PDB-1xpj: Crystal Structure of MCSG Target APC26283 from Vibrio cholerae

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1xpj

タイトル

Crystal Structure of MCSG Target APC26283 from Vibrio cholerae

要素

hypothetical protein

キーワード

structural genomics / unknown function / Hypothetical Protein / MCSG / protein structure initiative / PSI / Midwest Center for Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

Capsule biosynthesis phosphatase / haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD superfamily/HAD-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Vibrio cholerae (コレラ菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Brunzelle, J.S. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Collart, F.R. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal Structure of MCSG Target APC26283 from Vibrio cholerae
著者: Brunzelle, J.S. / Minasov, G. / Shuvalova, L. / Collart, F.R. / Anderson, W.F. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)

履歴

登録	2004年10月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.3	2012年9月26日	Group: Database references
改定 1.4	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.5	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1xpj.cif.gz	123.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1xpj.ent.gz	98.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1xpj.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1xpj_validation.pdf.gz	471.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1xpj_full_validation.pdf.gz	485 KB	表示
XML形式データ	1xpj_validation.xml.gz	25.2 KB	表示
CIF形式データ	1xpj_validation.cif.gz	34.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/1xpj ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xp/1xpj	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2j5s-d 5e2f-d 5rx7-d 2o57-2 2o05-d 1ioo-d 2e99-d 5fbb-d 5rwb-d 5ryg-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: APC26283

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #51 - 2004年3月カルシウムポンプ (Calcium Pump) 類似性 (1) #147 - 2012年3月ロドプシン (Rhodopsin) 類似性 (1) #100 - 2008年4月アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors) 類似性 (1) #156 - 2012年12月 ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases) 類似性 (1) #160 - 2013年4月アクチノマイシン (Actinomycin) 類似性 (1) #172 - 2014年4月 RecAとRad51 (RecA and Rad51) 類似性 (1) #196 - 2016年4月鉛の毒 (Lead Poisoning) 類似性 (1) #224 - 2018年8月レグマイン (Legumain) 類似性 (1) #225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (1) #238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1) #27 - 2002年3月バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin) 類似性 (1) #49 - 2004年1月炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase) 類似性 (1) #58 - 2004年10月 Gタンパク質 (G Proteins) 類似性 (1) #66 - 2005年6月カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase) 類似性 (1) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#118 - 2009年10月
ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump)
類似性 (1)
#51 - 2004年3月
カルシウムポンプ (Calcium Pump)
類似性 (1)
#147 - 2012年3月
ロドプシン (Rhodopsin)
類似性 (1)
#100 - 2008年4月
アドレナリン受容体 (Adrenergic Receptors)
類似性 (1)
#156 - 2012年12月
ABO式血液型糖転移酵素 (ABO Blood Type Glycosyltransferases)
類似性 (1)
#160 - 2013年4月
アクチノマイシン (Actinomycin)
類似性 (1)
#172 - 2014年4月
RecAとRad51 (RecA and Rad51)
類似性 (1)
#196 - 2016年4月
鉛の毒 (Lead Poisoning)
類似性 (1)
#224 - 2018年8月
レグマイン (Legumain)
類似性 (1)
#225 - 2018年9月
フィターゼ (Phytase)
類似性 (1)
#238 - 2019年10月
リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase)
類似性 (1)
#27 - 2002年3月
バクテリオロドプシン (Bacteriorhodopsin)
類似性 (1)
#49 - 2004年1月
炭酸脱水酵素 (Carbonic Anhydrase)
類似性 (1)
#58 - 2004年10月
Gタンパク質 (G Proteins)
類似性 (1)
#66 - 2005年6月
カロテノイド酸素添加酵素 (Carotenoid Oxygenase)
類似性 (1)
#228 - 2018年12月
酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: hypothetical protein

B: hypothetical protein

C: hypothetical protein

D: hypothetical protein

ヘテロ分子

60.1 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	77.729, 52.888, 72.215
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.20, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	hypothetical protein 分子量: 14666.641 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio cholerae (コレラ菌) / プラスミド: pMCSG7 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3 / 参照: UniProt: Q9KVB4
#2: 化合物	ChemComp-HG / MERCURY (II) ION 分子量: 200.590 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Hg
#3: 化合物	ChemComp-TLA / L(+)-TARTARIC ACID / L-酒石酸分子量: 150.087 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₆O₆
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.7 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.39 %
結晶化	温度: 295 K / pH: 6.6 詳細: 0.2M di-Ammonium Tartrate, 20% w/v PEG 3350, HgCl2, 5% PEG 4000, pH 6.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K, pH 6.60

