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万見
- PDB-1xhv: HincII bound to cleaved cognate DNA GTCGAC and Mn2+ -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xhv
タイトルHincII bound to cleaved cognate DNA GTCGAC and Mn2+
要素
  • 5'-D(*GP*CP*CP*GP*GP*TP*C)-3'
  • 5'-D(P*GP*AP*CP*CP*GP*G)-3'
  • Type II restriction enzyme HincII
キーワードhydrolase/DNA / restriction endonuclease / phosphoryl transfer / hydrolase-DNA COMPLEX
機能・相同性
機能・相同性情報


type II site-specific deoxyribonuclease / type II site-specific deoxyribonuclease activity / DNA restriction-modification system / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Restriction endonuclease, type II, HincII / Restriction endonuclease HincII / DNA mismatch repair MutH/Restriction endonuclease, type II / DNA mismatch repair MutH/Type II restriction endonuclease superfamily / ECO RV Endonuclease; Chain A / Restriction endonuclease type II-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / DNA / Type II restriction enzyme HincII
類似検索 - 構成要素
生物種Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Etzkorn, C. / Horton, N.C.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Mechanistic Insights from the Structures of HincII Bound to Cognate DNA Cleaved from Addition of Mg(2+) and Mn(2+)
著者: Etzkorn, C. / Horton, N.C.
履歴
登録2004年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年5月5日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32017年10月11日Group: Refinement description / カテゴリ: software / Item: _software.name
改定 1.42023年8月23日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: 5'-D(*GP*CP*CP*GP*GP*TP*C)-3'
F: 5'-D(P*GP*AP*CP*CP*GP*G)-3'
G: 5'-D(*GP*CP*CP*GP*GP*TP*C)-3'
H: 5'-D(P*GP*AP*CP*CP*GP*G)-3'
I: 5'-D(*GP*CP*CP*GP*GP*TP*C)-3'
J: 5'-D(P*GP*AP*CP*CP*GP*G)-3'
K: 5'-D(*GP*CP*CP*GP*GP*TP*C)-3'
L: 5'-D(P*GP*AP*CP*CP*GP*G)-3'
A: Type II restriction enzyme HincII
B: Type II restriction enzyme HincII
C: Type II restriction enzyme HincII
D: Type II restriction enzyme HincII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,28334
ポリマ－135,07512
非ポリマー1,20922
水18,5011027
1
E: 5'-D(*GP*CP*CP*GP*GP*TP*C)-3'
F: 5'-D(P*GP*AP*CP*CP*GP*G)-3'
G: 5'-D(*GP*CP*CP*GP*GP*TP*C)-3'
H: 5'-D(P*GP*AP*CP*CP*GP*G)-3'
A: Type II restriction enzyme HincII
B: Type II restriction enzyme HincII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,14217
ポリマ－67,5376
非ポリマー60411
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
I: 5'-D(*GP*CP*CP*GP*GP*TP*C)-3'
J: 5'-D(P*GP*AP*CP*CP*GP*G)-3'
K: 5'-D(*GP*CP*CP*GP*GP*TP*C)-3'
L: 5'-D(P*GP*AP*CP*CP*GP*G)-3'
C: Type II restriction enzyme HincII
D: Type II restriction enzyme HincII
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,14217
ポリマ－67,5376
非ポリマー60411
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)66.8, 178.2, 257.3
Angle α, β, γ (deg.)90.0, 90.0, 90.0
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1312-

HOH

-
要素

#1: DNA鎖
5'-D(*GP*CP*CP*GP*GP*TP*C)-3'


分子量: 2114.398 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: phosphoramidite synthetic chemistry
#2: DNA鎖
5'-D(P*GP*AP*CP*CP*GP*G)-3'


分子量: 1834.230 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: phosphoramidite synthetic chemistry
#3: タンパク質
Type II restriction enzyme HincII / Endonuclease HincII / R.HincII


分子量: 29820.066 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Haemophilus influenzae (インフルエンザ菌)
遺伝子: hincIIR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P17743, type II site-specific deoxyribonuclease
#4: 化合物...
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1027 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.6 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: PEG 4000, NaCl, citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 290K
溶液の組成
ID名称Crystal-IDSol-ID
1PEG 400011
2NaCl11
3citrate11

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-BM / 波長: 0.9 Å
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 53281 / % possible obs: 89.3 % / Observed criterion σ(F): -3 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 58.3 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 16.2

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解析

ソフトウェア
名称分類
MADNESSデータ収集
HKL-2000データ削減
CNS精密化
MADNESSデータ削減
HKL-2000データスケーリング
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1KC6 without solvent

1kc6


解像度: 2.5→50 Å / 交差検証法: R free / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: as in CNS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.274 2664 -5% random
Rwork0.199 ---
obs-53281 89.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8085 1064 22 1027 10198
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.009
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.36

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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