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- PDB-1xj5: X-RAY STRUCTURE OF SPERMIDINE SYNTHASE FROM ARABIDOPSIS THALIANA ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xj5
タイトルX-RAY STRUCTURE OF SPERMIDINE SYNTHASE FROM ARABIDOPSIS THALIANA GENE AT1G23820
要素Spermidine synthase 1
キーワードTRANSFERASE / STRUCTURAL GENOMICS / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / PSI / CESG / AT1G23820 / PUTRESCINE AMINOPROPYL TRANSFERASE / SPERMIDINE SYNTHASE / SPDS1 / POLYAMINE / Center for Eukaryotic Structural Genomics
機能・相同性
機能・相同性情報


spermidine synthase / spermidine synthase activity / spermidine biosynthetic process
類似検索 - 分子機能
Spermidine/spermine synthase, eukaryotes / Spermidine synthase, tetramerisation domain / Polyamine biosynthesis domain, conserved site / Polyamine biosynthesis (PABS) domain signature. / Spermidine/spermine synthases / Polyamine biosynthesis domain / Spermidine synthase, tetramerisation domain / Spermidine synthase, tetramerisation domain superfamily / Spermidine synthase tetramerisation domain / Polyamine biosynthesis (PABS) domain profile. ...Spermidine/spermine synthase, eukaryotes / Spermidine synthase, tetramerisation domain / Polyamine biosynthesis domain, conserved site / Polyamine biosynthesis (PABS) domain signature. / Spermidine/spermine synthases / Polyamine biosynthesis domain / Spermidine synthase, tetramerisation domain / Spermidine synthase, tetramerisation domain superfamily / Spermidine synthase tetramerisation domain / Polyamine biosynthesis (PABS) domain profile. / Spermine/spermidine synthase domain / Spermidine Synthase; Chain: A, domain 2 / Vaccinia Virus protein VP39 / Roll / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Spermidine synthase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散, 分子置換 / 単波長異常分散 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Wesenberg, G.E. / Smith, D.W. / Phillips Jr., G.N. / Bitto, E. / Bingman, C.A. / Allard, S.T.M. / Center for Eukaryotic Structural Genomics (CESG)
引用ジャーナル: To be published
タイトル: X-RAY STRUCTURE OF SPERMIDINE SYNTHASE FROM ARABIDOPSIS THALIANA GENE AT1G23820
著者: Center for Eukaryotic Structural Genomics
履歴
登録2004年9月22日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年2月1日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.62024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Spermidine synthase 1
B: Spermidine synthase 1
C: Spermidine synthase 1
D: Spermidine synthase 1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)147,6864
ポリマ－147,6864
非ポリマー00
水10,377576
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)88.814, 95.207, 89.164
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 104.96, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The asymmetric unit contains a tetramer representing the complete biological unit.

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要素

#1: タンパク質
Spermidine synthase 1 / Putrescine aminopropyltransferase 1 / SPDSY 1


分子量: 36921.426 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: AT1G23820 / プラスミド: pVP-16 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): pLacI+RARE / 参照: UniProt: Q9ZUB3, spermidine synthase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 576 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 10 MG/ML PROTEIN, 24 PERCENT MEPEG 2K, 0.160 M POTASSIUM GLUTAMATE, 0.100M MES, pH 6.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.97935 Å
検出器タイプ: APS-1 / 検出器: CCD / 日付: 2004年7月31日
放射モノクロメーター: Rosenbaum-Rock double-crystal monochromator: water cooled; sagitally focusing 2nd crystal, Rosenbaum-Rock vertical focusing mirror
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.66→26.29 Å / Num. obs: 39682 / % possible obs: 96.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 6.1 % / Biso Wilson estimate: 45.1 Å2 / Limit h max: 32 / Limit h min: -33 / Limit k max: 35 / Limit k min: -33 / Limit l max: 33 / Limit l min: 0 / Observed criterion F max: 238434.4 / Observed criterion F min: 0.225 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 10.3
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allΧ2% possible all
2.7-2.765.10.3384.126400.97796.3
2.76-2.830.29526760.91798.3
2.83-2.910.25826840.9198.1
2.91-2.990.23326620.93898.3
2.99-3.090.19826500.97598.1
3.09-3.20.17326410.98198
3.2-3.330.1332673197.7
3.33-3.480.10626470.94997.5
3.48-3.660.07926490.86897.3
3.66-3.890.06926420.93697.2
3.89-4.190.05626560.78696.7
4.19-4.620.04926180.90796.2
4.62-5.280.05126470.94795.9
5.28-6.650.06226250.9895.2
6.65-500.05725881.03891.9

-
位相決定

位相決定
手法
単波長異常分散
分子置換
Phasing MADD res high: 4.49 Å / D res low: 26.3 Å / FOM : 0.374 / FOM acentric: 0.384 / FOM centric: 0 / 反射: 15682
Phasing MAD setR cullis: 0.644 / R cullis acentric: 0.636 / R cullis centric: 10 / R kraut: 0.029 / R kraut acentric: 0.029 / R kraut centric: 0.008 / 最高解像度: 4.49 Å / 最低解像度: 26.3 Å / FOM : 0.38 / FOM acentric: 0.39 / FOM centric: 0 / Loc: 1.781 / Loc acentric: 1.781 / Loc centric: 1.84 / Power: 1.66 kW / Power acentric: 1.661 / Power centric: 1.631
Phasing MAD set波長: 0.97935 Å / Atom type: SE / F double prime refined: -0.3 / F prime refined: -11
Phasing MAD set shell

