PDB-1xkd: Ternary complex of Isocitrate dehydrogenase from the hyperthermop...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1xkd

タイトル

Ternary complex of Isocitrate dehydrogenase from the hyperthermophile Aeropyrum pernix

要素

isocitrate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Enzyme / ternary complex / isocitrate / Ca2+ / NADP+

機能・相同性

機能・相同性情報

isocitrate dehydrogenase (NADP+) / isocitrate dehydrogenase (NADP+) activity / glyoxylate cycle / tricarboxylic acid cycle / NAD binding / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Aeropyrum pernix (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Karlstrom, M. / Stokke, R. / Steen, I.H. / Birkeland, N.-K. / Ladenstein, R.

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Isocitrate dehydrogenase from the hyperthermophile Aeropyrum pernix: X-ray structure analysis of a ternary enzyme-substrate complex and thermal stability.
著者: Karlstrom, M. / Stokke, R. / Steen, I.H. / Birkeland, N.-K. / Ladenstein, R.

履歴

登録	2004年9月28日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2005年10月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Advisory / Refinement description ...Advisory / Refinement description / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2018年3月7日	Group: Advisory / Data collection / カテゴリ: diffrn_source / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.4	2023年8月23日	Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_ncs_dom_lim / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.5	2024年10月9日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1xkd.cif.gz	183.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1xkd.ent.gz	145.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1xkd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/1xkd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xk/1xkd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1tyoC 1xgvSC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1ai2-1 1ide-1 4ajb-1 1cw4-1 4brl-d 1l5j-2 4ajs-1 1iso-1 1o75-d 1hqs-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (8) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (6) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

登録構造単位

A: isocitrate dehydrogenase

B: isocitrate dehydrogenase

ヘテロ分子

97.9 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	107.575, 107.575, 171.045
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	1	A
4	1	B
5	1	A
6	1	B

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-ID	Component-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Refine code	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	TYR	TYR	ARG	ARG	2	A	A	141 - 257	141 - 257
2	1	TYR	TYR	ARG	ARG	2	B	B	141 - 257	141 - 257
3	2	GLU	GLU	LYS	LYS	5	A	A	258 - 278	258 - 278
4	2	GLU	GLU	LYS	LYS	5	B	B	258 - 278	258 - 278
5	3	ILE	ILE	LEU	LEU	2	A	A	279 - 320	279 - 320
6	3	ILE	ILE	LEU	LEU	2	B	B	279 - 320	279 - 320

#1: タンパク質	isocitrate dehydrogenase 分子量: 47982.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Aeropyrum pernix (古細菌) / 株: K1 / 遺伝子: BAA79665 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21-CodonPlus (DE3) / 参照: UniProt: Q9YE81, isocitrate dehydrogenase (NADP+)
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE 分子量: 743.405 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₈N₇O₁₇P₃
#4: 化合物	ChemComp-ICT / ISOCITRIC ACID / D-イソくえん酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.6 Å³/Da / 溶媒含有率: 52 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: PEG 6K, Magnesium chloride, sodium citrate, pH 5.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 291K

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I711 / 波長: 1.089 Å
検出器	タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年5月24日
放射	モノクロメーター: Si 111 Channel / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.089 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→39.7 Å / Num. all: 45289 / Num. obs: 45223 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 1.35 / Observed criterion σ(I): 2 / 冗長度: 8.3 % / B_iso Wilson estimate: 45.7 Å² / R_merge(I) obs: 0.051 / Net I/σ(I): 25.42
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.367 / Mean I/σ(I) obs: 5.53 / Num. unique all: 2259 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
DENZO		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
CNS		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB ENTRY 1XGV

1xgv

解像度: 2.3→39.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.931 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.92 / SU B: 6.155 / SU ML: 0.154 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: TLS / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / ESU R: 0.348 / ESU R Free: 0.231 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.24822	2289	5.1 %	RANDOM
R_work	0.2261	-	-	-
obs	0.22722	42860	99.79 %	-
all	-	45149	-	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.931 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.3 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.3 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.6 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→39.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6568	0	124	196	6888

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.013	0.021	6733
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.928	1.984	9160
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.983	5	840
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.093	0.2	1013
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.02	5111
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.213	0.2	3398
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.15	0.2	345
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.185	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.207	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.156	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.54	1.5	4189
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.977	2	6717
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	1.668	3	2544
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.604	4.5	2443

Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
636	tight positional	0.09	0.05
734	medium positional	0.63	0.5
71	loose positional	1.18	5
636	tight thermal	0.33	0.5
734	medium thermal	0.97	2
71	loose thermal	2.42	10

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.361 Å / Total num. of bins used: 20 /

