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- PDB-1xhn: The crystal structure of Cellular Repressor of E1A-stimulated Gen... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xhn
タイトルThe crystal structure of Cellular Repressor of E1A-stimulated Genes (CREG)
要素Cellular Repressor of E1A-stimulated Genes
キーワードUNKNOWN FUNCTION / beta-barrel (Βバレル)
機能・相同性
機能・相同性情報


neutrophil degranulation / multicellular organism development / regulation of growth / transcription corepressor activity / azurophil granule lumen / Neutrophil degranulation / regulation of transcription by RNA polymerase II / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Cellular repressor of E1A-stimulated genes (CREG) / Pyridoxamine 5'-phosphate oxidase / Electron Transport, Fmn-binding Protein; Chain A / Pnp Oxidase; Chain A / FMN-binding split barrel / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Sacher, M. / Lunin, V.V. / Cygler, M.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.Usa / 年: 2005
タイトル: The crystal structure of CREG, a secreted glycoprotein involved in cellular growth and differentiation
著者: Sacher, M. / Di Bacco, A. / Lunin, V.V. / Ye, Z. / Wagner, J. / Gill, G. / Cygler, M.
履歴
登録2004年9月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cellular Repressor of E1A-stimulated Genes
B: Cellular Repressor of E1A-stimulated Genes
C: Cellular Repressor of E1A-stimulated Genes
D: Cellular Repressor of E1A-stimulated Genes


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)83,0274
ポリマ－83,0274
非ポリマー00
水16,069892
1
A: Cellular Repressor of E1A-stimulated Genes
B: Cellular Repressor of E1A-stimulated Genes


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5132
ポリマ－41,5132
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3700 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area14680 Å2
手法PISA
2
C: Cellular Repressor of E1A-stimulated Genes
D: Cellular Repressor of E1A-stimulated Genes


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,5132
ポリマ－41,5132
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3650 Å2
ΔGint-22 kcal/mol
Surface area14700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)106.130, 121.260, 55.920
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

-
要素

#1: タンパク質
Cellular Repressor of E1A-stimulated Genes / CREG


分子量: 20756.713 Da / 分子数: 4 / 断片: residues 13-184 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O75629
#2: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 892 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.9 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: Na acetate, PEG4000, ethylene glycole, pH 5.0, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X8C / 波長: 0.979502, 0.980005, 0.972318
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月6日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.9795021
20.9800051
30.9723181
反射解像度: 1.95→50 Å / Num. all: 51850 / Num. obs: 51850 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 2 / Observed criterion σ(I): 2
反射 シェル解像度: 1.95→2.02 Å / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.95→19.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.955 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 3.698 / SU ML: 0.107 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.16 / ESU R Free: 0.149 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21314 1065 2.1 %RANDOM
Rwork0.16192 ---
all0.16299 50783 --
obs0.16299 50783 100 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 20.999 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.72 Å20 Å20 Å2
2---1.26 Å20 Å2
3---1.97 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.95→19.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5510 0 0 892 6402
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0215688
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5571.9377786
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.2865685
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1170.2876
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.024334
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.22903
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1870.2700
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.250.280
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2120.244
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9971.53473
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.70925705
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.88732215
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it4.2334.52081
LS精密化 シェル解像度: 1.952→2.002 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.201 69
Rwork0.167 3068

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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