PDB-1xiq: Plasmodium falciparum Nucleoside diphosphate kinase B

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1xiq

タイトル

Plasmodium falciparum Nucleoside diphosphate kinase B

要素

Nucleoside diphosphate kinase B

キーワード

TRANSFERASE / Protein Structure Initiative / Structural Genomics / SGPP / PSI / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium

機能・相同性

機能・相同性情報

Ribavirin ADME / Azathioprine ADME / Interconversion of nucleotide di- and triphosphates / Neutrophil degranulation / nucleoside-diphosphate kinase / UTP biosynthetic process / CTP biosynthetic process / nucleoside diphosphate kinase activity / GTP biosynthetic process / magnesium ion binding / ATP binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 3.05 Å

データ登録者

Robien, M.A. / Bosch, J. / Hol, W.G.J. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium (SGPP)

引用

ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of Nucleoside diphosphate kinase B from Plasmodium falciparum
著者: Robien, M.A. / Bosch, J. / Hol, W.G.J. / Structural Genomics of Pathogenic Protozoa Consortium

履歴

登録	2004年9月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2004年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.3	2018年1月31日	Group: Database references / カテゴリ: citation_author / Item: _citation_author.name
改定 1.4	2024年2月14日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ncs_dom_lim / struct_ref_seq_dif Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ref_seq_dif.details

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1xiq.cif.gz	181.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1xiq.ent.gz	147.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1xiq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1xiq_validation.pdf.gz	478.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1xiq_full_validation.pdf.gz	504.2 KB	表示
XML形式データ	1xiq_validation.xml.gz	32.9 KB	表示
CIF形式データ	1xiq_validation.cif.gz	43.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/1xiq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/1xiq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	5iol-2 6joh-2 6joh-3 6k3h-1 3prv-d 6k3h-4 1nue-d 6k3h-3 1pku-1 3ngt-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: Pfal006645AAA

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Nucleoside diphosphate kinase B

B: Nucleoside diphosphate kinase B

C: Nucleoside diphosphate kinase B

D: Nucleoside diphosphate kinase B

E: Nucleoside diphosphate kinase B

F: Nucleoside diphosphate kinase B

108 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.593, 112.424, 68.590
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 119.05, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Refine code: 3

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	MET	MET	PRO	PRO	A	A	1 - 40	9 - 48
2	1	1	MET	MET	PRO	PRO	B	B	1 - 40	9 - 48
3	1	1	MET	MET	PRO	PRO	C	C	1 - 40	9 - 48
4	1	1	MET	MET	PRO	PRO	D	D	1 - 40	9 - 48
5	1	1	MET	MET	PRO	PRO	E	E	1 - 40	9 - 48
6	1	1	MET	MET	PRO	PRO	F	F	1 - 40	9 - 48
7	2	1	GLY	GLY	CYS	CYS	A	A	68 - 148	76 - 156
8	2	1	GLY	GLY	CYS	CYS	B	B	68 - 148	76 - 156
9	2	1	GLY	GLY	CYS	CYS	C	C	68 - 148	76 - 156
10	2	1	GLY	GLY	CYS	CYS	D	D	68 - 148	76 - 156
11	2	1	GLY	GLY	CYS	CYS	E	E	68 - 148	76 - 156
12	2	1	GLY	GLY	CYS	CYS	F	F	68 - 148	76 - 156
1	1	2	ASP	ASP	LYS	LYS	A	A	54 - 59	62 - 67
2	1	2	ASP	ASP	LYS	LYS	B	B	54 - 59	62 - 67
3	1	2	ASP	ASP	LYS	LYS	C	C	54 - 59	62 - 67
4	1	2	ASP	ASP	LYS	LYS	D	D	54 - 59	62 - 67
5	1	2	ASP	ASP	LYS	LYS	E	E	54 - 59	62 - 67
6	1	2	ASP	ASP	LYS	LYS	F	F	54 - 59	62 - 67

NCSアンサンブル:

ID
1
2

詳細

asymmetric unit contains a hexamer, which is the biological unit

#1: タンパク質	Nucleoside diphosphate kinase B 分子量: 18069.061 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 株: 3D7 / 遺伝子: PF13_0349 / プラスミド: pET14B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21star/DE3 / 参照: UniProt: Q8ID43, nucleoside-diphosphate kinase

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.3 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.3 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: calcium acetate, PEG3350, sodium cacodylate, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折

ID	平均測定温度 (K)	Crystal-ID
1	100	1
2	100	1

放射光源

由来	サイト	ビームライン	ID	波長 (Å)
シンクロトロン	SSRL	BL11-1	1	0.974609
シンクロトロン	ALS	8.2.1	2	0.9793

