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- PDB-1xk5: Crystal structure of the m3G-cap-binding domain of snurportin1 in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xk5
タイトルCrystal structure of the m3G-cap-binding domain of snurportin1 in complex with a m3GpppG-cap dinucleotide
要素snurportin-1
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Protein-RNA-complex
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA import into nucleus / RNA cap binding / snRNA import into nucleus / NLS-dependent protein nuclear import complex / nuclear import signal receptor activity / nuclear pore / protein import into nucleus / snRNP Assembly / nucleoplasm / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Snurportin-1 / Snurportin-1, N-terminal / : / Snurportin1 / Snurportin1, m3G cap-binding domain / DNA ligase/mRNA capping enzyme / Importin-alpha, importin-beta-binding domain / IBB domain profile. / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-TPG / Snurportin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Strasser, A. / Dickmanns, A. / Luehrmann, R. / Ficner, R.
引用
ジャーナル: Embo J. / 年: 2005
タイトル: Structural basis for m(3)G-cap-mediated nuclear import of spliceosomal UsnRNPs by snurportin1
著者: Strasser, A. / Dickmanns, A. / Luehrmann, R. / Ficner, R.
#1: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 2004
タイトル: Purification, crystallization and preliminary crystallographic data of the m3G cap-binding domain of human snRNP import factor snurportin 1
著者: Strasser, A. / Dickmanns, A. / Schmidt, U. / Penka, E. / Urlaub, H. / Sekine, M. / Luehrmann, R. / Ficner, R.
#2: ジャーナル: Embo J. / 年: 1998
タイトル: Snurportin1, an m3G-cap-specific nuclear import receptor with a novel domain structure
著者: Huber, J. / Cronshagen, U. / Kadokura, M. / Marshallsay, C. / Wada, T. / Sekine, M. / Luehrmann, R.
履歴
登録2004年9月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: snurportin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9822
ポリマ－23,1491
非ポリマー8331
水1,47782
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)57.470, 57.470, 130.090
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 snurportin-1 / RNA / U transporter 1 / UsnRNPs


分子量: 23149.438 Da / 分子数: 1
断片: m3G-cap-binding domain comprising amino acids 97-300
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / プラスミド: pGEX6P1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)RIL / 参照: UniProt: O95149
#2: 化合物 ChemComp-TPG / 2,2,7-TRIMETHYL-GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE-5'-GUANOSINE


タイプ: RNA linking / 分子量: 832.501 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C23H35N10O18P3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 82 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 4

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.03 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 8% PEG20K, 100mM MES pH6.0 for initial crystals and 200mM sodium citrate pH5.5 for larger crystals after seeding, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→30 Å / Num. obs: 249994 / 冗長度: 11 % / Rmerge(I) obs: 0.09 / Net I/σ(I): 18.7
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å

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解析

ソフトウェア
名称分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SHARP位相決定
CNS精密化
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.4→20 Å / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.276 449 RANDOM
Rwork0.227 --
all-9065 -
obs-8620 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1629 0 54 82 1765
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it0.06
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it0.66
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.084
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d0.672
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obsTotal num. of bins used
2.4-2.510.4035430.3211X-RAY DIFFRACTION7306
2.51-2.640.4659650.306X-RAY DIFFRACTION10316
2.64-2.810.3468520.2763X-RAY DIFFRACTION11076
2.81-3.020.3548640.2634X-RAY DIFFRACTION11186
3.02-3.320.3501570.2647X-RAY DIFFRACTION11136
3.32-3.80.2903510.22X-RAY DIFFRACTION11356

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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