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- PDB-1xgm: METHIONINE AMINOPEPTIDASE FROM HYPERTHERMOPHILE PYROCOCCUS FURIOSUS -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xgm
タイトルMETHIONINE AMINOPEPTIDASE FROM HYPERTHERMOPHILE PYROCOCCUS FURIOSUS
要素METHIONINE AMINOPEPTIDASEメチオニルアミノペプチダーゼ
キーワードAMINOPEPTIDASE / HYPERTHERMOPHILE (超好熱菌)
機能・相同性
機能・相同性情報


initiator methionyl aminopeptidase activity / メチオニルアミノペプチダーゼ / metalloaminopeptidase activity / タンパク質分解 / metal ion binding / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Methionine aminopeptidase, archaeal / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 2 / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 2, binding site / Methionine aminopeptidase subfamily 2 signature. / Peptidase M24, methionine aminopeptidase / クレアチナーゼ / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like ...Methionine aminopeptidase, archaeal / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 2 / Peptidase M24A, methionine aminopeptidase, subfamily 2, binding site / Methionine aminopeptidase subfamily 2 signature. / Peptidase M24, methionine aminopeptidase / クレアチナーゼ / Creatinase/methionine aminopeptidase superfamily / Peptidase M24 / Metallopeptidase family M24 / Creatinase/aminopeptidase-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / メチオニルアミノペプチダーゼ
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Tahirov, T.H. / Tsukihara, T.
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 1998
タイトル: Crystal structure of methionine aminopeptidase from hyperthermophile, Pyrococcus furiosus.
著者: Tahirov, T.H. / Oki, H. / Tsukihara, T. / Ogasahara, K. / Yutani, K. / Ogata, K. / Izu, Y. / Tsunasawa, S. / Kato, I.
#1: ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 1997
タイトル: Crystallization and Preliminary X-Ray Analysis of Methionine Aminopeptidase from the Hyperthermophilic Bacterium Pyrococcus Furiosus
著者: Tahirov, T.H. / Oki, H. / Tsukihara, T. / Ogasahara, K. / Izu, Y. / Tsunasawa, S. / Kato, I. / Yutani, K.
履歴
登録1997年11月17日処理サイト: BNL
改定 1.01998年2月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年3月3日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32024年2月14日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Other
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_database_status / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.process_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: METHIONINE AMINOPEPTIDASE
B: METHIONINE AMINOPEPTIDASE
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,0126
ポリマ－65,7772
非ポリマー2364
水18010
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)53.385, 85.059, 72.705
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 107.71, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCS oper: (Code: given
Matrix: (-0.957964, -0.264121, 0.112007), (-0.269699, 0.695975, -0.665493), (0.097817, -0.667727, -0.737952)
ベクター: 29.7981, 28.7526, 61.9466)

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要素

#1: タンパク質 METHIONINE AMINOPEPTIDASE / メチオニルアミノペプチダーゼ


分子量: 32888.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: TWO COBALT IONS IN ACTIVE SITE
由来: (天然) Pyrococcus furiosus (ピュロコックス・フリオスス)
参照: UniProt: P56218, メチオニルアミノペプチダーゼ
#2: 化合物
ChemComp-CO / COBALT (II) ION


分子量: 58.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Co
#3: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.39 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.8 %
解説: THREE HEAVY-ATOM DERIVATIVES USED FOR STRUCTURE DETERMINATION WERE OBTAINED BY SOAKING OF NATIVE CRYSTALS IN BUFFER SOLUTION WITH 0.1 MM OF K2PTCL6, K3UO2F5, AND C6H5HGOCOCH3. THE DERIVATIVES ...解説: THREE HEAVY-ATOM DERIVATIVES USED FOR STRUCTURE DETERMINATION WERE OBTAINED BY SOAKING OF NATIVE CRYSTALS IN BUFFER SOLUTION WITH 0.1 MM OF K2PTCL6, K3UO2F5, AND C6H5HGOCOCH3. THE DERIVATIVES DIFFRACTED TO RESOLUTION OF 3.5 A. NCS RESTRAINTS WERE APPLIED FOR ALL NONSOLVENT ATOMS IN ALL STAGES OF REFINEMENT EXCEPT THE LAST STEP OF POSITIONAL AND B-VALUE REFINEMENT IN WHICH THE NCS RESTRAINTS WERE RELEASED FROM RESIDUES 204 - 265.
結晶化pH: 8.5
詳細: PROTEIN SOLUTION CONTAINING 16 MG/ML PFMAP, 2 MM COCL2 AND 30 MM L-METHIONINE IN 20 MM POTASSIUM ACETATE AT PH4.5 WAS MIXED WITH EQUAL AMOUNT OF RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 20% ETHANOL IN 0. ...詳細: PROTEIN SOLUTION CONTAINING 16 MG/ML PFMAP, 2 MM COCL2 AND 30 MM L-METHIONINE IN 20 MM POTASSIUM ACETATE AT PH4.5 WAS MIXED WITH EQUAL AMOUNT OF RESERVOIR SOLUTION CONTAINING 20% ETHANOL IN 0.1 M TRIS BUFFER AT PH 8.5, THEN EQUILIBRATED AGAINST RESERVOIR SOLUTION.
PH範囲: 4.5-8.5
結晶化
*PLUS
温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Tahirov, T.H., (1997) Acta Crystallogr.,Sect.D, 53, 798.
溶液の組成
*PLUS
ID濃度一般名Crystal-IDSol-ID化学式
15 mg/mlprotein1drop
21 mM1dropCoCl2
310 mMpotassium acetate1drop
410 %ethanol1drop
50.05 MTris-HCl1drop
620 %ethanol1reservoir
70.1 MTris-HCl1reservoir

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データ収集

回折平均測定温度: 283 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-18B / 波長: 1
検出器タイプ: FUJI / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年6月1日
放射単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 12285 / % possible obs: 80.3 % / Observed criterion σ(I): 1 / 冗長度: 2.95 % / Rmerge(I) obs: 0.048 / Net I/σ(I): 19.8
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / Rmerge(I) obs: 0.26 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / % possible all: 51.9
反射
*PLUS
Num. measured all: 42890
反射 シェル
*PLUS
% possible obs: 51.9 %

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
X-PLOR3.1モデル構築
X-PLOR3.1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR3.1位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 2.8→15 Å / Data cutoff high absF: 1000000 / Data cutoff low absF: 0.001 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2
詳細: PARAMETER AND TOPOLOGY FILES ARE MODIFIED TO INCLUDE THE COBALT IONS IN THE REFINEMENT.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.263 1192 7.8 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.181 11584 76 %-
原子変位パラメータBiso mean: 36.8 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.8→15 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4624 0 4 10 4638
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d0.015
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg1.85
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONx_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d24.73
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d1.69
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONx_mcbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_mcangle_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scbond_it
X-RAY DIFFRACTIONx_scangle_it
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.93 Å / Total num. of bins used: 8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.38 68 3.6 %
Rwork0.306 710 -
obs--41 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PARHCSDX.PROTOPHCSDX.PRO
X-RAY DIFFRACTION2
ソフトウェア
*PLUS
名称: X-PLOR / バージョン: 3.1 / 分類: refinement
拘束条件
*PLUS
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_dihedral_angle_deg24.73
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONx_improper_angle_deg1.69
LS精密化 シェル
*PLUS
Rfactor Rfree: 0.38

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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