ID: f_peak_FRIED / R cullis centric: 10 / FOM centric: 0

解像度 (Å)R cullisR cullis acentricR krautR kraut acentricR kraut centricFOM FOM acentricLocLoc acentricLoc centricPower (kW)Power acentricPower centric
8.88-26.30.6130.60.0280.0280.010.3910.4082.2282.2312.231.7361.741.637
7.09-8.880.6170.6080.0310.0320.0090.3890.4011.9431.9441.9431.7271.7291.696
6.21-7.090.6010.5930.0340.0350.0090.4210.4321.8551.8561.8561.7461.7551.389
5.65-6.210.6380.6320.0330.0340.0060.3890.3971.6421.6431.6431.731.7291.777
5.25-5.650.6790.6720.0320.0320.0090.3710.3781.7131.7141.7131.5961.5981.503
4.94-5.250.7040.6960.0270.0280.0080.3620.371.6461.6461.6461.5451.5371.883
4.69-4.940.6680.6620.0240.0240.0090.3730.381.621.621.621.5721.5691.743
4.49-4.690.7170.7090.0240.0240.0020.3480.3561.6151.6151.6151.4881.491.395
Phasing MAD set site
IDCartn x (Å)Cartn y (Å)Cartn z (Å)Atom type symbolB isoOccupancy
135.834714.987529.4728SE59.40441
260.95661.195640.3866SE95.88061
336.927254.18219.72706SE93.53731
452.716861.395522.8366SE68.58751
561.100625.46818.4485SE98.40921
633.663712.688615.6467SE103.1431
765.107131.9665.93087SE63.49861
836.114782.488134.9378SE95.04221
950.40931.615625.6029SE58.0561
1048.641981.476228.6627SE66.68341
1114.2359-0.43814517.2648SE89.88391
1249.450886.694815.1876SE64.43081
1378.378432.11932.31SE76.75741
14-5.2744827.992517.1262SE82.03651
1560.565157.56329.1937SE105.1841
1645.23443.038415.15205SE40.30371
1763.045443.95532.4871SE26.03821
1823.013337.113243.3749SE48.85781
1963.621344.75292.33662SE48.77471
2067.775793.061826.1981SE71.20351
2141.80834.7022940.0845SE21.86271
2222.249892.61072.50899SE41.75871
2362.352757.055623.2777SE39.84221
2425.291814.579528.8659SE58.10921
2546.27447.233625.0653SE21.15541
2625.5126-0.55827432.7383SE20.98071
2757.212429.677433.6527SE50.07531
2842.52432.1903810.0056SE51.92661
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射
8.88-26.30.38740.403701952
7.09-8.880.3810.392801991
6.21-7.090.41170.422801950
5.65-6.210.38280.390401953
5.25-5.650.36540.372701995
4.94-5.250.35570.363401983
4.69-4.940.36730.373901992
4.49-4.690.34280.349901866
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation4 Å26.28 Å
Phasing dmFOM : 0.55 / FOM acentric: 0.55 / FOM centric: 0.45 / 反射: 39493 / Reflection acentric: 37868 / Reflection centric: 1625
Phasing dm shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
7.7-26.2850.890.890.517141531183
4.8-7.70.820.830.5252964979317
3.9-4.80.810.820.666396351288
3.4-3.90.70.710.5166876439248
2.9-3.40.390.390.351182811448380
2.7-2.90.160.160.273297120209

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
CNS位相決定
RESOLVE2.05位相決定
MOLREP位相決定
CNS1.1精密化
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散, 分子置換
開始モデル: PDB entry 1JQ3

1jq3


解像度: 2.7→26.29 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.53 / 交差検証法: THROUGHOUT / 詳細: MOLPROBITY USED TO ASSIST IN FINAL MODEL BUILDING
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.245 3788 10 %random
Rwork0.188 ---
all-39529 --
obs-37779 95.6 %-
溶媒の処理溶媒モデル: CNS bulk solvent model used / Bsol: 52.816 Å2 / ksol: 0.343792 e/Å3
原子変位パラメータBiso max: 139.28 Å2 / Biso mean: 43.83 Å2 / Biso min: 4.12 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.22 Å20 Å20.35 Å2
2--14.58 Å20 Å2
3----11.36 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.37 Å0.27 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.49 Å0.35 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→26.29 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8868 0 0 576 9444
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.156
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_deg23.9
X-RAY DIFFRACTIONx_torsion_impr_deg1.11
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 8

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection Rfree% reflection Rfree (%)Rfactor RworkNum. reflection RworkRfactor Rfree errorNum. reflection allNum. reflection obs% reflection obs (%)
2.7-2.820.39146210.10.28441040.0184903456693.1
2.82-2.970.31848710.30.25542230.0144950471095.1
2.97-3.160.29748610.30.22542210.0134906470795.9
3.16-3.40.27148810.30.20242700.0124933475896.4
3.4-3.740.2264589.60.18443080.0114925476696.8
3.74-4.280.2334539.50.16343220.0114934477596.8
4.28-5.390.17351410.80.13442420.0084966475695.8
5.39-26.290.2394409.30.19643010.0115043474194
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1protein_rep.paramprotein.top
X-RAY DIFFRACTION2water_rep.paramwater.top

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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