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Yorodumi- PDB-3o0o: Thermotoga maritima Ribonucleotide Reductase, NrdJ, in complex wi... -
+Open data
-Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 3o0o | ||||||
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Title | Thermotoga maritima Ribonucleotide Reductase, NrdJ, in complex with dTTP, GDP and Adenosylcobalamin | ||||||
Components | Ribonucleoside-diphosphate reductase | ||||||
Keywords | OXIDOREDUCTASE / 10 alpha/beta barrel / adenosylcobalamin dependent / ribonucleotide reductase / Reduction ribonucleotide 2'-OH position / EFFECTOR / DTTP / SUBSTRATE / GDP / COENZYME B12 | ||||||
Function / homology | Function and homology information cobalamin binding / ribonucleoside-diphosphate reductase / ribonucleoside-diphosphate reductase activity, thioredoxin disulfide as acceptor / deoxyribonucleotide biosynthetic process / DNA biosynthetic process / DNA replication / ATP binding Similarity search - Function | ||||||
Biological species | Thermotoga maritima (bacteria) | ||||||
Method | X-RAY DIFFRACTION / SYNCHROTRON / Rigid body refinement / Resolution: 1.9 Å | ||||||
Authors | Larsson, K.-M. / Logan, D.T. / Nordlund, P. | ||||||
Citation | Journal: Acs Chem.Biol. / Year: 2010 Title: Structural Basis for Adenosylcobalamin Activation in AdoCbl-Dependent Ribonucleotide Reductases. Authors: Larsson, K.M. / Logan, D.T. / Nordlund, P. | ||||||
History |
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-Structure visualization
Structure viewer | Molecule: MolmilJmol/JSmol |
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-Downloads & links
-Download
PDBx/mmCIF format | 3o0o.cif.gz | 533.8 KB | Display | PDBx/mmCIF format |
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PDB format | pdb3o0o.ent.gz | 440.2 KB | Display | PDB format |
PDBx/mmJSON format | 3o0o.json.gz | Tree view | PDBx/mmJSON format | |
Others | Other downloads |
-Validation report
Summary document | 3o0o_validation.pdf.gz | 4.4 MB | Display | wwPDB validaton report |
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Full document | 3o0o_full_validation.pdf.gz | 4.4 MB | Display | |
Data in XML | 3o0o_validation.xml.gz | 54 KB | Display | |
Data in CIF | 3o0o_validation.cif.gz | 74.9 KB | Display | |
Arichive directory | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/3o0o ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/o0/3o0o | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | 3o0nC 3o0qC 1xjeS C: citing same article (ref.) S: Starting model for refinement |
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Similar structure data |
-Links
-Assembly
Deposited unit |
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1 |
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Unit cell |
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-Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 73374.234 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) Thermotoga maritima (bacteria) / Gene: nrdJ, TM_0118 / Plasmid: pET-22b / Production host: Escherichia coli (E. coli) / Strain (production host): BL21(DE3) References: UniProt: O33839, ribonucleoside-diphosphate reductase |
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-Non-polymers , 6 types, 473 molecules
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Details
Sequence details | STUDIES SUGGEST A POINT MUTATION EITHER IN THE SEQUENCING CLONE (SER->TYR MUTATION) OR IN THEIR ...STUDIES SUGGEST A POINT MUTATION EITHER IN THE SEQUENCING |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: X-RAY DIFFRACTION / Number of used crystals: 1 |
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-Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.66 Å3/Da / Density % sol: 53.71 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / pH: 4.5 Details: 10% PEG8000, 0.1M sodium acetate, 0.1 M sodium chloride, 10mM DTT (dithiotreithol), 5% glycerol, crystallization geometry: 4 microL protein 11miligram/milliL + 2uL reservoir solution over ...Details: 10% PEG8000, 0.1M sodium acetate, 0.1 M sodium chloride, 10mM DTT (dithiotreithol), 5% glycerol, crystallization geometry: 4 microL protein 11miligram/milliL + 2uL reservoir solution over 300 microL in 24-well plate. Crystals in 3-4 days, pH 4.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: SYNCHROTRON / Site: ESRF / Beamline: ID29 / Wavelength: 0.979162 Å |
Detector | Type: ADSC QUANTUM 210 / Detector: CCD / Date: Mar 24, 2005 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.979162 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.9→49 Å / Num. all: 120492 / Num. obs: 119789 / % possible obs: 99.4 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / Redundancy: 4.42 % / Biso Wilson estimate: 31.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 |
Reflection shell | Resolution: 1.9→2 Å / Redundancy: 3.75 % / Rmerge(I) obs: 0.848 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 17143 / % possible all: 99.6 |
-Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: Rigid body refinement Starting model: PDB entry 1XJE Resolution: 1.9→46.937 Å / SU ML: 0.32 / σ(F): 1.35 / Stereochemistry target values: ML
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.83 Å / VDW probe radii: 1.1 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL / Bsol: 60.177 Å2 / ksol: 0.357 e/Å3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters |
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Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.9→46.937 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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