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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xl2 | ||||||
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タイトル | HIV-1 Protease in complex with pyrrolidinmethanamine | ||||||
要素 | PROTEASE RETROPEPSIN | ||||||
キーワード | HYDROLASE / Aspartyl Protease / HIV Protease / Pyrrolidine Inhibitor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus ...HIV-1 retropepsin / retroviral ribonuclease H / exoribonuclease H / exoribonuclease H activity / host multivesicular body / DNA integration / viral genome integration into host DNA / RNA-directed DNA polymerase / establishment of integrated proviral latency / viral penetration into host nucleus / RNA stem-loop binding / RNA-directed DNA polymerase activity / host cell / RNA-DNA hybrid ribonuclease activity / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / symbiont-mediated suppression of host gene expression / viral nucleocapsid / DNA recombination / DNA-directed DNA polymerase / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / aspartic-type endopeptidase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / symbiont entry into host cell / lipid binding / host cell nucleus / host cell plasma membrane / structural molecule activity / virion membrane / proteolysis / DNA binding / zinc ion binding / membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Boettcher, J. / Specker, E. / Heine, A. / Klebe, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2005 タイトル: An Old Target Revisited: Two New Privileged Skeletons and an Unexpected Binding Mode For HIV-Protease Inhibitors 著者: Specker, E. / Boettcher, J. / Lilie, H. / Heine, A. / Schoop, A. / Muller, G. / Griebenow, N. / Klebe, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1xl2.cif.gz | 58 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1xl2.ent.gz | 40.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1xl2.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1xl2_validation.pdf.gz | 893.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1xl2_full_validation.pdf.gz | 895.5 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1xl2_validation.xml.gz | 12.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1xl2_validation.cif.gz | 17.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/1xl2 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xl/1xl2 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 10803.756 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス) 属: Lentivirus / 遺伝子: gag-pol / プラスミド: p566 / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: P03367, HIV-1 retropepsin #2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-189 / | #4: 化合物 | ChemComp-GOL / | #5: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.9 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: NaCl, Bis-Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 103 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å |
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2004年5月27日 / 詳細: silicon mirrors, double silicon crystal |
放射 | モノクロメーター: double crystal monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9184 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→20 Å / Num. all: 29849 / Num. obs: 29849 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.7 % / Rsym value: 0.063 / Net I/σ(I): 18.6 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Rsym value: 0.54 / % possible all: 77.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1B6N 1b6n 解像度: 1.5→8 Å / Num. parameters: 7111 / Num. restraintsaints: 6506 / 交差検証法: FREE R / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: ENGH & HUBER 詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28(1995)53-56
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Refine analyze | Num. disordered residues: 5 / Occupancy sum hydrogen: 1604 / Occupancy sum non hydrogen: 1755 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→8 Å
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拘束条件 |
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