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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xhe
タイトルCrystal structure of the receiver domain of redox response regulator arca
要素Aerobic respiration control protein arcA
キーワードTRANSCRIPTION / Two-Component System / Gene Regulation / Transcription Factor / Anoxic Redox Control / Doubly Wound Five-Stranded Beta/Alpha Fold
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay response regulator activity / DNA-binding transcription repressor activity / phosphorelay signal transduction system / protein-DNA complex / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of DNA-templated transcription / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. ...OmpR/PhoB-type DNA-binding domain profile. / OmpR/PhoB-type DNA-binding domain / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein, C terminal / Transcriptional regulatory protein WalR-like / Signal transduction response regulator, C-terminal effector / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Response regulator / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Aerobic respiration control protein ArcA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Toro-Roman, A. / Mack, T.R. / Stock, A.M.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: Structural Analysis and Solution Studies of the Activated Regulatory Domain of the Response Regulator ArcA: A Symmetric Dimer Mediated by the alpha4-beta5-alpha5 Face
著者: Toro-Roman, A. / Mack, T.R. / Stock, A.M.
履歴
登録2004年9月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年5月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32019年7月24日Group: Data collection / Refinement description / カテゴリ: software
Item: _software.classification / _software.name / _software.version
改定 1.42021年10月20日Group: Database references / カテゴリ: database_2 / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
改定 1.62024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Aerobic respiration control protein arcA
B: Aerobic respiration control protein arcA


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0062
ポリマ－28,0062
非ポリマー00
水1,24369
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)86.695, 86.695, 214.710
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number179
Cell settinghexagonal
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-157-

HOH

詳細Biological assembly is a homodimer present in the assymetric unit.

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要素

#1: タンパク質 Aerobic respiration control protein arcA / Redox Response Regulator ArcA / Dye resistance protein


分子量: 14002.975 Da / 分子数: 2 / 断片: Receiver Domain / 変異: N123Q / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: arcA, dye, fexA, sfrA, seg, msp, cpxC / プラスミド: pEF29 (pJES307 derivative) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): B834(DE3)pLysS and BL21(DE3) / 参照: UniProt: P0A9Q1
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 70.2 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: Ammonium Acetate, MPD, Sodium Citrate, pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-ID
11001
21001
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSLS X4A10.97896
シンクロトロンNSLS X4A20.97139
検出器
タイプID検出器日付
ADSC QUANTUM 41CCD2003年9月25日
ADSC QUANTUM 42CCD2003年9月25日
放射
IDモノクロメータープロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1KOHZU Double Crystal Monochromator With A Sagittally Focused Second Crystal. Crystal Type Is Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2KOHZU Double Crystal Monochromator With A Sagittally Focused Second Crystal. Crystal Type Is Si(111)SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.978961
20.971391
反射解像度: 2.5→74.536 Å / Num. all: 17401 / Num. obs: 17085 / % possible obs: 98.3 % / Observed criterion σ(I): -3 / Biso Wilson estimate: 31.7 Å2 / Limit h max: 30 / Limit h min: 0 / Limit k max: 17 / Limit k min: 0 / Limit l max: 86 / Limit l min: 0 / Net I/σ(I): 18.2
反射 シェル解像度: 2.5→2.59 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique all: 1604 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
SCALEPACKデータスケーリング
CNS精密化
DENZOデータ削減
CNS位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散
開始モデル: Peak-Wavelength Derived Phases

解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 6.545 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.267 / ESU R Free: 0.23
立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD WITH PHASES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25647 864 5.1 %RANDOM
Rwork0.21269 ---
all0.21488 17076 --
obs0.21488 17076 98.69 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 42.617 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.41 Å20.71 Å20 Å2
2--1.41 Å20 Å2
3----2.12 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1921 0 0 69 1990
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0221945
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6151.982633
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.6055241
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1010.2313
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.021451
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2480.3908
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1750.5193
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1630.327
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2540.516
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.76321207
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.13731951
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.6472738
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.683682
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.564 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.33 57
Rwork0.256 1133
obs-1133

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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