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万見
- PDB-1xje: Structural mechanism of allosteric substrate specificity in a rib... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xje
タイトルStructural mechanism of allosteric substrate specificity in a ribonucleotide reductase: dTTP-GDP complex
要素ribonucleotide reductase, B12-dependent
キーワードOXIDOREDUCTASE / ribonucleotide reductase / 10 alpha-beta barrel / protein-nucleotide complex / substrate specificity / allosteric regulation
機能・相同性
機能・相同性情報


cobalamin binding / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / DNA biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
Ribonucleotide reductase, adenosylcobalamin-dependent / : / Ribonucleotide reductase R1 subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase large subunit, N-terminal / Ribonucleotide reductase, all-alpha domain / Ribonucleotide reductase large subunit, C-terminal / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain / Anaerobic Ribonucleotide-triphosphate Reductase Large Chain - #20 / Ribonucleotide reductase, barrel domain / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / Vitamin B12-dependent ribonucleotide reductase
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Larsson, K.-M. / Jordan, A. / Eliasson, R. / Reichard, P. / Logan, D.T. / Nordlund, P.
引用ジャーナル: Nat.Struct.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Structural mechanism of allosteric substrate specificity regulation in a ribonucleotide reductase.
著者: Larsson, K.-M. / Jordan, A. / Eliasson, R. / Reichard, P. / Logan, D.T. / Nordlund, P.
履歴
登録2004年9月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年10月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Non-polymer description / Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
Remark 999SEQUENCE Residue 205 is a tyrosine in GB NP_227934 but no density for atoms beyond CB can be found ...SEQUENCE Residue 205 is a tyrosine in GB NP_227934 but no density for atoms beyond CB can be found in an otherwise ordered loop, suggesting sequencing error or spontaneous mutation. The authors suggest a point mutation either in the sequencing clone (SER->TYR mutation) or in their expression clone (TYR->SER). Codons for TYR=ATA and SER=AGA.

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ribonucleotide reductase, B12-dependent
B: ribonucleotide reductase, B12-dependent
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)148,7409
ポリマ－146,7482
非ポリマー1,9917
水14,250791
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6580 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area46080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.391, 124.376, 107.243
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 103.68, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The asymmetric unit consists of a dimer which is the apparent biological unit.

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 ribonucleotide reductase, B12-dependent


分子量: 73374.234 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 1-644 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
遺伝子: nrdj / プラスミド: pET-22b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: O33839, ribonucleoside-diphosphate reductase

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非ポリマー , 5種, 798分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-TTP / THYMIDINE-5'-TRIPHOSPHATE / dTTP


分子量: 482.168 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N2O14P3
#5: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 791 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.5
詳細: PEG8000, sodium acetate, sodium chloride, dithiotreithol, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.811 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2002年8月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.811 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→18 Å / Num. obs: 119507 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 2.7 % / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 12.23
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Rsym value: 0.399 / % possible all: 96.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MAR345データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: pdb entry 1R1R

1r1r


解像度: 1.9→18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.964 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 3.478 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.137 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22268 5794 5 %RANDOM
Rwork0.18241 ---
obs0.18445 110169 97.16 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 31.972 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.96 Å20 Å21.3 Å2
2--0.4 Å20 Å2
3----1.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10001 0 122 791 10914
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.02210325
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.029510
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.781.98813959
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.9483.00122087
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.89851240
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.7324.012481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.342151876
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.6571574
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1250.21553
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0211247
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022075
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2210.22213
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1870.29773
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1830.25054
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.26075
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1650.2656
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.0180.21
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1330.25
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2750.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.3370.250
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.1850.213
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3751.58037
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.2671.52511
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.595210038
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.63334805
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.664.53921
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.303 432 -
Rwork0.233 8045 -
obs--96.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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