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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xip | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of the N-terminal Domain of Nup159 | ||||||
要素 | Nucleoporin NUP159 | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN (運搬体タンパク質) / beta-propeller (Βプロペラドメイン) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 : / nuclear pore localization / adenyl-nucleotide exchange factor activity / nuclear pore central transport channel / nuclear pore cytoplasmic filaments / structural constituent of nuclear pore / nucleocytoplasmic transport / poly(A)+ mRNA export from nucleus / NLS-bearing protein import into nucleus / ribosomal large subunit export from nucleus ...: / nuclear pore localization / adenyl-nucleotide exchange factor activity / nuclear pore central transport channel / nuclear pore cytoplasmic filaments / structural constituent of nuclear pore / nucleocytoplasmic transport / poly(A)+ mRNA export from nucleus / NLS-bearing protein import into nucleus / ribosomal large subunit export from nucleus / ribosomal small subunit export from nucleus / 核膜孔 / protein export from nucleus / transcription corepressor activity / 核膜 / 核膜 / molecular adaptor activity / 細胞核 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
データ登録者 | Weirich, C.S. / Erzberger, J.P. / Berger, J.M. / Weis, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2004 タイトル: The N-Terminal Domain of Nup159 Forms a beta-Propeller that Functions in mRNA Export by Tethering the Helicase Dbp5 to the Nuclear Pore 著者: Weirich, C.S. / Erzberger, J.P. / Berger, J.M. / Weis, K. | ||||||
履歴 |
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Remark 650 | HELIX determination method: author determined | ||||||
Remark 700 | SHEET determination method: author determined |
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1xip.cif.gz | 81.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1xip.ent.gz | 65.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1xip.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/1xip ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xi/1xip | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43177.852 Da / 分子数: 1 / 断片: N-terminal domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 遺伝子: NUP159 / プラスミド: pSV271 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 RIL / 参照: UniProt: P40477 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.2 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: PEG3350, ammonium acetate, sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | |||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 0.9793, 1.10 | |||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年8月12日 | |||||||||
放射 | モノクロメーター: double crystal / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. all: 13707 / Num. obs: 13707 / % possible obs: 97.7 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 56.26 Å2 / Rsym value: 0.068 / Net I/σ(I): 17.2 | |||||||||
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.59 Å / 冗長度: 2.5 % / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 1955 / Rsym value: 0.352 / % possible all: 93.3 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.5→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.942 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.936 / SU B: 13.647 / SU ML: 0.282 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 2.636 / ESU R Free: 0.315 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 32.143 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.502→2.566 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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