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万見
- PDB-1xju: Crystal structure of secreted inactive form of P1 phage endolysin Lyz -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xju
タイトルCrystal structure of secreted inactive form of P1 phage endolysin Lyz
要素Lysozyme
キーワードHYDROLASE / secreted inactive conformation
機能・相同性
機能・相同性情報


peptidoglycan catabolic process / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / killing of cells of another organism / defense response to bacterium / host cell plasma membrane / membrane
類似検索 - 分子機能
SAR-endolysin-like / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / Lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Enterobacteria phage P1 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.07 Å
データ登録者Arockiasamy, A. / Sacchettini, J.C.
引用ジャーナル: Science / 年: 2005
タイトル: Disulfide isomerization after membrane release of its SAR domain activates P1 lysozyme.
著者: Xu, M. / Arulandu, A. / Struck, D.K. / Swanson, S. / Sacchettini, J.C. / Young, R.
履歴
登録2004年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.contact_author ..._software.classification / _software.contact_author / _software.contact_author_email / _software.date / _software.language / _software.location / _software.name / _software.type / _software.version

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysozyme
B: Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,72610
ポリマ－36,9582
非ポリマー7698
水10,269570
1
A: Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,6713
ポリマ－18,4791
非ポリマー1922
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,0557
ポリマ－18,4791
非ポリマー5766
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
B: Lysozyme
ヘテロ分子

A: Lysozyme
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,72610
ポリマ－36,9582
非ポリマー7698
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_556x,y,z+11
Buried area3760 Å2
ΔGint-90 kcal/mol
Surface area16110 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.349, 59.786, 76.228
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 102.51, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Lysozyme / Lysis protein / Muramidase / Endolysin / Protein gp17


分子量: 18478.969 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Enterobacteria phage P1 (ファージ)
属: P1-like viruses / 遺伝子: 17, LYSA, LyZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q37875, lysozyme
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 570 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.7 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 4.5
詳細: sodium acetate, PEG4000, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, temperature 291.15K

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データ収集

放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 14-BM-C / 波長: 0.9 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.07→50 Å / Num. obs: 116001 / % possible obs: 90.2 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.057
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsDiffraction-ID% possible all
1.07-1.112.40.318151.9
1.11-1.152.80.238168.5
1.15-1.213.40.201191
1.21-1.274.90.239197.2
1.27-1.355.80.206197.6
1.35-1.457.20.172198.4
1.45-1.67.40.105198.9
1.6-1.837.30.067199.3
1.83-2.317.20.047199.8
2.31-505.30.032198.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT1.501データ抽出
Adxvdata processing
EPMR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.07→46.62 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.976 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.971 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.029 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.153 5779 5 %RANDOM
Rwork0.133 ---
all0.134 ---
obs0.134 115921 90.18 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 9.67 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20 Å2-0.02 Å2
2---0.09 Å20 Å2
3----0.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.07→46.62 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2430 0 40 570 3040
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0212512
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.022218
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.9171.943391
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.85535150
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.3355307
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg26.5723.496123
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.28115433
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.0111526
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.2830.2349
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.022787
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02515
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2390.3589
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2090.32401
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0930.51402
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2080.5617
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2010.338
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3310.3133
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2040.581
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.15821956
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.272644
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.37832444
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.33421123
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.9353947
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.77915704
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free8.2375570
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded2.89954688
LS精密化 シェル解像度: 1.07→1.098 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.242 232
Rwork0.214 4483

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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