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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xeq | ||||||
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タイトル | Crystal tructure of RNA binding domain of influenza B virus non-structural protein | ||||||
![]() | Nonstructural protein NS1 | ||||||
![]() | VIRAL PROTEIN / Influenza B virus / RNA binding domain / non-structural protein / NS1B / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG | ||||||
機能・相同性 | ![]() symbiont-mediated suppression of host PKR/eIFalpha signaling / protein serine/threonine kinase inhibitor activity / symbiont-mediated suppression of host ISG15-protein conjugation / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host type I interferon-mediated signaling pathway / host cell nucleus / RNA binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Khan, J.A. / Yin, C. / Krug, R.M. / Montelione, G.T. / Tong, L. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Conserved surface features form the double-stranded RNA binding site of non-structural protein 1 (NS1) from influenza A and B viruses. 著者: Yin, C. / Khan, J.A. / Swapna, G.V. / Ertekin, A. / Krug, R.M. / Tong, L. / Montelione, G.T. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 55.1 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 40.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 375.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 381.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 6.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | |
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類似構造データ | |
その他のデータベース |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域: Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / End auth comp-ID: MET / End label comp-ID: MET / Refine code: 4 / Auth seq-ID: 20 - 85 / Label seq-ID: 20 - 85
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11881.639 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 属: Influenzavirus B / 生物種: Influenza B virus / 株: B/Lee/40 / 遺伝子: 8 / プラスミド: pET-15b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-BR / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 60 % |
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結晶化 | 温度: 278 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 3.9 詳細: pH 3.9, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 278K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | 日付: 2003年9月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9197 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→29.6 Å / Num. all: 18879 / Num. obs: 18879 / Biso Wilson estimate: 22.89 Å2 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.12 Å |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.898 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→29.6 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | Dom-ID: 1 / Auth asym-ID: A / Ens-ID: 1 / 数: 1083 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.154 Å / Total num. of bins used: 20 /
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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