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- PDB-1xm5: Crystal structure of metal-dependent hydrolase ybeY from E. coli,... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xm5
タイトルCrystal structure of metal-dependent hydrolase ybeY from E. coli, Pfam UPF0054
要素Hypothetical UPF0054 protein ybeY
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / protein structure initiative / NYSGXRC target T842 / PFAM family UPF0054 / PSI / New York SGX Research Center for Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


nickel cation binding / transcription antitermination / maturation of SSU-rRNA / metalloendopeptidase activity / rRNA processing / ribosome biogenesis / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / ribosomal small subunit biogenesis / response to heat / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 ...nickel cation binding / transcription antitermination / maturation of SSU-rRNA / metalloendopeptidase activity / rRNA processing / ribosome biogenesis / RNA endonuclease activity producing 3'-phosphomonoesters, hydrolytic mechanism / ribosomal small subunit biogenesis / response to heat / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / translation / zinc ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Metalloproteases ("zincins"), catalytic domain / Endoribonuclease YbeY, conserved site / Uncharacterized protein family UPF0054 signature. / Endoribonuclease YbeY / Metalloprotease catalytic domain superfamily, predicted / Endoribonuclease YbeY / Collagenase (Catalytic Domain) / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICKEL (II) ION / Endoribonuclease YbeY
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Fedorov, A.A. / Fedorov, E.V. / Shi, W. / Ramagopal, U.A. / Thirumuruhan, R. / Almo, S.C. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.F / 年: 2005
タイトル: The ybeY protein from Escherichia coli is a metalloprotein.
著者: Zhan, C. / Fedorov, E.V. / Shi, W. / Ramagopal, U.A. / Thirumuruhan, R. / Manjasetty, B.A. / Almo, S.C. / Fiser, A. / Chance, M.R. / Fedorov, A.A.
履歴
登録2004年10月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / pdbx_struct_conn_angle ...audit_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id ..._audit_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypothetical UPF0054 protein ybeY
B: Hypothetical UPF0054 protein ybeY
C: Hypothetical UPF0054 protein ybeY
D: Hypothetical UPF0054 protein ybeY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)70,3938
ポリマ－70,1584
非ポリマー2354
水00
1
A: Hypothetical UPF0054 protein ybeY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5982
ポリマ－17,5401
非ポリマー591
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Hypothetical UPF0054 protein ybeY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5982
ポリマ－17,5401
非ポリマー591
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Hypothetical UPF0054 protein ybeY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5982
ポリマ－17,5401
非ポリマー591
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Hypothetical UPF0054 protein ybeY
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,5982
ポリマ－17,5401
非ポリマー591
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)46.073, 119.613, 132.903
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The biological assembly is a monomer

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要素

#1: タンパク質
Hypothetical UPF0054 protein ybeY


分子量: 17539.584 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ybeY / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A898
#2: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.61 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.1 %
解説: Radiation sources NSLS X9A and APS 19BM were used at early stages of the study.
結晶化温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: PEG3350, magnesium chloride, Bis Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 278K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11101
21101
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X29A10.97919
シンクロトロンNSLS X29A20.97938, 0.97919, 0.96408
検出器
タイプID検出器日付
MARRESEARCH1CCD2004年6月28日
MARRESEARCH2CCD2004年6月28日
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.979191
20.979381
30.964081
反射解像度: 2.7→25 Å / Num. all: 20911 / Num. obs: 20911 / % possible obs: 97.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / % possible all: 99.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.7→25 Å / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.273 894 Random
Rwork0.234 --
all0.239 18232 -
obs0.239 18232 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4777 0 4 0 4781
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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