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- PDB-1xhf: Crystal structure of the bef3-activated receiver domain of redox ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xhf
タイトルCrystal structure of the bef3-activated receiver domain of redox response regulator arca
要素Aerobic respiration control protein arcA
キーワードTRANSCRIPTION / Two-Component System / Gene Regulation / Transcription Factor / Anoxic Redox Control / Doubly Wound Five-Stranded Beta/Alpha Fold
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / DNA-binding transcription repressor activity / phosphorelay signal transduction system / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. ...OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / BERYLLIUM DIFLUORIDE / BERYLLIUM TETRAFLUORIDE ION / Aerobic respiration control protein ArcA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.152 Å
データ登録者Toro-Roman, A. / Mack, T.R. / Stock, A.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Structural Analysis and Solution Studies of the Activated Regulatory Domain of the Response Regulator ArcA: A Symmetric Dimer Mediated by the alpha4-beta5-alpha5 Face
著者: Toro-Roman, A. / Mack, T.R. / Stock, A.M.
履歴
登録2004年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年10月20日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_struct_conn_angle ...database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aerobic respiration control protein arcA
B: Aerobic respiration control protein arcA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,8549
ポリマ－28,4752
非ポリマー3797
水2,108117
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.169, 86.169, 213.082
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Cell settinghexagonal
Space group name H-MP6522
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg label comp-ID: THR / End label comp-ID: MSE / Refine code: 6 / Auth seq-ID: 3 - 122 / Label seq-ID: 3 - 122

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB
詳細Biological assembly is a homodimer present in the assymetric unit.

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Aerobic respiration control protein arcA / Redox Response Regulator ArcA / Dye resistance protein


分子量: 14237.452 Da / 分子数: 2 / 断片: Receiver Domain / 変異: N123Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: arcA, dye, fexA, sfrA, seg, msp, cpxC / プラスミド: pEF29 (pJES307 derivative) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)pLysS and BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A9Q1

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非ポリマー , 5種, 124分子

#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物 ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3
#4: 化合物 ChemComp-BF4 / BERYLLIUM TETRAFLUORIDE ION / テトラフルオロベリラ-ト


分子量: 85.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF4
#5: 化合物 ChemComp-BF2 / BERYLLIUM DIFLUORIDE / ふっ化ベリリウム


分子量: 47.009 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 117 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.7 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Ammonium Acetate, MPD, Sodium Acetate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97176 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年2月26日
放射モノクロメーター: KOHZU Double Crystal Monochromator With A Sagittally Focused Second Crystal. Crystal Type Is Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97176 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→30 Å / Num. all: 26318 / Num. obs: 26280 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 8.5 % / Biso Wilson estimate: 15.1 Å2
反射 シェル解像度: 2.15→2.23 Å / 冗長度: 6.8 % / Mean I/σ(I) obs: 3.7 / Num. unique all: 2529 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER1.2位相決定
REFMAC5.1.24精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Model Of ArcA Receiver Domain Without Mg2+/BeF3-

解像度: 2.152→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.937 / SU B: 3.481 / SU ML: 0.091 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.14
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21219 2641 10.1 %RANDOM
Rwork0.18716 ---
obs0.18978 26206 99.89 %-
all-26260 --
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 29.168 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.09 Å20.55 Å20 Å2
2--1.09 Å20 Å2
3----1.64 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.152→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1923 0 22 117 2062
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221962
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4451.982651
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0675241
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2314
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021452
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2090.3891
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1860.5268
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1230.53
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2020.341
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2070.516
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.41721207
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.43831951
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9252755
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.93700
Refine LS restraints NCS

Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 945 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

タイプRms dev position (Å)Weight position
loose positional0.345
loose thermal3.2710
LS精密化 シェル解像度: 2.152→2.208 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.256 193
Rwork0.22 1668
obs-1668

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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