+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xjx | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | The crystal structures of the DNA binding sites of the RUNX1 transcription factor | ||||||
要素 |
| ||||||
キーワード | DNA (デオキシリボ核酸) / A-DNA (A-DNA) / DOUBLE HELIX / OVERHANGING BASES / RUNX1 (RUNX1) | ||||||
機能・相同性 | デオキシリボ核酸 機能・相同性情報 | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Kitayner, M. / Rozenberg, H. / Rabinovich, D. / Shakked, Z. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005 タイトル: Structures of the DNA-binding site of Runt-domain transcription regulators. 著者: Kitayner, M. / Rozenberg, H. / Rabinovich, D. / Shakked, Z. | ||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1xjx.cif.gz | 20.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb1xjx.ent.gz | 12.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1xjx.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/1xjx ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xj/1xjx | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 2722.784 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
---|---|
#2: DNA鎖 | 分子量: 2740.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.92 % | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: MPD, magnesium chloride, sodium cacodylate acid, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 |
|
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RUH3R / 波長: 1.54 / 波長: 1.5418 Å | |||||||||
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 詳細: OSMIC CONFOCAL MIRROR | |||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
| |||||||||
反射 | 解像度: 1.7→18.4 Å / Num. obs: 4315 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 3.3 % / Rsym value: 0.039 / Net I/σ(I): 39.3 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Rsym value: 0.236 / % possible all: 78.4 |
-解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: FIBER A-DNA 解像度: 1.7→15 Å / Num. parameters: 1744 / Num. restraintsaints: 5767 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 立体化学のターゲット値: L.CLOWNEY ET AL.,J.AM.CHEM.SOC.118(1996)509-518, A.GELBIN ET AL.,J.AM.CHEM.SOC.118(1996)519-529, G.PARKINSON ET AL.,ACTA CRYST.D52(1996)57-64 詳細: ANISOTROPIC SCALING APPLIED BY THE METHOD OF PARKIN, MOEZZI & HOPE, J.APPL.CRYST.28(1995)53-56
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Num. disordered residues: 0 / Occupancy sum hydrogen: 0 / Occupancy sum non hydrogen: 432 | |||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→15 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
|