[日本語] English
万見
- PDB-1xn4: PUTATIVE MAR1 RIBONUCLEASE FROM LEISHMANIA MAJOR -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xn4
タイトルPUTATIVE MAR1 RIBONUCLEASE FROM LEISHMANIA MAJOR
要素ribonuclease MAR1
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / SGPP / PSI / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium
機能・相同性: / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like superfamily / Isochorismatase domain / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Ribonuclease mar1
機能・相同性情報
生物種Leishmania major (大形リーシュマニア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.8 Å
データ登録者Caruthers, J. / Merritt, E.A. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2005
タイトル: Crystal structures and proposed structural/functional classification of three protozoan proteins from the isochorismatase superfamily.
著者: Caruthers, J. / Zucker, F. / Worthey, E. / Myler, P.J. / Buckner, F. / Van Voorhuis, W. / Mehlin, C. / Boni, E. / Feist, T. / Luft, J. / Gulde, S. / Lauricella, A. / Kaluzhniy, O. / Anderson, ...著者: Caruthers, J. / Zucker, F. / Worthey, E. / Myler, P.J. / Buckner, F. / Van Voorhuis, W. / Mehlin, C. / Boni, E. / Feist, T. / Luft, J. / Gulde, S. / Lauricella, A. / Kaluzhniy, O. / Anderson, L. / Le Trong, I. / Holmes, M.A. / Earnest, T. / Soltis, M. / Hodgson, K.O. / Hol, W.G. / Merritt, E.A.
履歴
登録2004年10月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32012年10月24日Group: Database references
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
Remark 999SEQUENCE This protein is a putative homologue of the MAR1 endoribonuclease from L tarentolae, SPTR ...SEQUENCE This protein is a putative homologue of the MAR1 endoribonuclease from L tarentolae, SPTR O77166. The closest Genbank sequence is the homologous protein from L Major, Genbank identifier LmjF12.0060.

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ribonuclease MAR1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,6151
ポリマ－21,6151
非ポリマー00
水00
1
A: ribonuclease MAR1

A: ribonuclease MAR1

A: ribonuclease MAR1

A: ribonuclease MAR1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,4614
ポリマ－86,4614
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_755-x+2,-y,z1
crystal symmetry operation3_645-y+1,x-1,z1
crystal symmetry operation4_665y+1,-x+1,z1
Buried area8130 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area31070 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)100.431, 100.431, 44.736
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number79
Space group name H-MI4

-
要素

#1: タンパク質 ribonuclease MAR1


分子量: 21615.312 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Leishmania major (大形リーシュマニア)
Plasmid details: SGPP target construct Lmaj001686AAA / プラスミド: pET3a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4QGT7

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.86 %
結晶化温度: 290 K / pH: 7.2
詳細: 16% PEG 8000, 0.1 M K2HPO4, 0.1M MOPS pH7.2, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 290K, pH 7.20

-
データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.2 / 波長: 0.9795
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2003年11月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.8→50 Å / Num. obs: 2294 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.126
反射 シェル解像度: 3.8→3.94 Å / 冗長度: 3.5 % / % possible all: 99.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
SCALEPACKデータスケーリング
REFMACrefmac_5.2.0005 24/04/2001精密化
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1X9G

1x9g


解像度: 3.8→40.86 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.868 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.898 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / ESU R Free: 0.998 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.312 101 4.412 %
Rwork0.313 --
obs-2289 99.7 %
溶媒の処理溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 70.43 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.378 Å20 Å20 Å2
2---1.378 Å20 Å2
3---2.756 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.8→40.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1504 0 0 0 1504
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0221534
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg0.8931.9892074
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg3.5085190
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.84424.83962
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.24215289
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg10.422157
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.2240
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0010.021122
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1770.2691
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.2950.21050
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.0910.236
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1520.235
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.030.22
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.1451.5992
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it0.26321560
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.0233602
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it0.0364.5514
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.8→3.9 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 6 -
Rwork0.464 167 -
obs--98.3 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 95.394 Å / Origin y: 22.306 Å / Origin z: 30.018 Å
111213212223313233
T0.648 Å20.1291 Å2-0.1044 Å2-0.543 Å20.085 Å2--0.7063 Å2
L6.5473 °2-0.582 °20.9255 °2-10.7128 °21.339 °2--5.2698 °2
S-0.0553 Å °0.0674 Å °2.2659 Å °-0.0284 Å °-0.039 Å °0.6675 Å °-0.0788 Å °-0.1242 Å °0.0943 Å °

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る