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- PDB-1xly: X-RAY STRUCTURE OF THE RNA-BINDING PROTEIN SHE2p -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xly
タイトルX-RAY STRUCTURE OF THE RNA-BINDING PROTEIN SHE2p
要素SHE2p
キーワードRNA BINDING PROTEIN / basic helical hairpin / five helix bundle / dimer / RNA-BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


mating type switching / cellular bud tip / intracellular mRNA localization / sequence-specific mRNA binding / mRNA transport / mRNA binding / lipid binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
She2 domain / RNA binding protein She2 / She2 domain superfamily / RNA binding protein She2p / Fumarase C; Chain A, domain 2 / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
SWI5-dependent HO expression protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Niessing, D. / Huettelmaier, S. / Zenklusen, D. / Singer, R.H. / Burley, S.K.
引用ジャーナル: Cell(Cambridge,Mass.) / 年: 2004
タイトル: She2p is a novel RNA binding protein with a basic helical hairpin motif
著者: Niessing, D. / Huettelmaier, S. / Zenklusen, D. / Singer, R.H. / Burley, S.K.
履歴
登録2004年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.classification / _software.name
改定 1.42021年2月3日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation_author
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.52021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.62024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: SHE2p
B: SHE2p


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6152
ポリマ－53,6152
非ポリマー00
水5,441302
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)97.199, 103.647, 56.733
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 110.51, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is a dimer of non-crystallographic symmetry

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要素

#1: タンパク質 SHE2p / SHE2 / YKL130C


分子量: 26807.252 Da / 分子数: 2 / 変異: C14S, C68, C106S, C180S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SHE2, YKL130C / プラスミド: pGEX-6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-DE3* / 参照: UniProt: P36068
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 302 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 49 %
結晶化温度: 293 K / pH: 8.5
詳細: PEG 4000, lithium sulfate, tris, beta-octyl-glucoside, pH 8.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 1.072
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年10月23日
放射モノクロメーター: DIAMOND 111 / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.072 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→25 Å / Num. obs: 37528 / % possible obs: 98 % / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 24.1 Å2 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Rsym value: 0.486 / % possible all: 97.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
REFMAC精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.95→19.76 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: PHE 176 in CHAIN B has very high B values and is close to the end of a short helix. It is well possible, that this residue adopts different conformations in the various molecules of the ...詳細: PHE 176 in CHAIN B has very high B values and is close to the end of a short helix. It is well possible, that this residue adopts different conformations in the various molecules of the asymmetric, so that in reality the reported clashes are avoided. The high B values and the weak visible electron density prevent a clear observation in this regard. We, therefore, chose to refine a conformation that is most consistent with the visible density and conforms with stereochemical requirements. It is also worth mentioning that, for the second molecule of this homodimer (CHAIN A), this region shows much stronger electron density. The structural model of CHAIN A, therefore, gives a very clear, and much better, description of this region. Consistently, we show in our publication a symmetry operated homodimer consisting of two CHAIN A models.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.241 1898 5 %RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.206 37528 98 %-
all-37528 --
原子変位パラメータBiso mean: 44.5 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.76 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3327 0 0 302 3629
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONp_bond_d0.0271.5
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_d2.32
X-RAY DIFFRACTIONp_angle_deg
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_d
X-RAY DIFFRACTIONp_hb_or_metal_coord
X-RAY DIFFRACTIONp_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONp_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONp_plane_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_chiral_restr
X-RAY DIFFRACTIONp_singtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_multtor_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xhyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_xyhbond_nbd
X-RAY DIFFRACTIONp_planar_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_staggered_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_orthonormal_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_transverse_tor
X-RAY DIFFRACTIONp_special_tor

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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