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万見
- PDB-1xdh: Structure of plasmepsin II in complex with pepstatin A -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xdh
タイトルStructure of plasmepsin II in complex with pepstatin A
要素
  • Pepstatin
  • Plasmepsin 2
キーワードHYDROLASE/HYDROLASE INHIBITOR / HYDROLASE-HYDROLASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cytostome / plasmepsin II / acquisition of nutrients from host / vacuolar lumen / food vacuole / vacuolar membrane / aspartic-type endopeptidase activity / proteolysis
類似検索 - 分子機能
Pepsin-like domain / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily ...Pepsin-like domain / Eukaryotic aspartyl protease / Aspartic peptidase A1 family / Peptidase family A1 domain / Peptidase family A1 domain profile. / Cathepsin D, subunit A; domain 1 / Acid Proteases / Aspartic peptidase, active site / Eukaryotic and viral aspartyl proteases active site. / Aspartic peptidase domain superfamily / Beta Barrel / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Pepstatin / Plasmepsin II
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
Streptomyces argenteolus subsp. toyonakensis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Prade, L.
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Structure of plasmepsin II in complex with pepstatin A
著者: Prade, L.
履歴
登録2004年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年8月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Atomic model / Database references ...Atomic model / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary / Version format compliance
改定 1.32013年2月27日Group: Other

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Plasmepsin 2
B: Plasmepsin 2
C: Pepstatin
D: Pepstatin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,6204
ポリマ－75,6204
非ポリマー00
水13,259736
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5380 Å2
ΔGint-52 kcal/mol
Surface area25940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)141.111, 141.111, 97.102
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1531-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Plasmepsin 2 / Aspartic hemoglobinase II / PFAPD


分子量: 37123.941 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然
由来: (天然) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
参照: UniProt: P46925, plasmepsin II
#2: タンパク質・ペプチド Pepstatin


タイプ: Oligopeptide / クラス: 酵素阻害剤 / 分子量: 685.891 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Streptomyces argenteolus subsp. toyonakensis (バクテリア)
参照: Pepstatin
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 736 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.76 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.28 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: pH 5.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長相対比: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
MOSFLMデータ削減
CCP4(SCALA)データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.7→119.52 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 2.278 / SU ML: 0.073 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / ESU R: 0.096 / ESU R Free: 0.095 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23712 6068 5 %RANDOM
Rwork0.2143 ---
all0.21545 114632 --
obs0.21545 114632 98.79 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 23.414 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.29 Å2-0.14 Å20 Å2
2---0.29 Å20 Å2
3---0.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→119.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5310 0 0 736 6046
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0225446
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024810
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2761.9737414
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89311256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.0435656
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1330.2844
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.026022
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021084
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.1860.21059
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.230.26081
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0840.23325
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1260.2618
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.1180.217
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2040.271
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.140.250
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.18733272
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.97545330
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.26632174
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it2.01742084
LS精密化 シェル解像度: 1.7→1.76 Å / Total num. of bins used: 15 /
Rfactor反射数
Rfree0.391 581
Rwork0.358 11009

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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