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- PDB-1xeb: Crystal Structure of an Acyl-CoA N-acyltransferase from Pseudomon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xeb
タイトルCrystal Structure of an Acyl-CoA N-acyltransferase from Pseudomonas aeruginosa
要素hypothetical protein PA0115
キーワードTRANSFERASE / Midwest Center for Structural Genomics / MCSG / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / PSI / APC22065
機能・相同性
機能・相同性情報


N-acetyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
Acetyltransferase (GNAT) domain / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
N-acetyltransferase domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Bertero, M.G. / Walker, J.R. / Skarina, T. / Gorodichtchenskaia, E. / Joachimiak, A. / Edwards, A.E. / Savchenko, A. / Strynadka, N. / Midwest Center for Structural Genomics (MCSG)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: The crystal structure of an Acyl-CoA N-acyltransferase from Pseudomonas aeruginosa
著者: Bertero, M.G. / Walker, J.R. / Skarina, T. / Gorodichtchenskaia, E. / Joachimiak, A. / Edwards, A.E. / Savchenko, A. / Strynadka, N.
履歴
登録2004年9月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年10月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Version format compliance
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_conn / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: hypothetical protein PA0115
B: hypothetical protein PA0115
C: hypothetical protein PA0115
D: hypothetical protein PA0115
E: hypothetical protein PA0115
F: hypothetical protein PA0115
G: hypothetical protein PA0115
H: hypothetical protein PA0115


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,9788
ポリマ－137,9788
非ポリマー00
水3,999222
1
A: hypothetical protein PA0115


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2471
ポリマ－17,2471
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
2
B: hypothetical protein PA0115


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2471
ポリマ－17,2471
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
3
C: hypothetical protein PA0115


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2471
ポリマ－17,2471
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
4
D: hypothetical protein PA0115


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2471
ポリマ－17,2471
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
5
E: hypothetical protein PA0115


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2471
ポリマ－17,2471
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
6
F: hypothetical protein PA0115


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2471
ポリマ－17,2471
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
7
G: hypothetical protein PA0115


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2471
ポリマ－17,2471
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
8
H: hypothetical protein PA0115


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2471
ポリマ－17,2471
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PQS
9
A: hypothetical protein PA0115
D: hypothetical protein PA0115


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4942
ポリマ－34,4942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area14460 Å2
手法PISA
10
E: hypothetical protein PA0115
F: hypothetical protein PA0115


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4942
ポリマ－34,4942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1870 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area14360 Å2
手法PISA
11
B: hypothetical protein PA0115
C: hypothetical protein PA0115


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4942
ポリマ－34,4942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1860 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area14620 Å2
手法PISA
12
G: hypothetical protein PA0115
H: hypothetical protein PA0115


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,4942
ポリマ－34,4942
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1910 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area14180 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)138.397, 138.397, 136.486
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

-
要素

#1: タンパク質
hypothetical protein PA0115 / Acyl-CoA N-acyltransferase / APC22065


分子量: 17247.238 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌) / 遺伝子: PA01 / プラスミド: modified PET15B / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9I717
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.761 Å3/Da / 溶媒含有率: 54 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7
詳細: NH4Cl, pH 7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.979398 Å
検出器タイプ: SBC-2 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月20日
放射モノクロメーター: DOUBLE CRYSTAL MONOCHROMATOR / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979398 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→50 Å / Num. all: 121434 / Num. obs: 121434 / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 31.4 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.078 / Net I/σ(I): 16.5
反射 シェル解像度: 2.35→2.43 Å / Rmerge(I) obs: 0.389 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / % possible all: 98.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.35→29.89 Å / Rfactor Rfree error: 0.004 / Data cutoff high absF: 3463680.24 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.282 4765 8.2 %RANDOM
Rwork0.232 ---
obs0.232 58089 91.9 %-
all-58089 --
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 26.2774 Å2 / ksol: 0.322948 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 37.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.7 Å23.16 Å20 Å2
2---0.7 Å20 Å2
3---1.4 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.4 Å0.32 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.36 Å0.26 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.35→29.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9480 0 0 222 9702
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.008
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.5
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.6
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.331.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.182
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.022
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.862.5
LS精密化 シェル解像度: 2.35→2.5 Å / Rfactor Rfree error: 0.012 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 667 8.1 %
Rwork0.261 7528 -
obs--78.9 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER_REP.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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