PDB-1xnk: Beta-1,4-xylanase from Chaetomium thermophilum complexed with met...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1xnk

タイトル

Beta-1,4-xylanase from Chaetomium thermophilum complexed with methyl thioxylopentoside

要素

endoxylanase 11A

キーワード

HYDROLASE / xylanase / glycoside hydrolase / family 11 / glycosidase / thioinhibitor / sulphur containing inhibitor

機能・相同性

機能・相同性情報

endo-1,4-beta-xylanase activity / endo-1,4-beta-xylanase / xylan catabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Chaetomium thermophilum (菌類)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Hakanpaa, J. / Hakulinen, N. / Rouvinen, J.

引用

ジャーナル: FEBS J. / 年: 2005
タイトル: Determination of thioxylo-oligosaccharide binding to family 11 xylanases using electrospray ionization Fourier transform ion cyclotron resonance mass spectrometry and X-ray crystallography
著者: Janis, J. / Hakanpaa, J. / Hakulinen, N. / Ibatullin, F.M. / Hoxha, A. / Derrick, P.J. / Rouvinen, J. / Vainiotalo, P.

履歴

登録	2004年10月5日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年5月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.4	2018年7月11日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.type
改定 2.0	2019年12月25日	Group: Database references / Derived calculations / Polymer sequence カテゴリ: entity_poly / pdbx_struct_mod_residue ...entity_poly / pdbx_struct_mod_residue / struct_conn / struct_ref_seq_dif Item: _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _pdbx_struct_mod_residue.parent_comp_id / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 3.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_asym.entity_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.1	2020年10月14日	Group: Structure summary / カテゴリ: pdbx_molecule_features
改定 3.2	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1xnk.cif.gz	99.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1xnk.ent.gz	74.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1xnk.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1xnk_validation.pdf.gz	937.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1xnk_full_validation.pdf.gz	941.6 KB	表示
XML形式データ	1xnk_validation.xml.gz	21.7 KB	表示
CIF形式データ	1xnk_validation.cif.gz	32 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/1xnk ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xn/1xnk	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1h1aS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1h1a-1 1xyo-1 1ree-2 1xyo-2 1xyp-2 6k9w-d 7dfn-4 4hkl-d 6jwb-d 1enx-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#217 - 2018年1月オピオイド受容体 (Opioid Receptors) 類似性 (8)

登録構造単位

A: endoxylanase 11A

B: endoxylanase 11A

ヘテロ分子

44.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: endoxylanase 11A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: endoxylanase 11A

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
22.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

A: endoxylanase 11A

B: endoxylanase 11A

ヘテロ分子

A: endoxylanase 11A

B: endoxylanase 11A

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
88.5 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	108.241, 57.593, 66.205
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1001- SO4
2	1	B-1000- SO4
3	1	A-1256- HOH
4	1	B-1184- HOH

#1: タンパク質

endoxylanase 11A

分子量: 21494.098 Da / 分子数: 2 / 断片: catalytic domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Chaetomium thermophilum (菌類) / 発現宿主:

Hypocrea jecorina (菌類) / 参照: UniProt: Q8J1V6, endo-1,4-beta-xylanase

#2: 多糖

4-thio-beta-D-xylopyranose-(1-4)-4-thio-beta-D-xylopyranose-(1-4)-methyl 4-thio-alpha-D-xylopyranoside

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 基質類似体 / 分子量: 476.582 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: oligosaccharide with S-glycosidic bond between monosaccharides
参照: methyl pentopyranosyl-(1->4)-4-thiopentopyranosyl-(1->4)-4-thio-beta-D-xylopyranosyl-(1->4)-4-thio-beta-D-xylopyranosyl-(1->4)- 4-thio-alpha-D-xylopyranoside

記述子	タイプ	プログラム
WURCS=2.0/3,3,2/[a212h-1a_1-5_1OC][a212h-1b_1-5][a212h-1b_1-5_4S]/1-2-3/a4-b1S_b4-c1S	WURCS	PDB2Glycan 1.1.0
[][methyl]{[(1+1)][a-D-Xylp4SH]{[(4+S)][b-D-Xylp4SH]{[(4+S)][b-D-Xylp4SH]{}}}}	LINUCS	PDB-CARE

#3: 化合物

ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン

分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 449 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.48 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.47 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: ammonium sulfate, HEPES, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 120 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU200 / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IIC / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年2月15日 / 詳細: confocal optics by Osmic
放射	モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→99 Å / Num. all: 56502 / Num. obs: 56502 / % possible obs: 92.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.95 % / B_iso Wilson estimate: 16.878 Å² / R_sym value: 0.066 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 1.55→1.61 Å / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique all: 3124 / R_sym value: 0.296 / % possible all: 52.1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS	1	精密化

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1H1A

1h1a

解像度: 1.55→99 Å / Isotropic thermal model: isotropic / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2236	5744	-	RANDOM
R_work	0.1974	-	-	-
obs	0.1974	56453	92.8 %	-
all	-	56453	-	-

原子変位パラメータ

B_iso mean: 17.184 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→99 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2988	0	73	449	3510

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.005322
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d	1.5184

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)