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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xki | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human tear lipocalin/von Ebners gland protein | ||||||
![]() | Von Ebner's gland protein | ||||||
![]() | TRANSPORT PROTEIN / beta barrel / ligand binding protein | ||||||
機能・相同性 | ![]() Transport of fatty acids / response to stimulus / chloride ion binding / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / sensory perception of taste / signaling receptor binding / proteolysis / extracellular space / zinc ion binding / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Breustedt, D.A. / Korndoerfer, I.P. / Redl, B. / Skerra, A. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The 1.8-A crystal structure of human tear lipocalin reveals an extended branched cavity with capacity for multiple ligands 著者: Breustedt, D.A. / Korndoerfer, I.P. / Redl, B. / Skerra, A. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 43.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 29.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 431.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 433 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 9.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 12.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17949.180 Da / 分子数: 1 / 変異: C101S, D158A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.3 % |
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結晶化 | 温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Tris/HCl, Zn-acetate, ethylene glycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | |||||||||||||||
検出器 | タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月4日 | |||||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.8→39.2 Å / Num. all: 16420 / Num. obs: 16397 / % possible obs: 97.88 % / Observed criterion σ(F): 6 / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 24.6 Å2 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 5.0843 | |||||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.54 / Num. unique all: 2403 / Rsym value: 0.25 / % possible all: 98.77 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 33.444 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.2 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
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