	R_factor	反射数
R_free	0.319	155
R_work	0.249	3123

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.6583	0.2694	0.251	2.2541	0.2585	2.3127	0.1227	-0.3255	-0.2581	0.5162	-0.0518	-0.205	0.1547	0.1163	-0.0709	0.1396	0.0196	-0.0459	0.2108	-0.0085	0.0967	258.6029	93.428	-137.8816
2	4.8147	0.7892	1.5278	3.8817	-1.5882	3.166	-0.2412	1.097	0.1647	-0.9287	0.2732	0.7024	0.2456	-0.494	-0.032	0.4008	-0.1897	-0.2847	0.6773	0.1083	0.4467	221.1238	86.6199	-187.2629
3	3.0291	1.1999	-1.3577	1.0702	-0.169	1.5273	-0.554	0.4898	-0.5509	-0.3772	0.181	-0.1814	0.3126	-0.2477	0.3729	0.2066	-0.1413	0.1246	0.2711	-0.149	0.207	244.3754	80.6404	-172.057
4	6.4779	1.1984	-1.3027	5.3623	-0.2229	3.0036	-0.2745	1.1391	1.0267	-1.1137	0.4697	0.2542	-0.3518	-0.3913	-0.1952	0.4443	-0.1123	-0.1873	0.5836	0.2877	0.3178	233.9617	99.7435	-187.7695
5	16.2513	0.6759	-23.3306	53.0374	-17.7626	82.9569	-0.9826	2.317	-1.4951	-3.0381	0.9372	-1.1359	2.3825	-1.7399	0.0455	0.2708	0.0205	-0.014	0.2674	-0.0334	0.2719	261.9554	88.8955	-158.2737
6	56.485	15.8503	6.0234	-16.9505	56.7127	21.9666	0.0204	-0.9045	-1.7698	2.0979	-0.7235	-0.8945	2.2962	-0.0261	0.7031	0.2518	0.0101	-0.0057	0.2376	0.0241	0.2445	250.3541	86.8269	-157.5835
7	0.6588	0.2595	0.1592	0.8995	0.6974	1.5375	0.0266	-0.0531	-0.0721	0.0848	0.0053	0.0031	-0.07	0.0393	-0.0318	0.121	0.0239	0.0158	0.1268	-0.0329	0.1453	253.4022	96.9098	-148.7598
8	1.9252	1.1428	-0.9095	0.6222	-0.1768	1.5643	-0.2796	0.2137	-0.3477	-0.2604	0.0977	-0.1275	0.2857	-0.0058	0.182	0.1856	-0.0708	0.0929	0.2769	-0.1013	0.2735	243.4455	81.0272	-168.6034
9	12.8485	3.7619	1.6964	-1.2901	1.4914	2.5941	0.2914	-0.2244	0.704	0.1193	0.088	0.6574	0.3175	0.1035	-0.3795	0.2585	0.0011	0.0003	0.259	0	0.2571	221.2914	83.3233	-169.4942
10	2.5237	1.489	-0.5438	1.7023	0.0586	1.9411	-0.0372	0.0385	0.1964	0.0088	-0.1112	0.4114	-0.1299	-0.4018	0.1484	0.0131	0.0417	0.0055	0.1788	-0.0707	0.1707	235.9823	93.0048	-157.2941
11	1.1031	0.4428	-0.1475	1.8228	0.3719	2.8424	0.0112	0.0047	0.0793	-0.1002	0.0933	-0.0574	-0.4138	0.2773	-0.1045	0.0864	-0.012	0.0035	0.1305	-0.0709	0.073	260.9861	104.874	-152.6168
12	34.3537	-2.9296	3.111	1.707	-7.0613	15.6106	0.0484	1.6244	-0.9954	-0.7065	-0.1808	-0.8086	0.6423	-0.2264	0.1324	0.2807	0.0567	-0.0061	0.2953	-0.0068	0.2617	230.052	97.7979	-173.5059
13	10.0484	-1.1581	3.7931	-2.5451	3.3641	-1.9837	0.2043	0.5621	-0.1142	0.6778	-0.139	0.0258	0.1291	-0.3402	-0.0654	0.2621	-0.0223	-0.0172	0.2706	0.027	0.2714	230.4586	92.2326	-170.9696

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	5 - 131
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 131
3	X-RAY DIFFRACTION	3	B	132 - 321
4	X-RAY DIFFRACTION	4	B	322 - 426
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	1001
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	1002
7	X-RAY DIFFRACTION	6	A	1006
8	X-RAY DIFFRACTION	6	A	1134 - 1137
9	X-RAY DIFFRACTION	7	A	1009 - 1131
10	X-RAY DIFFRACTION	7	B	1014 - 1020
11	X-RAY DIFFRACTION	8	A	1132 - 1133
12	X-RAY DIFFRACTION	8	B	1021 - 1062
13	X-RAY DIFFRACTION	9	B	1063 - 1069
14	X-RAY DIFFRACTION	10	A	132 - 321
15	X-RAY DIFFRACTION	11	A	322 - 435
16	X-RAY DIFFRACTION	12	B	1003
17	X-RAY DIFFRACTION	13	B	1004
18	X-RAY DIFFRACTION	13	A	1005
19	X-RAY DIFFRACTION	13	A	1007 - 1008
20	X-RAY DIFFRACTION	13	B	1005 - 1013

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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