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- PDB-1xlv: Ethylphosphorylated Butyrylcholinesterase (Aged) Obtained By Reac... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xlv
タイトルEthylphosphorylated Butyrylcholinesterase (Aged) Obtained By Reaction With Echothiophate
要素BUTYRYLCHOLINESTERASE
キーワードHYDROLASE / CHOLINESTERASE / BChe
機能・相同性
機能・相同性情報


cholinesterase / : / neuroblast differentiation / response to folic acid / choline binding / Neurotransmitter clearance / cholinesterase activity / response to alkaloid / choline metabolic process / acetylcholine catabolic process ...cholinesterase / : / neuroblast differentiation / response to folic acid / choline binding / Neurotransmitter clearance / cholinesterase activity / response to alkaloid / choline metabolic process / acetylcholine catabolic process / negative regulation of synaptic transmission / hydrolase activity, acting on ester bonds / peptide hormone processing / acetylcholinesterase activity / nuclear envelope lumen / Synthesis of PC / Aspirin ADME / catalytic activity / Synthesis, secretion, and deacylation of Ghrelin / xenobiotic metabolic process / response to glucocorticoid / learning / amyloid-beta binding / blood microparticle / endoplasmic reticulum lumen / negative regulation of cell population proliferation / enzyme binding / extracellular space / extracellular region / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Acetylcholinesterase, tetramerisation domain / Acetylcholinesterase tetramerisation domain / : / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family ...Acetylcholinesterase, tetramerisation domain / Acetylcholinesterase tetramerisation domain / : / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ETHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE / Cholinesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.247 Å
データ登録者Nachon, F. / Asojo, O.A. / Borgstahl, G.E.O. / Masson, P. / Lockridge, O.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2005
タイトル: Role of Water in Aging of Human Butyrylcholinesterase Inhibited by Echothiophate: The Crystal Structure Suggests Two Alternative Mechanisms of Aging
著者: Nachon, F. / Asojo, O.A. / Borgstahl, G.E.O. / Masson, P. / Lockridge, O.
#1: ジャーナル: Eur.J.Biochem. / 年: 2002
タイトル: Engineering of a monomeric and low-glycosylated form of human butyrylcholinesterase: expression, purification, characterization and crystallization
著者: Nachon, F. / Nicolet, Y. / Viguie, N. / Masson, P. / Fontecilla-Camps, J.C. / Lockridge, O.
#2: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of human butyrylcholinesterase and of its complexes with substrate and products
著者: Nicolet, Y. / Lockridge, O. / Masson, P. / Fontecilla-Camps, J.C. / Nachon, F.
履歴
登録2004年9月30日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年2月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id ..._atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_entity_id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12021年10月20日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_2 ...chem_comp / database_2 / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 2.22023年8月23日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.32023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 2.42024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: BUTYRYLCHOLINESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,51418
ポリマ－59,7461
非ポリマー2,76917
水3,963220
1
A: BUTYRYLCHOLINESTERASE
ヘテロ分子

A: BUTYRYLCHOLINESTERASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,02936
ポリマ－119,4912
非ポリマー5,53734
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_556x,-y,-z+11
Buried area10200 Å2
ΔGint-78 kcal/mol
Surface area41550 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)154.587, 154.587, 126.706
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number97
Cell settingtetragonal
Space group name H-MI422
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1315-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 BUTYRYLCHOLINESTERASE / E.C.3.1.1.8 / Acylcholine acylhydrolase / Choline esterase II / Butyrylcholine esterase / Pseudocholinesterase


分子量: 59745.574 Da / 分子数: 1 / 変異: aged / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: aged, Ser 198 covalently bound to EFS / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: PGS / Cell (発現宿主): Baby Hampster Kidney Cells
発現宿主: Cricetulus griseus (モンゴルキヌゲネズミ)
参照: UniProt: P06276, cholinesterase

-
糖 , 3種, 6分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[beta-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpb1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][b-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖
ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 5種, 231分子

#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 化合物 ChemComp-EFS / ETHYL DIHYDROGEN PHOSPHATE / りん酸二水素エチル


分子量: 126.048 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H7O4P
#8: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#9: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: AMMONIUM SULFATE, 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.247→50 Å / Num. obs: 31580 / % possible obs: 86.1 % / 冗長度: 7.8 % / Rsym value: 0.051 / Net I/σ(I): 32.2
反射 シェル解像度: 2.247→2.33 Å / 冗長度: 6.3 % / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Rsym value: 0.439 / % possible all: 91.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
REFMAC5.2精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1POI

1poi


解像度: 2.247→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.921 / SU B: 6.161 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.335 / ESU R Free: 0.253 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24662 1447 5 %RANDOM
Rwork0.18299 ---
obs0.18618 27281 78.25 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 48.278 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.8 Å20 Å20 Å2
2---1.8 Å20 Å2
3---3.59 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.247→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4180 0 170 220 4570
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0224591
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7441.9666252
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8155544
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.35724210
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.78915718
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.5371523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1150.2669
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.023491
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2260.22269
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3170.23112
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1680.2287
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.230.247
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2030.28
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.1581.52740
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.65924328
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.64832120
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6994.51924
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.247→2.305 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.296 109 -
Rwork0.224 1875 -
obs--73.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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