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万見
- PDB-1xkt: Human fatty acid synthase: Structure and substrate selectivity of... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xkt
タイトルHuman fatty acid synthase: Structure and substrate selectivity of the thioesterase domain
要素fatty acid synthase
キーワードhydroxylase / Human fatty acid synthase / thioesterase / specificity / drug target
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty-acid synthase system / ether lipid biosynthetic process / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / neutrophil differentiation / fatty-acyl-CoA biosynthetic process / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / establishment of endothelial intestinal barrier / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity / glycogen granule ...fatty-acid synthase system / ether lipid biosynthetic process / Vitamin B5 (pantothenate) metabolism / neutrophil differentiation / fatty-acyl-CoA biosynthetic process / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH, Re-specific) / establishment of endothelial intestinal barrier / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase / [acyl-carrier-protein] S-acetyltransferase activity / glycogen granule / oleoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / Fatty acyl-CoA biosynthesis / fatty acyl-[ACP] hydrolase activity / host-mediated perturbation of viral process / ChREBP activates metabolic gene expression / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase / 3-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase / [acyl-carrier-protein] S-malonyltransferase activity / beta-ketoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase I / (3R)-hydroxyacyl-[acyl-carrier-protein] dehydratase activity / acetyl-CoA metabolic process / NR1H2 & NR1H3 regulate gene expression linked to lipogenesis / mammary gland development / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADPH) activity / fatty acid synthase activity / monocyte differentiation / phosphopantetheine binding / 3-oxoacyl-[acyl-carrier-protein] synthase activity / response to nutrient / cellular response to interleukin-4 / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / fatty acid metabolic process / fatty acid biosynthetic process / osteoblast differentiation / melanosome / cadherin binding / inflammatory response / Golgi apparatus / RNA binding / extracellular exosome / identical protein binding / membrane / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Fatty acid synthase; domain 2 / Protein Yjbj; Chain: A; / : / Fatty acid synthase, pseudo-KR domain / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH ...Fatty acid synthase; domain 2 / Protein Yjbj; Chain: A; / : / Fatty acid synthase, pseudo-KR domain / Methyltransferase type 12 / Methyltransferase domain / Thioesterase / Thioesterase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain / PKS_DH / : / Polyketide synthase dehydratase domain / Polyketide synthase, dehydratase domain superfamily / : / Polyketide and metazoan fatty acid synthase dehydratase (PKS/mFAS DH) domain profile. / Polyketide synthase, C-terminal extension / Ketoacyl-synthetase C-terminal extension / Polyketide synthase, ketoreductase domain / KR domain / Malonyl-CoA ACP transacylase, ACP-binding / : / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Acyl transferase / Acyl transferase domain / Acyl transferase domain in polyketide synthase (PKS) enzymes. / Zinc-binding dehydrogenase / Acyl transferase domain superfamily / Acyl transferase/acyl hydrolase/lysophospholipase / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / Polyketide synthase, phosphopantetheine-binding domain / Phosphopantetheine attachment site / PKS_KR / Beta-ketoacyl synthase, active site / Ketosynthase family 3 (KS3) active site signature. / Beta-ketoacyl synthase / Ketosynthase family 3 (KS3) domain profile. / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal / Polyketide synthase, beta-ketoacyl synthase domain / Beta-ketoacyl synthase, N-terminal domain / Beta-ketoacyl synthase, C-terminal domain / GroES-like superfamily / Thiolase-like / Phosphopantetheine attachment site / Phosphopantetheine attachment site. / Phosphopantetheine attachment site / ACP-like superfamily / Carrier protein (CP) domain profile. / Phosphopantetheine binding ACP domain / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / NAD(P)-binding domain superfamily / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Fatty acid synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Chakravarty, B. / Gu, Z. / Chirala, S.S. / Wakil, S.J. / Quiocho, F.A.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2004
タイトル: Human fatty acid synthase: structure and substrate selectivity of the thioesterase domain.
著者: Chakravarty, B. / Gu, Z. / Chirala, S.S. / Wakil, S.J. / Quiocho, F.A.
履歴
登録2004年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
Remark 999SEQUENCE There is a mismatch in postion 2440 from the database reference sequence of fatty acid ...SEQUENCE There is a mismatch in postion 2440 from the database reference sequence of fatty acid synthase, which is due to the heteregeneity of that position in different clones.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: fatty acid synthase
B: fatty acid synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,5642
ポリマ－63,5642
非ポリマー00
水1,17165
1
A: fatty acid synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7821
ポリマ－31,7821
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: fatty acid synthase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7821
ポリマ－31,7821
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)104.783, 104.783, 126.460
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number91
Space group name H-MP4122
詳細Monomer is active biologically although assymetric unit has a dimer

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要素

#1: タンパク質 fatty acid synthase


分子量: 31782.041 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: ProEx / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P49327
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 65 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.938 Å3/Da / 溶媒含有率: 58 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.8
詳細: Ammonium sulfate, MES, glycerol, pH 6.8, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

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データ収集

回折平均測定温度: 150 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.96865, 0.97930, 0.97910, 0.96390
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年2月8日
放射モノクロメーター: KOHZU double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.968651
20.97931
30.97911
40.96391
反射解像度: 2.6→50 Å / Num. all: 22088 / Num. obs: 21444 / % possible obs: 97.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Biso Wilson estimate: 46.4 Å2
反射 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / % possible all: 92.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.6→11.82 Å / Rfactor Rfree error: 0.009 / Data cutoff high absF: 470097.2 / Data cutoff low absF: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: The active site, Ser 2308, has bad phi and psi values, as seen in serine-like proteases.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.279 1043 4.9 %RANDOM
Rwork0.258 ---
all0.258 22088 --
obs0.258 21444 97.4 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 47.0189 Å2 / ksol: 0.338461 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 61.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å20 Å20 Å2
2---0.02 Å20 Å2
3---0.03 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.48 Å0.41 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.51 Å0.41 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.6→11.82 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4046 0 0 65 4111
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.5
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.86
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.76 Å / Rfactor Rfree error: 0.03 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.406 185 5.5 %
Rwork0.353 3174 -
obs--92.5 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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