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- PDB-1xki: Crystal structure of human tear lipocalin/von Ebners gland protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xki
タイトルCrystal structure of human tear lipocalin/von Ebners gland protein
要素Von Ebner's gland protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / beta barrel / ligand binding protein
機能・相同性
機能・相同性情報


Transport of fatty acids / chloride ion binding / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity / sensory perception of taste / signaling receptor binding / proteolysis / extracellular space / extracellular region / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
von Ebner's gland protein/ Bos/Can allergen / Lipocalin / Lipocalin / cytosolic fatty-acid binding protein family / Lipocalin/cytosolic fatty-acid binding domain / Calycin beta-barrel core domain / Calycin / Lipocalin / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Breustedt, D.A. / Korndoerfer, I.P. / Redl, B. / Skerra, A.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: The 1.8-A crystal structure of human tear lipocalin reveals an extended branched cavity with capacity for multiple ligands
著者: Breustedt, D.A. / Korndoerfer, I.P. / Redl, B. / Skerra, A.
履歴
登録2004年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年10月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年11月10日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Von Ebner's gland protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,2166
ポリマ－17,9491
非ポリマー2675
水2,630146
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)76.397, 61.415, 50.798
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 129.71, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 Von Ebner's gland protein / Tear lipocalin / VEG protein / Tear prealbumin / TP / Lipocalin 1


分子量: 17949.180 Da / 分子数: 1 / 変異: C101S, D158A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: LCN1 / プラスミド: pTlc3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM83 / 参照: UniProt: P31025
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 146 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.3 %
結晶化温度: 285 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: Tris/HCl, Zn-acetate, ethylene glycol, pH 7.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 285K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 0.97960, 0.97888, 0.88556, 0.97912
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月4日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97961
20.978881
30.885561
40.979121
反射解像度: 1.8→39.2 Å / Num. all: 16420 / Num. obs: 16397 / % possible obs: 97.88 % / Observed criterion σ(F): 6 / Observed criterion σ(I): 6 / 冗長度: 2.1 % / Biso Wilson estimate: 24.6 Å2 / Rsym value: 0.069 / Net I/σ(I): 5.0843
反射 シェル解像度: 1.8→1.9 Å / 冗長度: 2.1 % / Mean I/σ(I) obs: 2.54 / Num. unique all: 2403 / Rsym value: 0.25 / % possible all: 98.77

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0003精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.8→39.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.953 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.923 / SU B: 2.308 / SU ML: 0.075 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.112 / ESU R Free: 0.127 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2542 839 5.1 %RANDOM
Rwork0.1894 ---
obs0.19277 15558 97.5 %-
all-16397 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 33.444 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.67 Å20 Å21.43 Å2
2---0.82 Å20 Å2
3---0.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.8→39.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数982 0 5 146 1133
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.022995
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.2151.9661337
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3255124
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.59324.3941
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.7915182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.257156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.190.2152
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.02724
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2060.3336
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3210.5632
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.370.5142
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1720.55
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.570.328
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3450.523
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.9122651
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.40831005
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.2712393
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.9793332
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.295 52 -
Rwork0.234 1164 -
obs-1164 98.78 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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