+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xfj | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Crystal structure of protein CC_0490 from Caulobacter crescentus, Pfam DUF152 | ||||||
![]() | conserved hypothetical protein | ||||||
![]() | structural genomics / unknown function / Protein structure initiative (PSI) / Hypothetical protein / alpha-beta-beta-alpha / two-domain structure / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC | ||||||
機能・相同性 | ![]() adenosine deaminase activity / S-methyl-5-thioadenosine phosphorylase activity / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Krishnamurthy, N.R. / Kumaran, D. / Swaminathan, S. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure of a conserved hypothetical protein from Caulobacter crescentus 著者: Krishnamurthy, N.R. / Kumaran, D. / Swaminathan, S. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 63.7 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 49.4 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
関連構造データ | |
---|---|
類似構造データ | |
その他のデータベース |
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28148.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() |
---|---|
#2: 化合物 | ChemComp-ACT / |
#3: 化合物 | ChemComp-BME / |
#4: 化合物 | ChemComp-GOL / |
#5: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 2 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6 詳細: PEG 4000, Sodium-acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||
検出器 | タイプ: BRANDEIS - B4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月14日 / 詳細: mirrors | ||||||||||||
放射 | モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
| ||||||||||||
反射 | 解像度: 1.75→50 Å / Num. all: 21008 / Num. obs: 21008 / % possible obs: 97.8 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.1 % / Biso Wilson estimate: 10 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 15.8 | ||||||||||||
反射 シェル | 解像度: 1.75→1.81 Å / 冗長度: 4.1 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Num. unique all: 1760 / % possible all: 81.4 |
-
解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 詳細: Ser 38 and Asp 113 are in the disallowed region of the Ramachandran plot. This seems to be the characteristic feature of this protein. It is observed in the other related entries as well. The ...詳細: Ser 38 and Asp 113 are in the disallowed region of the Ramachandran plot. This seems to be the characteristic feature of this protein. It is observed in the other related entries as well. The electron density was absent for the missing residues listed in remark 465.
| ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 9.79 Å2
| ||||||||||||||||||||
Refine analyze |
| ||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→50 Å
| ||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル | 解像度: 1.75→1.83 Å / Rfactor Rfree error: 0.018
|