PDB-1xmb: X-ray structure of IAA-aminoacid hydrolase from Arabidopsis thali...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1xmb

タイトル

X-ray structure of IAA-aminoacid hydrolase from Arabidopsis thaliana gene AT5G56660

要素

IAA-amino acid hydrolase homolog 2

キーワード

HYDROLASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / CESG / AT5G56660 / ILL2 / indole-3-acetic acid / auxin / Center for Eukaryotic Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

IAA-amino acid conjugate hydrolase activity / IAA-Ala conjugate hydrolase activity / auxin metabolic process / 加水分解酵素; ペプチド以外のCN結合加水分解酵素; 鎖状アミドに作用 / endoplasmic reticulum lumen / endoplasmic reticulum / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Wesenberg, G.E. / Smith, D.W. / Phillips Jr., G.N. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Allard, S.T.M. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)

引用

ジャーナル: Proteins / 年: 2009
タイトル: X-ray structure of ILL2, an auxin-conjugate amidohydrolase from Arabidopsis thaliana.
著者: Bitto, E. / Bingman, C.A. / Bittova, L. / Houston, N.L. / Boston, R.S. / Fox, B.G. / Phillips Jr., G.N.

履歴

登録	2004年10月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年2月4日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2013年1月30日	Group: Database references / Structure summary
改定 1.4	2017年10月11日	Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.5	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb1xmb.ent.gz	69.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1xmb.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	1xmb_validation.pdf.gz	421 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1xmb_full_validation.pdf.gz	423.6 KB	表示
XML形式データ	1xmb_validation.xml.gz	18.3 KB	表示
CIF形式データ	1xmb_validation.cif.gz	27.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/1xmb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xm/1xmb	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	4i1r-d 6yn9-d 5zql-2 4prx-d 4esj-1 6ed6-2 6p5p-3 1bob-d 2q43-d 6vo5-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: GO.22207

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (11) #108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (1)

登録構造単位

A: IAA-amino acid hydrolase homolog 2

45.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.264, 75.264, 130.880
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	154
Space group name H-M	P3₂21

#1: タンパク質	IAA-amino acid hydrolase homolog 2 分子量: 45567.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: ILL2 / プラスミド: pVP-13 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3) p(LacI+RARE) / 参照: UniProt: P54970
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 285 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.62 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 詳細: 10 mg/mL PROTEIN, 0.080 M MAGNESIUM SULFATE, 14 % PEG 1500, 0.100 M CHES, pH 9.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	110	1
2	110	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	APS	19-BM	1	0.96411
シンクロトロン	APS	19-BM	2	0.97932

検出器

タイプ	ID	検出器	日付	詳細
APS-1	1	CCD	2004年8月1日	Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
APS-1	2	CCD	2004年7月30日	Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror

放射

ID	モノクロメーター	プロトコル	単色(M)・ラウエ(L)	散乱光タイプ	Wavelength-ID
1	Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: water cooled, sagitally focusing 2nd crystal	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1
2	Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: water cooled, sagitally focusing 2nd crystal	SINGLE WAVELENGTH	M	x-ray	1

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.96411	1
2	0.97932	1

反射

解像度: 2→24.21 Å / Num. obs: 29672 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.4 % / R_merge(I) obs: 0.043 / Χ²: 0.432 / Net I/σ(I): 22

反射シェル

Diffraction-ID: 1,2

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured all	Χ²	% possible all
2-2.07	6.3	0.334	3.8	2939	0.491	99.9
2.07-2.15		0.212		2907	0.348	100
2.15-2.25		0.158		2935	0.371	100
2.25-2.37		0.12		2925	0.379	100
2.37-2.52		0.095		2940	0.391	100
2.52-2.71		0.069		2945	0.401	100
2.71-2.99		0.05		2953	0.419	100
2.99-3.42		0.035		2986	0.45	100
3.42-4.31		0.027		3010	0.511	100
4.31-50		0.024		3132	0.575	98.8

-
位相決定

位相決定

手法:

