[日本語] English
万見
- PDB-1xd7: Crystal structure of a putative DNA binding protein -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xd7
タイトルCrystal structure of a putative DNA binding protein
要素ywnA
キーワードDNA BINDING PROTEIN / Structural Genomics / Protein Structure Initiative / winged helix DNA binding / hypothetical protein / PSI / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
Transcription regulator Rrf2 / Iron-dependent Transcriptional regulator / Rrf2-type HTH domain profile. / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Putative HTH-type transcriptional regulator YwnA
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Agarwal, R. / Swaminathan, S. / Burley, S.K. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of a putative DNA binding protein
著者: Agarwal, R. / Swaminathan, S.
履歴
登録2004年9月4日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Derived calculations / Source and taxonomy / Version format compliance
改定 1.32019年1月16日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: diffrn / struct / Item: _struct.title
改定 1.42021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details ..._audit_author.identifier_ORCID / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.52024年2月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: ywnA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,1872
ポリマ－16,0901
非ポリマー961
水1086
1
A: ywnA
ヘテロ分子

A: ywnA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,3734
ポリマ－32,1812
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_555-x,y,-z1
Buried area2930 Å2
ΔGint-48 kcal/mol
Surface area12790 Å2
手法PISA, PQS
単位格子
Length a, b, c (Å)65.892, 49.362, 51.510
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 121.61, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The second part of the dimer is generated by the symmetry operator -x, y, -z

-
要素

#1: タンパク質 ywnA


分子量: 16090.474 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis (枯草菌)
生物種: Bacillus subtilis / 株: 168 / 遺伝子: ywnA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P71036
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 46 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: PEG 4000, Ammonium sulfate, sodium acetate, pH 4.6, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X29A / 波長: 0.9791, 0.9793, 0.9400, 1.100
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2004年6月28日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: GRAPHITE / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
20.97931
30.941
41.11
反射解像度: 2.3→50 Å / Num. all: 5553 / Num. obs: 5553 / % possible obs: 86.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 26.7 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Net I/σ(I): 16.6
反射 シェル解像度: 2.3→2.38 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.3 / Num. unique all: 247 / % possible all: 39.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1.1精密化
CBASSデータ収集
HKL-2000データスケーリング
SOLVE位相決定
SHARP位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.3→37.06 Å / Rfactor Rfree error: 0.022 / Data cutoff high absF: 220851.76 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0
詳細: the electron density was absent or weak for the missing residues. Data collected with native crystal was used for refinement.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.285 162 3.1 %RANDOM
Rwork0.26 ---
obs0.26 5294 83.2 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 50.6301 Å2 / ksol: 0.347639 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 50.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--14.42 Å20 Å2-2.98 Å2
2--16.87 Å20 Å2
3----2.45 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.44 Å0.42 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.41 Å0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.3→37.06 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数883 0 5 6 894
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.01
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.4
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d19.2
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.95
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.411.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.432
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it2.012
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it3.12.5
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.44 Å / Rfactor Rfree error: 0.128 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.463 13 2.9 %
Rwork0.399 428 -
obs--41.8 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER.PARAMWATER.TOP

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る