PDB-1xo8: Solution structure of AT1g01470 from Arabidopsis Thaliana

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1xo8

タイトル

Solution structure of AT1g01470 from Arabidopsis Thaliana

要素

At1g01470

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Protein Structure Initiative / Center for Eukaryotic Structural Genomics / PSI / CESG

機能・相同性

機能・相同性情報

response to desiccation / response to high light intensity / defense response to fungus / response to wounding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

溶液NMR / simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle, cartesian coordinate dynamics; water refinement

データ登録者

Singh, S. / Cornilescu, C.C. / Tyler, R.C. / Cornilescu, G. / Tonelli, M. / Lee, M.S. / Markley, J.L. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2005
タイトル: Solution structure of a late embryogenesis abundant protein (LEA14) from Arabidopsis thaliana, a cellular stress-related protein
著者: Singh, S. / Cornilescu, C.C. / Tyler, R.C. / Cornilescu, G. / Tonelli, M. / Lee, M.S. / Markley, J.L.

履歴

登録	2004年10月6日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年10月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年2月1日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2022年3月2日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.4	2024年5月22日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1xo8.cif.gz	1008.7 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1xo8.ent.gz	854.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1xo8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1xo8_validation.pdf.gz	352.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1xo8_full_validation.pdf.gz	543 KB	表示
XML形式データ	1xo8_validation.xml.gz	76.9 KB	表示
CIF形式データ	1xo8_validation.cif.gz	101.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/1xo8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xo/1xo8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	1in0-2 6h86-d 5uky-d 2bw2-d 3hks-2 4iyh-1 4iyi-1 5chw-1 3eyi-d 6e6a-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: GO.2361

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: At1g01470

16.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

NMR アンサンブル

	データ	基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)	20 / 100	structures with the lowest energy
代表モデル	モデル #1	lowest energy

#1: タンパク質	At1g01470 分子量: 16560.988 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O03983

-
実験

実験

手法: 溶液NMR

NMR実験

Conditions-ID	Experiment-ID	Solution-ID	タイプ
1	1	1	3D 15N-separated ROESY
1	2	1	3D 13C-separated NOESY

-
試料調製

詳細	内容: 1mM 15N,13C-labelled AT1g01470, 10mM phosphate buffer, 90% H2O, 10% D2O 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料状態	イオン強度: 10mM / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 298 K
結晶化	*PLUS 手法: other / 詳細: NMR

-
NMR測定

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長	相対比: 1
NMRスペクトロメーター	タイプ: Varian INOVA / 製造業者: Varian / モデル: INOVA / 磁場強度: 600 MHz

-
解析

NMR software

名称	バージョン	開発者	分類
NMRPipe	2.2	Delaglio	解析
NMRView	5.1.0	Johnson	データ解析
CNS	1.1	Brunger	構造決定
ARIA	1.2	Nilges	構造決定
ARIA	1.2	Nilges	精密化

精密化

手法: simulated annealing, molecular dynamics, torsion angle, cartesian coordinate dynamics; water refinement
ソフトェア番号: 1

代表構造

選択基準: lowest energy

NMRアンサンブル

コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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