PDB-1xl6: Intermediate gating structure 2 of the inwardly rectifying K+ cha...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1xl6

タイトル

Intermediate gating structure 2 of the inwardly rectifying K+ channel KirBac3.1

要素

Inward rectifier potassium channel

キーワード

METAL TRANSPORT / integral membrane protein / ion channel / inwardly rectifying K+ channel

機能・相同性

機能・相同性情報

inward rectifier potassium channel activity / regulation of monoatomic ion transmembrane transport / monoatomic ion channel complex / potassium ion import across plasma membrane / identical protein binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Magnetospirillum magnetotacticum (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.85 Å

データ登録者

Gulbis, J.M. / Kuo, A. / Smith, B. / Doyle, D.A. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Sundstrom, M.

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Two intermediate gating state crystal structures of the KirBac3.1 K+ channel
著者: Gulbis, J.M. / Kuo, A. / Smith, B. / Doyle, D.A. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Sundstrom, M.

履歴

登録	2004年9月30日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2004年12月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.3	2023年10月25日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.pdbx_ptnr2_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1xl6.cif.gz	129.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1xl6.ent.gz	102.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1xl6.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1xl6_validation.pdf.gz	454.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1xl6_full_validation.pdf.gz	488.6 KB	表示
XML形式データ	1xl6_validation.xml.gz	27.1 KB	表示
CIF形式データ	1xl6_validation.cif.gz	36.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/1xl6 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/1xl6	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1xl4C 1p7bS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1xl4-1 2x6b-1 10846 4mx2-2 5euj-3 4pgh-d 3vlj-d 6nkf-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#38 - 2003年2月カリウムチャネル (Potassium Channels) 類似性 (2) #15 - 2001年3月転移RNA (Transfer RNA) 類似性 (1) #23 - 2001年11月 DNA (DNA) 類似性 (1) #223 - 2018年7月ピエゾ1機械受容チャネル (Piezo1 Mechanosensitive Channel) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Inward rectifier potassium channel

B: Inward rectifier potassium channel

ヘテロ分子

68.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Inward rectifier potassium channel

B: Inward rectifier potassium channel

ヘテロ分子

A: Inward rectifier potassium channel

B: Inward rectifier potassium channel

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
136 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	105.756, 107.532, 89.654
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1000- K
2	1	A-1001- K
3	1	A-1002- K
4	1	A-1003- K
5	1	A-1004- K
6	1	A-1006- K
7	1	A-2001- MG
8	1	B-1005- K
9	1	B-3001- SPM
10	1	B-3001- SPM
11	1	B-3001- SPM
12	1	A-2002- HOH
13	1	A-2003- HOH
14	1	B-3002- HOH

#1: タンパク質	Inward rectifier potassium channel / Inwardly rectifying K+ channel KirBac3.1 / COG1226: Kef-type K+ transport systems / predicted NAD- ...Inwardly rectifying K+ channel KirBac3.1 / COG1226: Kef-type K+ transport systems / predicted NAD-binding component 分子量: 33782.766 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Magnetospirillum magnetotacticum (バクテリア) プラスミド: pET-30a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL-21(DE3)star / 参照: GenBank: 46201166, UniProt: D9N164*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-SPM / SPERMINE / スペルミン分子量: 202.340 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₆N₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 58 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
非ポリマーの詳細	THERE ARE THREE ALTERNATE ARRANGEMENTS OF IONS AND COORDINATED WATER MOLECULES. THEY ARE NOT ...THERE ARE THREE ALTERNATE ARRANGEMENTS OF IONS AND COORDINATED WATER MOLECULES. THEY ARE NOT COMPLETELY MUTUALLY EXCLUSIVE. THE FIRST INCLUDES K(1001), K(1003), K(1004) AND HOH(2002). THE SECOND INCLUDES K(1002), K(1003) AND K(1005). THE THIRD INCLUDES K(1002), K(1006), HOH(3002), MG(2001) AND HOH(2003). THERE ARE ALSO FOUR CONFORMERS OF THE SPERMINE MOLECULE (SPM L3001). ALTERNATE CONFORMERS HAVE BEEN FLAGGED E,F,G,H.

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.77 Å³/Da / 溶媒含有率: 65 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.6 詳細: 90mM Hepes, 2.5% PEG 8000, 2.5% PEG 4000, 20% PEG 400, 12.5mM magnesium chloride, 42.5mM magnesium acetate, 2.5% glycerol, 14mM Hega-10 , pH 7.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

-
データ収集

放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	相対比: 1
反射	解像度: 2.7→30 Å / Num. obs: 28510

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
MOSFLM		データ削減
SCALA		データスケーリング
CNS		精密化
X-PLOR		精密化
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1P7B

1p7b

解像度: 2.85→10 Å / σ(F): 3

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.31	1224	5 %
R_work	0.27	-	-
obs	-	25550	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.85→10 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4612	0	22	58	4692

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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