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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xdn | ||||||
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タイトル | High resolution crystal structure of an editosome enzyme from trypanosoma brucei: RNA editing ligase 1 | ||||||
要素 | RNA editing ligase MP52 | ||||||
キーワード | LIGASE / RNA editing / Trypanosoma brucei | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 RNA ligase (ATP) / RNA ligase (ATP) activity / RNA modification / mitochondrial mRNA editing complex / kinetoplast / mRNA processing / mitochondrion / RNA binding / ATP binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 1.2 Å | ||||||
データ登録者 | Deng, J. / Schnaufer, A. / Salavati, R. / Stuart, K.D. / Hol, W.G. | ||||||
引用 | ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004 タイトル: High resolution crystal structure of a key editosome enzyme from Trypanosoma brucei: RNA editing ligase 1. 著者: Deng, J. / Schnaufer, A. / Salavati, R. / Stuart, K.D. / Hol, W.G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1xdn.cif.gz | 134.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1xdn.ent.gz | 108.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1xdn.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1xdn_validation.pdf.gz | 771.3 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1xdn_full_validation.pdf.gz | 773.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1xdn_validation.xml.gz | 16.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1xdn_validation.cif.gz | 26.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xd/1xdn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xd/1xdn | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 31537.598 Da / 分子数: 1 / 断片: Adenylation domain / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ) 遺伝子: MP52 / プラスミド: pskB3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21GOLD DE3 / 参照: GenBank: 11067037, UniProt: P86927*PLUS |
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#2: 化合物 | ChemComp-MG / |
#3: 化合物 | ChemComp-ATP / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.8 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: PEG 3350, magnesium chloride, Tris, ATP, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K | ||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.97885, 0.97899, 0.96112 | ||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2003年12月15日 | ||||||||||||
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||
放射波長 |
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反射 | 解像度: 1.1→50 Å / Num. obs: 95711 / % possible obs: 86.8 % / Observed criterion σ(I): 2 / Biso Wilson estimate: 7.293 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.064 / Rsym value: 0.064 / Net I/σ(I): 33.8 | ||||||||||||
反射 シェル | 最高解像度: 1.1 Å / Rmerge(I) obs: 0.064 / Mean I/σ(I) obs: 33.8 / Num. unique all: 95711 / Rsym value: 0.064 / % possible all: 86.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 1.2→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.975 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 0.349 / SU ML: 0.017 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.034 / ESU R Free: 0.033 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 9.403 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.2→20 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 1.2→1.231 Å / Total num. of bins used: 20 /
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