminal / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase, C-terminal domain / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase N terminal / Hydroxymethylglutaryl-coenzyme A synthase C terminal / Thiolase/Chalcone synthase / Peroxisomal Thiolase; Chain A, domain 1 / Thiolase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETOACETYL-COENZYME A / 3-HYDROXY-3-METHYLGLUTARYL-COENZYME A / 3-hydroxy-3-methylglutaryl CoA synthase / 3-hydroxy-3-methylglutaryl CoA synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Theisen, M.J. / Misra, I. / Saadat, D. / Campobasso, N. / Miziorko, H.M. / Harrison, D.H.T.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2004
タイトル: 3-hydroxy-3-methylglutaryl-CoA synthase intermediate complex observed in "real-time"
著者: Theisen, M.J. / Misra, I. / Saadat, D. / Campobasso, N. / Miziorko, H.M. / Harrison, D.H.T.
履歴
登録2004年10月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12007年10月16日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32011年7月27日Group: Derived calculations
改定 1.42017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version
改定 1.52022年12月21日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / struct_conn ...database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.62023年9月20日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
Remark 999SEQUENCE RESULTS ARE FROM DAY FIVE OF CRYSTALLIZATION. IN THE COORDINATE RECORDS FOR CHAINS A AND ...SEQUENCE RESULTS ARE FROM DAY FIVE OF CRYSTALLIZATION. IN THE COORDINATE RECORDS FOR CHAINS A AND D, SCY/CYS 111 ISOFORMS ARE MODELED AS ALTERNATE CONFORMERS. BECAUSE OF THE FORMAT RESTRICTIONS ONLY SCY 111 ISOFORM IS REPRESENTED IN THE SEQUENCE RECORDS. RESIDUES 111 OF CHAINS B AND C ARE MODELED WITH ONLY SCY AND CYS, RESPECTIVELY.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 3-hydroxy-3-methylglutaryl CoA synthase
B: 3-hydroxy-3-methylglutaryl CoA synthase
C: 3-hydroxy-3-methylglutaryl CoA synthase
D: 3-hydroxy-3-methylglutaryl CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,17918
ポリマ－173,1354
非ポリマー6,04314
水10,395577
1
A: 3-hydroxy-3-methylglutaryl CoA synthase
B: 3-hydroxy-3-methylglutaryl CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,5839
ポリマ－86,5892
非ポリマー2,9947
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6650 Å2
ΔGint-54 kcal/mol
Surface area26670 Å2
手法PISA, PQS
2
C: 3-hydroxy-3-methylglutaryl CoA synthase
D: 3-hydroxy-3-methylglutaryl CoA synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,5969
ポリマ－86,5472
非ポリマー3,0497
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8210 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area27390 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)64.271, 84.612, 94.633
Angle α, β, γ (deg.)84.25, 72.52, 70.44
Int Tables number1
Space group name H-MP1
詳細The asymmetric unit contains two dimers (A/B and C/D); the dimer is the biological unit.

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要素

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3-hydroxy-3-methylglutaryl CoA ... , 2種, 4分子 ABDC

#1: タンパク質 3-hydroxy-3-methylglutaryl CoA synthase / HMG-COA SYNTHASE


分子量: 43294.367 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
生物種: Staphylococcus aureus / 株: subsp. aureus / 遺伝子: mvaS / プラスミド: pET23d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q79ZY6, UniProt: A0A0H3K1U2*PLUS, hydroxymethylglutaryl-CoA synthase
#2: タンパク質 3-hydroxy-3-methylglutaryl CoA synthase / HMG-COA SYNTHASE


分子量: 43252.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus subsp. aureus (黄色ブドウ球菌)
生物種: Staphylococcus aureus / 株: subsp. aureus / 遺伝子: mvaS / プラスミド: pET23d / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q79ZY6, UniProt: A0A0H3K1U2*PLUS, hydroxymethylglutaryl-CoA synthase

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非ポリマー , 4種, 591分子

#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-HMG / 3-HYDROXY-3-METHYLGLUTARYL-COENZYME A / (S)-HMG-COA


分子量: 906.620 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H39N7O20P3S
#5: 化合物 ChemComp-CAA / ACETOACETYL-COENZYME A / 3-オキソブチリルCoA


分子量: 851.607 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H40N7O18P3S
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 577 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 53 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5
詳細: ammonium sulfate, Tris, DTT, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 292K

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データ収集

回折平均測定温度: 120 K
放射光源由来: 回転陽極 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS II / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年11月3日 / 詳細: Confocal mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→35 Å / Num. all: 119970 / Num. obs: 94526 / % possible obs: 78.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.7 % / Rmerge(I) obs: 0.028 / Rsym value: 0.028 / Χ2: 1.132 / Net I/σ(I): 27
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2-2.070.13238650.79132.2
2.07-2.150.10753770.837145
2.15-2.250.08577890.963165
2.25-2.370.073104771.011187
2.37-2.520.059108921.035191.3
2.52-2.710.047112311.039193.3
2.71-2.990.036112401.189193.8
2.99-3.420.028110871.292192.4
3.42-4.310.022112871.255194
4.31-350.016112811.437194

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
PDB_EXTRACT1.501データ抽出
HKL-2000データ削減
BEAST位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1TXT

1txt


解像度: 2→35 Å / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.234 4609 random
Rwork0.198 --
all-92374 -
obs-92374 -
原子変位パラメータ
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--4.611 Å22.293 Å2-0.4 Å2
2---0.374 Å20 Å2
3---4.985 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11900 0 376 577 12853
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.2241.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it1.7782
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.8282
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.4722.5
Xplor file
Refine-IDSerial noParam file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.param
X-RAY DIFFRACTION2ligands_fromscratch.param
X-RAY DIFFRACTION3water_rep.param
X-RAY DIFFRACTION4ion.param
X-RAY DIFFRACTION5cis_peptide.param

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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