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- PDB-1xjs: Solution structure of Iron-Sulfur cluster assembly protein IscU f... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xjs
タイトルSolution structure of Iron-Sulfur cluster assembly protein IscU from Bacillus subtilis, with Zinc bound at the active site. Northeast Structural Genomics Consortium Target SR17
要素NifU-like protein
キーワードSTRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / SR17 / Autostructure / Iron-Sulfur / Zinc / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG / NIFU-LIKE / Protein Structure Initiative / PSI
機能・相同性
機能・相同性情報


転移酵素 / iron-sulfur cluster assembly / ferrous iron binding / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / transferase activity / intracellular iron ion homeostasis / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Sufe protein. Chain: A - #10 / Sufe protein. Chain: A / NIF system FeS cluster assembly, NifU, N-terminal / NifU-like N terminal domain / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Zinc-dependent sulfurtransferase SufU
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis (枯草菌)
手法溶液NMR / Minimal constraint structure contained 492 conformationally restricting NOE-derived distance constraints, 108 hydrogen bond constraints, and 197 dihedral angle constraints. This resulted in 5.9 constraints per residue, 1.2 long range constraints per residue. Structure determination was performed with the following steps: AutoStructure-Dyana was used to identify distance constraints. These distance constraints were used as input into a Simulated Annealing with Xplor-NIH. The top ten structures were energy minimized with water using CNS.
データ登録者Kornhaber, G.J. / Swapna, G.V.T. / Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Kennedy, M.A. / Montelione, G.T. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Solution structure of Iron-Sulfur cluster assembly protein IscU from Bacillus subtilis, with Zinc bound at the active site. Northeast Structural Genomics Consortium Target SR17.
著者: Kornhaber, G.J. / Swapna, G.V.T. / Ramelot, T.A. / Cort, J.R. / Kennedy, M.A. / Montelione, G.T.
履歴
登録2004年9月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年1月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_software ...database_2 / pdbx_nmr_software / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_oper_list / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: NifU-like protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,2512
ポリマ－16,1851
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 60structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 NifU-like protein / Iron-Sulfur cluster assembly protein IscU


分子量: 16185.479 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Bacillus subtilis (枯草菌) / 遺伝子: nifU / プラスミド: pET21d / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)pMGK / 参照: UniProt: O32163
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1123D-TOCSYS
12213C,1H-HSQC
13215N,1H-HSQC
14113C,1H-HSQC
15115N,1H-HSQC, 2D Homonuclear NOESY
1614D 13C-separated NOESY
1713D 13C-separated NOESY
1813D 15N-separated NOESY
192H/D exchange
NMR実験の詳細Text: This structure was determined using a selective isotopic labeling strategy involving the protonation of specific residues in a perdeuterated background. Protonated atoms include: ile HD1, val ...Text: This structure was determined using a selective isotopic labeling strategy involving the protonation of specific residues in a perdeuterated background. Protonated atoms include: ile HD1, val HG*, leu HD*. All tyr and phe side-chains are protonated. In addition to the atoms mentioned above, exchangeable atoms were protonated.

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
1100mM Potassium Phosphate, 200mM Glycerol, 1mM DTT, 0.02% NaN3, 5% D2O, 95% H2O5% D2O, 95% H2O
220mM Sodium Phosphate, 50mM Sodium Chloride, 10mM DTT, 0.02% NaN3, 95% H2O, 5% D2O95% H2O/5% D2O
試料状態イオン強度: 100mM / pH: 6.5 / 圧: ambient / 温度: 293 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Varian INOVAVarianINOVA7501
Varian INOVAVarianINOVA8002
Varian INOVAVarianINOVA6003

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
AutoAssign1.9Zimmerman, Moseley and Montelioneデータ解析
AutoStructure2.0.0Huang and Montelione構造決定
TALOS2.1Cornilescu, Delaglio and Bax構造決定
Hyper, PDBstat3.2 and 3.32Tejero and Montelione構造決定
NMRPipe2.1Delaglio et al.解析
X-PLOR2.0.6Schwieters, et al.精密化
CNS1Brunger, et al.精密化
Sparky3.106Goddardデータ解析
精密化手法: Minimal constraint structure contained 492 conformationally restricting NOE-derived distance constraints, 108 hydrogen bond constraints, and 197 dihedral angle constraints. This resulted in 5. ...手法: Minimal constraint structure contained 492 conformationally restricting NOE-derived distance constraints, 108 hydrogen bond constraints, and 197 dihedral angle constraints. This resulted in 5.9 constraints per residue, 1.2 long range constraints per residue. Structure determination was performed with the following steps: AutoStructure-Dyana was used to identify distance constraints. These distance constraints were used as input into a Simulated Annealing with Xplor-NIH. The top ten structures were energy minimized with water using CNS.
ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 60 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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