-
データ収集

回折	平均測定温度: 99.8 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 0.97818
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月5日 / 詳細: MIRROR
放射	モノクロメーター: DIAMOND 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97818 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→25 Å / Num. obs: 30494 / % possible obs: 1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.44 % / B_iso Wilson estimate: 41.5 Å² / R_merge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 18.68
反射シェル	解像度: 2.15→2.27 Å / 冗長度: 5.73 % / R_merge(I) obs: 0.317 / Mean I/σ(I) obs: 4.98 / % possible all: 0.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MAR345		データ収集
XDS		データスケーリング
SHELXD		位相決定
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.3→25 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.955 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 7.918 / SU ML: 0.188 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.417 / ESU R Free: 0.259 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.253	1315	5 %	RANDOM
R_work	0.201	-	-	-
obs	0.203	24796	99.1 %	-
all	-	26111	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.65 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.1 Å²	0 Å²	-0.08 Å²
2-	-	4.05 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.94 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→25 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4054	0	44	243	4341

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	4551
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.191	1.964	6125
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.787	5	490
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.087	0.2	647
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	3406
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.196	0.2	2185
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.153	0.2	272
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.18	0.2	24
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.103	0.2	7
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.396	1.5	2459
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.751	2	4103
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.188	3	2092
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	1.902	4.5	2022
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.316	95
R_work	0.256	1787

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.6885	0.0646	-0.6519	2.5526	-1.2339	6.2973	-0.0086	-0.2078	-0.0708	0.1801	-0.0059	-0.159	-0.0997	0.5325	0.0144	0.0247	0.0052	0.0104	0.0276	-0.0039	0.1026	32.7215	-0.123	43.0522
2	7.3225	-5.9905	3.247	7.1245	-2.1052	6.8294	-0.0532	-0.6218	-0.4696	0.3184	0.0317	0.4134	0.5278	0.0472	0.0215	0.101	0.0346	0.0396	0.1774	-0.0441	0.0877	19.5832	-2.8039	54.9016
3	3.3192	-0.4846	0.6246	3.9157	-3.24	6.9805	-0.0466	0.5752	0.2392	-0.2171	-0.0786	-0.2967	0.0511	0.4448	0.1252	0.0485	0.0124	0.0026	0.1314	0.0057	0.095	32.7983	0.3294	17.9826
4	8.5139	5.2441	-2.3986	5.402	-1.0694	5.7356	-0.0913	1.041	0.4391	-0.4078	0.0617	0.3167	-0.5361	-0.2278	0.0296	0.2047	0.0239	-0.0303	0.4002	-0.0088	0.0828	19.9959	2.5685	6.1817
5	3.5023	-0.417	-0.5037	3.3568	2.7623	7.374	-0.0936	0.5383	-0.2328	-0.2367	-0.0125	0.2821	0.0657	-0.3851	0.106	0.0447	-0.0087	-0.0005	0.1016	-0.007	0.0981	5.9764	-0.5606	17.98
6	8.4568	6.0084	3.4531	5.8914	2.7703	5.4323	-0.012	1.1223	-0.5826	-0.3702	-0.0414	-0.4265	0.3963	0.1539	0.0535	0.2448	0.031	0.0432	0.3918	0.0282	0.1196	19.1544	-2.9021	6.1154
7	2.9931	0.1291	0.4204	3.1688	1.4654	6.7072	0.0175	-0.2416	0.0895	0.1012	-0.0103	0.2075	0.0846	-0.4571	-0.0073	0.0058	-0.0089	-0.0205	0.0489	0.003	0.0955	5.8773	-0.1049	43.0466
8	6.8275	-5.4768	-3.3726	7.5124	2.0135	7.0386	-0.0107	-0.7036	0.3893	0.4773	-0.0771	-0.4337	-0.3973	-0.0041	0.0878	0.0961	0.0283	-0.0605	0.1721	0.0369	0.0746	18.7009	2.5042	54.7538

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	A	1 - 87	1 - 87
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	A	88 - 124	88 - 124
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	B	1 - 87	1 - 87
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	B	88 - 123	88 - 123
5	X-RAY DIFFRACTION	5	C	C	1 - 87	1 - 87
6	X-RAY DIFFRACTION	6	C	C	88 - 123	88 - 123
7	X-RAY DIFFRACTION	7	D	D	1 - 87	1 - 87
8	X-RAY DIFFRACTION	8	D	D	88 - 123	88 - 123

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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解析

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)