[日本語] English
万見
- PDB-1xdf: Crystal structure of pathogenesis-related protein LlPR-10.2A from... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xdf
タイトルCrystal structure of pathogenesis-related protein LlPR-10.2A from yellow lupine
要素PR10.2A
キーワードPLANT PROTEIN / 7-stranded antiparallel beta-sheet / kinked C-terminal alpha-helix / glycine-rich loop
機能・相同性
機能・相同性情報


: / cytokinin binding / response to biotic stimulus / melatonin binding / abscisic acid binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / RNA nuclease activity / defense response ...: / cytokinin binding / response to biotic stimulus / melatonin binding / abscisic acid binding / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 3'-リン酸モノエステル産生エンドリボヌクレアーゼ / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / RNA nuclease activity / defense response / signaling receptor activity / calcium ion binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Bet v I type allergen / Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Class 10 plant pathogenesis-related protein 2A
類似検索 - 構成要素
生物種Lupinus luteus (キバナノハウチワマメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Pasternak, O. / Biesiadka, J. / Dolot, R. / Handschuh, L. / Bujacz, G. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr.,Sect.D / 年: 2005
タイトル: Structure of a yellow lupin pathogenesis-related PR-10 protein belonging to a novel subclass.
著者: Pasternak, O. / Biesiadka, J. / Dolot, R. / Handschuh, L. / Bujacz, G. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#1: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2002
タイトル: Crystal structures of two homologous pathogenesis-related proteins from yellow lupine
著者: Biesiadka, J. / Bujacz, G. / Sikorski, M.M. / Jaskolski, M.
#2: ジャーナル: ACTA CRYSTALLOGR.,SECT.D / 年: 1999
タイトル: Crystallization and preliminary x-ray structure determination of Lupinus luteus PR10 protein
著者: Biesiadka, J. / Sikorski, M.M. / Bujacz, G. / Jaskolski, M.
#3: ジャーナル: Nat.Struct.Biol. / 年: 1996
タイトル: X-ray and NMR structure of Bet v 1, the origin of birch pollen allergy
著者: Gajhede, M. / Osmark, P. / Poulsen, F.M. / Ipsen, H. / Larsen, J.N. / van Neerven, R.J.J. / Schou, C. / Lowenstein, H. / Spangfort, M.D.
#4: ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2003
タイトル: Crystal structure of a hypoallergenic isoform of the major birch pollen allergen Bet v 1 and its likely biological function as a plant steroid carrier
著者: Markovic-Housley, Z. / Degano, M. / Lamba, D. / von Roepenack-Lahaye, E. / Clemens, S. / Susani, M. / Ferreira, F. / Scheiner, O. / Breiteneder, H.
履歴
登録2004年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02005年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PR10.2A
B: PR10.2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,8474
ポリマ－33,5862
非ポリマー2612
水5,062281
1
A: PR10.2A
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,0543
ポリマ－16,7931
非ポリマー2612
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: PR10.2A


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,7931
ポリマ－16,7931
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)48.956, 69.243, 112.918
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細THIS ENTRY CONTAINS THE CRYSTALLOGRAPHIC ASYMMETRIC UNIT WHICH CONSISTS OF 2 CHAINS. THE PROTEIN IS MONOMERIC AND THE TWO CHAINS, A AND B, ARE NOT INVOLVED IN QUATERNARY STRUCTURE FORMATION.

-
要素

#1: タンパク質 PR10.2A / LlPR-10.2A


分子量: 16792.824 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lupinus luteus (キバナノハウチワマメ)
遺伝子: Llpr-10.2a / プラスミド: pET-3a / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: Q9LLQ3
#2: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 281 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.2 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: sodium citrate, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 292K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9B / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2000年7月10日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: Si / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→25 Å / Num. all: 30830 / Num. obs: 30830 / % possible obs: 99.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 4.3 % / Biso Wilson estimate: 30.8 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 28.3
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.412 / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique all: 3000 / % possible all: 97.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.19精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1IFV

1ifv


解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 4.413 / SU ML: 0.123 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / Isotropic thermal model: isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.153 / ESU R Free: 0.148 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: H ATOMS AT RIDING POSITIONS WERE INCLUDED IN FC CALCULATIONS; ONE OF THE TWO PROTEIN MOLECULES COORDINATES A SODIUM CATION; THE REFINEMENT INCLUDED TLS PARAMETERS; THE TIPS OF 6 SURFACE ...詳細: H ATOMS AT RIDING POSITIONS WERE INCLUDED IN FC CALCULATIONS; ONE OF THE TWO PROTEIN MOLECULES COORDINATES A SODIUM CATION; THE REFINEMENT INCLUDED TLS PARAMETERS; THE TIPS OF 6 SURFACE RESIDUES (1 IN MOL. A, 5 IN MOL. B) HAVE NOT BEEN MEDELED BECAUSE OF MISSING ELECTRON DENSITY, AND THE CORRESPONDING ATOMS ARE NOT INCLUDED IN THE MODEL (SEE REMARK 470);
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.251 1193 4 %RANDOM
Rwork0.205 ---
all0.207 28579 --
obs0.207 28579 96.75 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 24.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1 Å20 Å20 Å2
2--3.13 Å20 Å2
3----2.13 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2346 0 16 281 2643
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0212397
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.022195
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7831.983239
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.92635143
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3335312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1050.2370
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.022676
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.02430
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2220.2447
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2510.22484
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0890.21458
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1710.2174
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.0960.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2260.216
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2840.246
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.2420.211
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.77911548
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.01322475
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.4233849
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it6.233764
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.343 73
Rwork0.298 1879
obs-2193
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.77770.2806-0.10572.23360.73252.46120.1609-0.174-0.0604-0.0968-0.0664-0.1641-0.0070.1104-0.09450.11610.01270.01850.0490.04740.067814.50896.883113.215
22.5619-0.70070.60432.80050.54783.36620.0011-0.02740.5174-0.1269-0.0004-0.3532-0.33420.0365-0.00080.07350.02760.03570.035-0.04230.143414.532339.955818.2491
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA1 - 1571 - 157
2X-RAY DIFFRACTION2BB1 - 1571 - 157

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る