検出器

タイプ	ID	検出器	日付
ADSC QUANTUM 4	1	CCD	2004年6月10日
ADSC QUANTUM 210	2	CCD	2004年6月20日

放射

モノクロメーター: single crystal Si(111) bent monochromator
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

ID	波長 (Å)	相対比
1	0.974609	1
2	0.9793	1

反射

解像度: 3.05→52.705 Å / Num. all: 17424 / Num. obs: 17326 / % possible obs: 99.44 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.5 % / B_iso Wilson estimate: 80.965 Å² / R_merge(I) obs: 0.111 / R_sym value: 0.111 / Net I/σ(I): 7.1

反射シェル

解像度: 3.05→3.21 Å / 冗長度: 3.4 % / R_merge(I) obs: 0.574 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique all: 2519 / R_sym value: 0.574 / % possible all: 99

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.1.24	精密化
MOSFLM		データ削減
CCP4	(SCALA)	データスケーリング
SHARP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 3.05→52.7 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.91 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.856 / SU B: 26.787 / SU ML: 0.478 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.587 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: The electron density for residues 40-63 is weak, for residues 50-61 it is very weak.

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.28608	876	5.1 %	RANDOM
R_work	0.22948	-	-	-
all	0.23238	17424	-	-
obs	0.23238	16447	99.47 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 50.431 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.22 Å²	0 Å²	-0.17 Å²
2-	-	0.22 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.17 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.05→52.7 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7164	0	0	0	7164

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.022	7314
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.156	1.948	9828
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	4.823	5	888
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.086	0.2	1080
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.003	0.02	5268
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.211	0.2	3519
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.16	0.2	185
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined	0.205	0.2	61
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined	0.102	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.618	4	4428
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.002	6	7182
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.836	6	2886
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.515	10	2646
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	484	tight positional	0.04	0.05
1	2	B	484	tight positional	0.03	0.05
1	3	C	484	tight positional	0.03	0.05
1	4	D	484	tight positional	0.03	0.05
1	5	E	484	tight positional	0.04	0.05
1	6	F	484	tight positional	0.03	0.05
2	1	A	24	tight positional	0.03	0.05
2	2	B	24	tight positional	0.04	0.05
2	3	C	24	tight positional	0.03	0.05
2	4	D	24	tight positional	0.03	0.05
2	5	E	24	tight positional	0.04	0.05
2	6	F	24	tight positional	0.03	0.05
1	1	A	473	loose positional	0.71	5
1	2	B	473	loose positional	0.84	5
1	3	C	473	loose positional	0.78	5
1	4	D	473	loose positional	0.74	5
1	5	E	473	loose positional	0.69	5
1	6	F	473	loose positional	0.7	5
2	1	A	31	loose positional	1.26	5
2	2	B	31	loose positional	1.09	5
2	3	C	31	loose positional	1.45	5
2	4	D	31	loose positional	1.05	5
2	5	E	31	loose positional	1.09	5
2	6	F	31	loose positional	1.21	5
1	1	A	484	tight thermal	0.07	0.5
1	2	B	484	tight thermal	0.07	0.5
1	3	C	484	tight thermal	0.06	0.5
1	4	D	484	tight thermal	0.06	0.5
1	5	E	484	tight thermal	0.06	0.5
1	6	F	484	tight thermal	0.07	0.5
2	1	A	24	tight thermal	0.06	0.5
2	2	B	24	tight thermal	0.03	0.5
2	3	C	24	tight thermal	0.02	0.5
2	4	D	24	tight thermal	0.03	0.5
2	5	E	24	tight thermal	0.03	0.5
2	6	F	24	tight thermal	0.05	0.5
1	1	A	473	loose thermal	3.54	10
1	2	B	473	loose thermal	3.51	10
1	3	C	473	loose thermal	3.36	10
1	4	D	473	loose thermal	3.06	10
1	5	E	473	loose thermal	3.16	10
1	6	F	473	loose thermal	3.53	10
2	1	A	31	loose thermal	1.05	10
2	2	B	31	loose thermal	1.14	10
2	3	C	31	loose thermal	0.68	10
2	4	D	31	loose thermal	1.11	10
2	5	E	31	loose thermal	0.76	10
2	6	F	31	loose thermal	0.94	10

LS精密化シェル

解像度: 3.05→3.215 Å / Total num. of bins used: 10 /

	R_factor	反射数
R_free	0.331	118
R_work	0.268	2388
obs	-	2388

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