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- PDB-1xg5: Structure of human putative dehydrogenase MGC4172 in complex with NADP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xg5
タイトルStructure of human putative dehydrogenase MGC4172 in complex with NADP
要素ARPG836
キーワードOXIDOREDUCTASE / Short Chain Dehydrogenase / Human / SGC / structural genomics / Structural Genomics Consortium
機能・相同性
機能・相同性情報


3beta-hydroxysteroid 3-dehydrogenase / 3-keto sterol reductase activity / 17-beta-ketosteroid reductase (NADPH) activity / 17-beta-hydroxysteroid dehydrogenase (NADP+) activity / estrogen biosynthetic process / 17beta-estradiol 17-dehydrogenase / estradiol 17-beta-dehydrogenase [NAD(P)+] activity / steroid biosynthetic process / nucleotide binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
short chain dehydrogenase / Short-chain dehydrogenase/reductase, conserved site / Short-chain dehydrogenases/reductases family signature. / Short-chain dehydrogenase/reductase SDR / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ACETIC ACID / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / Dehydrogenase/reductase SDR family member 11
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.53 Å
データ登録者Kavanagh, K. / Ng, S. / Sharma, S. / Vedadi, M. / von Delft, F. / Walker, J.R. / dhe Paganon, S. / Bray, J. / Oppermann, U. / Edwards, A. ...Kavanagh, K. / Ng, S. / Sharma, S. / Vedadi, M. / von Delft, F. / Walker, J.R. / dhe Paganon, S. / Bray, J. / Oppermann, U. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Sundstrom, M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Structural Genomics Consortium: Structure of the putative human dehydrogenase MGC4172
著者: Kavanagh, K. / Ng, S. / Sharma, S. / Vedadi, M. / von Delft, F. / Walker, J.R. / dhe Paganon, S. / Bray, J. / Oppermann, U. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Sundstrom, M.
履歴
登録2004年9月16日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Refinement description / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ARPG836
B: ARPG836
C: ARPG836
D: ARPG836
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,02011
ポリマ－121,8664
非ポリマー3,1547
水15,475859
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area16300 Å2
ΔGint-80 kcal/mol
Surface area34260 Å2
手法PISA
2
A: ARPG836
D: ARPG836
ヘテロ分子

B: ARPG836
C: ARPG836
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)125,02011
ポリマ－121,8664
非ポリマー3,1547
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_545-x,y-1/2,-z1
Buried area13470 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area37090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.710, 124.669, 75.130
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 97.23, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
詳細The biological assembly is a tetramer, contained in one asymmetric unit.

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要素

#1: タンパク質
ARPG836 / MGC4172 gene product


分子量: 30466.518 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MGC4172 / プラスミド: p11 (pET11 derivative) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): rosetta2 / 参照: UniProt: Q6UWP2
#2: 化合物
ChemComp-NAP / NADP NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / 2'-MONOPHOSPHOADENOSINE 5'-DIPHOSPHORIBOSE


分子量: 743.405 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H28N7O17P3
#3: 化合物 ChemComp-ACY / ACETIC ACID / 酢酸


分子量: 60.052 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H4O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 859 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 100mM Bis-Tris pH 5.5, 200mM Ammonium Acetate, 2% Glycerol (total 7%), 18% PEG 3350, 0.5mM TCEP, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 17-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月6日
放射モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.53→41.56 Å / Num. all: 149996 / Num. obs: 145577 / % possible obs: 97.05 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5.3 % / Biso Wilson estimate: 14.99 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.087 / Rsym value: 0.087 / Net I/σ(I): 13
反射 シェル解像度: 1.53→1.57 Å / 冗長度: 1.6 % / Rmerge(I) obs: 0.558 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique all: 8970 / Rsym value: 0.558 / % possible all: 81.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.2.0005精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1EDO

1edo


解像度: 1.53→41.56 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 3.004 / SU ML: 0.054 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL
Isotropic thermal model: Individual isotropic thermal parameters
交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.079 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: 1) HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS. 2) PROMINENT DIFFERENCE DENSITY AROUND RESIDUES A208, C208, D208 AND B151 WAS NOT INTERPRETABLE AND WAS LEFT UNMODELLED.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20638 1920 1.3 %RANDOM
Rwork0.1617 ---
all0.16226 145565 --
obs0.16226 143645 97.05 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 19.172 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.18 Å20 Å20.27 Å2
2---0.86 Å20 Å2
3----0.25 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.53→41.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7549 0 204 859 8612
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.0218057
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6481.98910999
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.56851041
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.82423.636319
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.995151314
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.1351560
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.21290
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025980
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2040.24020
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.3060.25624
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1670.2780
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1880.260
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.140.224
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9411.55246
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.44828220
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.41133153
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.6174.52764
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.53→1.57 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.326 131 -
Rwork0.26 8836 -
obs--81.13 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.546-0.03830.0051.81410.83771.52670.0158-0.1238-0.06210.4484-0.0204-0.09450.20170.05760.0047-0.0145-0.0095-0.0136-0.11610.0223-0.129510.01157.36722.3596
20.9454-0.20840.60690.9133-0.24461.28670.0258-0.13880.03950.1983-0.0387-0.0527-0.125-0.05550.0129-0.1046-0.0045-0.0173-0.108-0.0089-0.09920.358286.277915.2491
30.78930.22290.17211.19360.08171.6066-0.03320.0745-0.0422-0.17230.0156-0.0497-0.0460.05410.0176-0.13620.00590.0265-0.1374-0.0001-0.143712.64280.5806-16.819
40.88190.2994-0.09051.1943-0.04131.27380.04270.0697-0.001-0.0972-0.02750.0789-0.0036-0.1201-0.0151-0.16770.00530.0037-0.13570.0004-0.1219-0.453653.0569-8.7285
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 258
2X-RAY DIFFRACTION2B2 - 258
3X-RAY DIFFRACTION3C2 - 258
4X-RAY DIFFRACTION4D2 - 258

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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