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- PDB-1xmj: Crystal structure of human deltaF508 human NBD1 domain with ATP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xmj
タイトルCrystal structure of human deltaF508 human NBD1 domain with ATP
要素Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
キーワードMEMBRANE PROTEIN / HYDROLASE / CFTR / NBD1 domain / deltaF508 / cystic fibrosis / nucleotide-binding domain 1
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of voltage-gated chloride channel activity / positive regulation of cyclic nucleotide-gated ion channel activity / Sec61 translocon complex binding / channel-conductance-controlling ATPase / intracellularly ATP-gated chloride channel activity / positive regulation of enamel mineralization / transepithelial water transport / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / intracellular pH elevation / amelogenesis ...positive regulation of voltage-gated chloride channel activity / positive regulation of cyclic nucleotide-gated ion channel activity / Sec61 translocon complex binding / channel-conductance-controlling ATPase / intracellularly ATP-gated chloride channel activity / positive regulation of enamel mineralization / transepithelial water transport / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / intracellular pH elevation / amelogenesis / ATPase-coupled inorganic anion transmembrane transporter activity / chloride channel inhibitor activity / Golgi-associated vesicle membrane / multicellular organismal-level water homeostasis / cholesterol transport / bicarbonate transport / bicarbonate transmembrane transporter activity / chloride channel regulator activity / membrane hyperpolarization / vesicle docking involved in exocytosis / chloride transmembrane transporter activity / sperm capacitation / cholesterol biosynthetic process / chloride channel activity / RHOQ GTPase cycle / positive regulation of exocytosis / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / ABC-type transporter activity / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / chloride channel complex / 14-3-3 protein binding / cellular response to forskolin / chloride transmembrane transport / response to endoplasmic reticulum stress / cellular response to cAMP / Defective CFTR causes cystic fibrosis / Late endosomal microautophagy / PDZ domain binding / ABC-family proteins mediated transport / establishment of localization in cell / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / recycling endosome / Chaperone Mediated Autophagy / Aggrephagy / transmembrane transport / recycling endosome membrane / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Clathrin-mediated endocytosis / protein-folding chaperone binding / early endosome membrane / early endosome / endosome membrane / Ub-specific processing proteases / apical plasma membrane / lysosomal membrane / endoplasmic reticulum membrane / enzyme binding / cell surface / protein-containing complex / ATP hydrolysis activity / ATP binding / nucleus / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / CFTR regulator domain / Cystic fibrosis TM conductance regulator (CFTR), regulator domain / Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site ...: / CFTR regulator domain / Cystic fibrosis TM conductance regulator (CFTR), regulator domain / Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator / : / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Lewis, H.A. / Zhao, X. / Wang, C. / Sauder, J.M. / Rooney, I. / Noland, B.W. / Lorimer, D. / Kearins, M.C. / Conners, K. / Condon, B. ...Lewis, H.A. / Zhao, X. / Wang, C. / Sauder, J.M. / Rooney, I. / Noland, B.W. / Lorimer, D. / Kearins, M.C. / Conners, K. / Condon, B. / Maloney, P.C. / Guggino, W.B. / Hunt, J.F. / Emtage, S. / Structural GenomiX
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: Impact of the delta-F508 Mutation in First Nucleotide-binding Domain of Human Cystic Fibrosis Transmembrane Conductance Regulator on Domain Folding and Structure
著者: Lewis, H.A. / Zhao, X. / Wang, C. / Sauder, J.M. / Rooney, I. / Noland, B.W. / Lorimer, D. / Kearins, M.C. / Conners, K. / Condon, B. / Maloney, P.C. / Guggino, W.B. / Hunt, J.F. / Emtage, S.
履歴
登録2004年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32018年11月14日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: audit_author / Item: _audit_author.identifier_ORCID
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.62024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8853
ポリマ－32,3541
非ポリマー5312
水2,432135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.793, 59.793, 144.398
Angle α, β, γ (deg.)90, 90, 90
Int Tables number96
Cell settingtetragonal
Space group name H-MP43212

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要素

#1: タンパク質 Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator / E.C.3.6.3.49 / CFTR / cAMP- dependent chloride channel


分子量: 32353.764 Da / 分子数: 1 / 断片: nucleotide binding domain one / 変異: deltaF508 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CFTR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P13569, EC: 3.6.3.49
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 135 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.21 Å3/Da / 溶媒含有率: 44 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: PEG 4000, glycerol, ethylene glycol, tris, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.89→26.726 Å / Num. all: 12261 / Num. obs: 12261 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 8.8
反射 シェル解像度: 1.89→1.99 Å / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.01513 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 93.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
MOSFLMデータ削減
SCALEデータ削減
TRUNCATEデータ削減
MOLREP位相決定
REFMAC5精密化
SCALEデータスケーリング
CCP4(TRUNCATE)データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: F508A human NBD1 coordinates

解像度: 2.3→26.74 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.287 612 5 %random
Rwork0.22 ---
all0.248 12260 --
obs0.248 ---
原子変位パラメータBiso mean: 34.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.831 Å20 Å20 Å2
2---0.831 Å20 Å2
3---1.663 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→26.74 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1915 0 32 135 2082
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.265
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg5.775
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg0.077
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.007
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.701
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.011
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.874
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.276

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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