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- PDB-1xcb: X-ray Structure of a Rex-Family Repressor/NADH Complex from Therm... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xcb
タイトルX-ray Structure of a Rex-Family Repressor/NADH Complex from Thermus Aquaticus
要素Redox-sensing transcriptional repressor rex
キーワードDNA BINDING PROTEIN / redox-sensing / winged helix / rossmann fold / Nicotinamide Adenine Dinucleotide / NAD / Rex / Thermus aquaticus / New York SGX Research Center for Structural Genomics / NYSGXRC / Structural Genomics / PSI / Protein Structure Initiative
機能・相同性
機能・相同性情報


response to redox state / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Rex DNA-binding, C-terminal domain / Redox-sensing transcriptional repressor Rex / Putative DNA-binding protein N-terminus / CoA binding domain / CoA binding domain / CoA-binding / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily ...Rex DNA-binding, C-terminal domain / Redox-sensing transcriptional repressor Rex / Putative DNA-binding protein N-terminus / CoA binding domain / CoA binding domain / CoA-binding / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / Winged helix DNA-binding domain superfamily / NAD(P)-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Rossmann fold / Orthogonal Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Redox-sensing transcriptional repressor Rex
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus aquaticus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Sickmier, E.A. / Brekasis, D. / Paranawithana, S. / Bonanno, J.B. / Burley, S.K. / Paget, M.S. / Kielkopf, C.L. / New York SGX Research Center for Structural Genomics (NYSGXRC)
引用ジャーナル: Structure / 年: 2005
タイトル: X-Ray Structure of a Rex-Family Repressor/NADH Complex: Insights into the Mechanism of Redox Sensing
著者: Sickmier, E.A. / Brekasis, D. / Paranawithana, S. / Bonanno, J.B. / Paget, M.S. / Burley, S.K. / Kielkopf, C.L.
履歴
登録2004年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2004年9月28日ID: 1R72
改定 1.02004年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32021年2月3日Group: Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation_author ...audit_author / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID ..._audit_author.identifier_ORCID / _citation_author.identifier_ORCID / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id
改定 1.42024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Redox-sensing transcriptional repressor rex
B: Redox-sensing transcriptional repressor rex
C: Redox-sensing transcriptional repressor rex
D: Redox-sensing transcriptional repressor rex
E: Redox-sensing transcriptional repressor rex
F: Redox-sensing transcriptional repressor rex
G: Redox-sensing transcriptional repressor rex
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)168,91519
ポリマ－164,0707
非ポリマー4,84412
水00
1
A: Redox-sensing transcriptional repressor rex
B: Redox-sensing transcriptional repressor rex
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2846
ポリマ－46,8772
非ポリマー1,4074
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7780 Å2
ΔGint-57 kcal/mol
Surface area18510 Å2
手法PISA
2
C: Redox-sensing transcriptional repressor rex
D: Redox-sensing transcriptional repressor rex
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3247
ポリマ－46,8772
非ポリマー1,4475
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7760 Å2
ΔGint-73 kcal/mol
Surface area18650 Å2
手法PISA
3
E: Redox-sensing transcriptional repressor rex
F: Redox-sensing transcriptional repressor rex
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2044
ポリマ－46,8772
非ポリマー1,3272
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7670 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area19160 Å2
手法PISA
4
G: Redox-sensing transcriptional repressor rex
ヘテロ分子

G: Redox-sensing transcriptional repressor rex
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,2044
ポリマ－46,8772
非ポリマー1,3272
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
5
A: Redox-sensing transcriptional repressor rex
B: Redox-sensing transcriptional repressor rex
G: Redox-sensing transcriptional repressor rex
ヘテロ分子

A: Redox-sensing transcriptional repressor rex
B: Redox-sensing transcriptional repressor rex
G: Redox-sensing transcriptional repressor rex
ヘテロ分子

C: Redox-sensing transcriptional repressor rex
D: Redox-sensing transcriptional repressor rex
E: Redox-sensing transcriptional repressor rex
F: Redox-sensing transcriptional repressor rex
ヘテロ分子

C: Redox-sensing transcriptional repressor rex
D: Redox-sensing transcriptional repressor rex
E: Redox-sensing transcriptional repressor rex
F: Redox-sensing transcriptional repressor rex
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)337,83038
ポリマ－328,14114
非ポリマー9,68924
水0
タイプ名称対称操作数
crystal symmetry operation3_545x+1/2,y-1/2,z1
crystal symmetry operation4_646-x+3/2,y-1/2,-z+11
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_756-x+2,y,-z+11
Buried area63500 Å2
ΔGint-516 kcal/mol
Surface area121460 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)189.240, 88.970, 112.910
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 106.09, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
詳細The biological assembly is a dimer, within the seven subunits in the asymmetric unit of the crystal.

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要素

#1: タンパク質
Redox-sensing transcriptional repressor rex / T-REX


分子量: 23438.637 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermus aquaticus (バクテリア) / 遺伝子: rex / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X2V5
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: CaCl2, PEG 400, HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 277K

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データ収集

回折平均測定温度: 200 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X9A / 波長: 0.9794, 0.9792, 0.9648
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2001年5月27日
放射モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97941
20.97921
30.96481
反射解像度: 2.9→20 Å / Num. all: 78348 / Num. obs: 75343 / % possible obs: 96.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0
反射 シェル解像度: 2.9→3 Å / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
SOLVE位相決定
CNS1精密化
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.9→20 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数Selection details
Rfree0.276 5215 random
Rwork0.228 --
all0.232 75343 -
obs0.232 75343 -
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10846 0 313 0 11159

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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