単波長異常分散

Phasing MAD

D res high: 2.001 Å / D res low: 15 Å / FOM : 0.35 / 反射: 28286

Phasing MAD set site

ID	Cartn x (Å)	Cartn y (Å)	Cartn z (Å)	Atom type symbol	B iso	Occupancy
1	44.286	9.772	11.437	SE	20.1	0.56
2	40.529	26.843	6.218	SE	16.7	0.54
3	37.354	28.705	11.632	SE	26.8	0.62
4	46.419	30.525	2.999	SE	26.8	0.53
5	57.929	28.818	8.217	SE	28.1	0.68
6	46.712	16.036	15.583	SE	38.8	0.71
7	0.404	36.131	0.847	SE	20.6	0.4
8	-15.654	55.461	11.185	SE	42.3	0.51
9	-17.767	49.567	0.78	SE	46.7	0.52

Phasing MAD shell

解像度 (Å)	FOM	反射
6.75-15	0.45	1608
4.42-6.75	0.41	2512
3.5-4.42	0.44	3132
2.99-3.5	0.46	3590
2.65-2.99	0.41	4013
2.4-2.65	0.35	4311
2.21-2.4	0.25	4507
2.06-2.21	0.18	4613

Phasing dm

FOM : 0.64 / FOM acentric: 0.64 / FOM centric: 0.61 / 反射: 28287 / Reflection acentric: 25455 / Reflection centric: 2832

Phasing dm shell

解像度 (Å)	FOM	FOM acentric	FOM centric	反射	Reflection acentric	Reflection centric
5.7-14.984	0.93	0.93	0.81	1302	969	333
3.6-5.7	0.91	0.93	0.82	4034	3423	611
2.9-3.6	0.82	0.84	0.68	4928	4387	541
2.5-2.9	0.69	0.7	0.55	4895	4446	449
2.1-2.5	0.52	0.53	0.45	8285	7680	605
2-2.1	0.32	0.33	0.27	4843	4550	293

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
SOLVE	2.06	位相決定
ARP/wARP	2.06	モデル構築
RESOLVE	2.06	位相決定
REFMAC	refmac_5.2.0005	精密化

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2→24.21 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.947 / WR_factor R_free: 0.197 / WR_factor R_work: 0.153 / SU B: 3.155 / SU ML: 0.09 / SU R Cruickshank DPI: 0.145 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.145 / ESU R Free: 0.14 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2039	1504	5.076 %	RANDOM
R_work	0.1567	-	-	-
all	0.159	-	-	-
obs	0.159	29630	99.821 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.747 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.005 Å²	-0.003 Å²	0 Å²
2-	-	-0.005 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.008 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→24.21 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2889	0	0	285	3174

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.022	2954
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	2738
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.587	1.964	3993
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.838	3	6384
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.279	5	372
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.503	24.113	124
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.355	15	516
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	20.747	15	16
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.099	0.2	452
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	3259
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	571
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.209	0.2	604
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.189	0.2	2665
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.177	0.2	1442
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other	0.088	0.2	1687
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.252	0.2	222
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.197	0.2	8
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other	0.279	0.2	46
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.261	0.2	18
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.193	2	2385
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.353	2	764
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.872	4	2997
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.339	4	2563
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.454	6	1249
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	1.828	6	2316
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.081	8	996
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.065	8	3821

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2-2.052	0.247	110	0.186	2058	2181	99.404
2.052-2.108	0.251	97	0.168	1984	2081	100
2.108-2.169	0.2	115	0.162	1942	2057	100
2.169-2.236	0.219	105	0.16	1872	1977	100
2.236-2.309	0.192	96	0.154	1834	1930	100
2.309-2.39	0.208	115	0.158	1760	1875	100
2.39-2.48	0.201	104	0.156	1708	1812	100
2.48-2.581	0.161	85	0.157	1653	1738	100
2.581-2.696	0.216	88	0.163	1598	1686	100
2.696-2.827	0.268	75	0.164	1519	1594	100
2.827-2.98	0.218	74	0.161	1471	1545	100
2.98-3.16	0.241	69	0.154	1375	1444	100
3.16-3.378	0.223	66	0.149	1297	1363	100
3.378-3.648	0.208	63	0.146	1214	1277	100
3.648-3.995	0.193	57	0.136	1139	1196	100
3.995-4.464	0.152	51	0.135	1021	1072	100
4.464-5.151	0.166	44	0.144	914	959	99.896
5.151-6.299	0.183	44	0.181	791	835	100
6.299-8.866	0.213	31	0.189	627	658	100
8.866-65.233	0.219	15	0.192	349	403	90.323

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