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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xgs | ||||||
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タイトル | METHIONINE AMINOPEPTIDASE FROM HYPERTHERMOPHILE PYROCOCCUS FURIOSUS | ||||||
![]() | METHIONINE AMINOPEPTIDASE | ||||||
![]() | AMINOPEPTIDASE / HYPERTHERMOPHILE | ||||||
機能・相同性 | ![]() initiator methionyl aminopeptidase activity / methionyl aminopeptidase / metalloaminopeptidase activity / proteolysis / metal ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() | ||||||
![]() | Tahirov, T.H. / Tsukihara, T. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of methionine aminopeptidase from hyperthermophile, Pyrococcus furiosus. 著者: Tahirov, T.H. / Oki, H. / Tsukihara, T. / Ogasahara, K. / Yutani, K. / Ogata, K. / Izu, Y. / Tsunasawa, S. / Kato, I. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 128.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 100.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 422 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 427.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 23.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 34 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCS oper: (Code: given Matrix: (-0.956232, -0.267113, 0.11946), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 32888.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: CONTAIN TWO COBALT IONS IN ACTIVE SITE / 由来: (天然) ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-CO / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.9 % 解説: DATA WERE COLLECTED USING 2 DEGREE OSCILLATION. LOW-HUMIDITY FORM CRYSTAL FORM USED FOR DATA COLLECTION WAS OBTAINED BY WATER-MEDIATED TRANSFORMATION OF NATIVE MONOCLINIC PFMAP CRYSTAL. | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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結晶化 | pH: 8.5 詳細: PROTEIN SOLUTION CONTAINING 16 MG/ML PFMAP, 2 MM COCL2 AND 30 MM L-METHIONINE IN 20 MM POTASSIUM ACETATE AT PH4.5 WAS MIXED WITH EQUAL AMOUNT OF RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 20% ETHANOL IN 0. ...詳細: PROTEIN SOLUTION CONTAINING 16 MG/ML PFMAP, 2 MM COCL2 AND 30 MM L-METHIONINE IN 20 MM POTASSIUM ACETATE AT PH4.5 WAS MIXED WITH EQUAL AMOUNT OF RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 20% ETHANOL IN 0.1 M TRIS BUFFER AT PH 8.5, THEN EQUILIBRATED AGAINST RESERVOIR SOLUTION. OBTAINED CRYSTALS WERE TRANSFORMED TO LOW-HUMIDITY FORM BY CONTROLLING THE RELATIVE HUMIDITY USING THE SATURATED SALT SOLUTIONS (AMMONIUM SULFATE AT LAST STAGE). PH範囲: 4.5-8.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
結晶化 | *PLUS 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: Tahirov, T., (1998) J. Struct. Biol., 121, 68. / pH: 4.5 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶液の組成 | *PLUS
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-データ収集
回折 | 平均測定温度: 289 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: MAC Science DIP-2030 / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年12月1日 / 詳細: MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: NI FILTER / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.75→100 Å / Num. obs: 49955 / % possible obs: 84.6 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 3.9 % / Rmerge(I) obs: 0.075 / Net I/σ(I): 9.7 |
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.81 Å / Rmerge(I) obs: 0.361 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / % possible all: 62.4 |
反射 | *PLUS Num. measured all: 192734 |
反射 シェル | *PLUS % possible obs: 62.4 % |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: RIGID-BODY REFINEMENT 開始モデル: STRUCTURE OF NATIVE MONOCLINIC PFMAP CRYSTAL DETERMINED BY MIR METHOD 解像度: 1.75→15 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 詳細: PARAMETER AND TOPOLOGY FILES ARE MODIFIED TO INCLUDE THE COBALT IONS IN THE REFINEMENT
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原子変位パラメータ | Biso mean: 20 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.22 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→15 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.83 Å / Total num. of bins used: 8
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Xplor file |
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ソフトウェア | *PLUS 名称: ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 | *PLUS
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