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- PDB-1xnx: Crystal structure of constitutive androstane receptor -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xnx
タイトルCrystal structure of constitutive androstane receptor
要素constitutive androstane receptor
キーワードLIGAND RECEPTOR/TRANSCRIPTION REGULATION / nuclear receptor / crystal structure / LIGAND RECEPTOR-TRANSCRIPTION REGULATION COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / nuclear receptor activity / osteoblast differentiation / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cytoskeleton / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / zinc ion binding ...Nuclear Receptor transcription pathway / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / nuclear receptor activity / osteoblast differentiation / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / cytoskeleton / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Thyroid hormone receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors ...Thyroid hormone receptor / : / Retinoid X Receptor / Retinoid X Receptor / Nuclear hormone receptor / Nuclear hormones receptors DNA-binding region signature. / Zinc finger, nuclear hormone receptor-type / Double treble clef zinc finger, C4 type / Nuclear hormone receptors DNA-binding domain profile. / c4 zinc finger in nuclear hormone receptors / Nuclear hormone receptor, ligand-binding domain / Nuclear hormone receptor-like domain superfamily / Ligand-binding domain of nuclear hormone receptor / Nuclear receptor (NR) ligand-binding (LBD) domain profile. / Ligand binding domain of hormone receptors / Zinc finger, NHR/GATA-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
16,17-ANDROSTENE-3-OL / Nuclear receptor subfamily 1 group I member 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Fernandez, E.
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2004
タイトル: Structure of the murine constitutive androstane receptor complexed to androstenol; a molecular basis for inverse agonism
著者: Shan, L. / Vincent, J. / Brunzelle, J.S. / Dussault, I. / Lin, M. / Ianculescu, I. / Sherman, M.A. / Forman, B.M. / Fernandez, E.
履歴
登録2004年10月5日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: constitutive androstane receptor
B: constitutive androstane receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)59,8434
ポリマ－59,2942
非ポリマー5492
水59433
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)60.353, 155.042, 134.607
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Cell settingorthorhombic
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 constitutive androstane receptor / Orphan nuclear receptor NR1I3 / CAR


分子量: 29647.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Nr1i3, Car / プラスミド: pET-15b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) Gold / 参照: UniProt: O35627
#2: 化合物 ChemComp-ATE / 16,17-ANDROSTENE-3-OL / アンドロステノ-ル


分子量: 274.441 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H30O
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 33 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.91 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.4 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2
詳細: 3Xmolar excess of androstenol to purified mCAR LBD and incubate at RT for 1 h. 1uL 6-8 mg/ml protein plus 1 uL well solution (18% PEG400, 0.2 M CaCl2, 0.1 M HEPES, pH7.2). Additive: 0.01 M L- ...詳細: 3Xmolar excess of androstenol to purified mCAR LBD and incubate at RT for 1 h. 1uL 6-8 mg/ml protein plus 1 uL well solution (18% PEG400, 0.2 M CaCl2, 0.1 M HEPES, pH7.2). Additive: 0.01 M L-cysteine, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 287K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 5ID-B / 波長: 0.9792
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2004年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→29.55 Å / Num. all: 14394 / Num. obs: 14394 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 63.6 Å2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
XDSデータ削減
AMoRE位相決定
CNS1.1精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.9→29.55 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 5492080.7 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.288 1465 10.2 %RANDOM
Rwork0.229 ---
all0.2291 14394 --
obs0.2291 14394 99.9 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 52.6757 Å2 / ksol: 0.376432 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 43.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.11 Å20 Å20 Å2
2--5.87 Å20 Å2
3----5.76 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.31 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.35 Å0.18 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→29.55 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3790 0 40 33 3863
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d20.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.89
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it2.061.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it3.192
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it5.392
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it7.352.5
LS精密化 シェル解像度: 2.9→3.08 Å / Rfactor Rfree error: 0.02 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.307 246 10.4 %
Rwork0.233 2117 -
obs--100 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMATEN.TOP
X-RAY DIFFRACTION3ATEN.PARWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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