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- PDB-1xc1: Oxo Zirconium(IV) Cluster in the Ferric Binding Protein (FBP) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xc1
タイトルOxo Zirconium(IV) Cluster in the Ferric Binding Protein (FBP)
要素periplasmic iron-binding protein
キーワードMETAL TRANSPORT / PERIPLASMIC FERRIC BINDING PROTEIN / ZIRCONIUM / METAL-OXO CLUSTER
機能・相同性
機能・相同性情報


transmembrane transport / iron ion transport / outer membrane-bounded periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Ferric binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
OXO ZIRCONIUM(IV) CLUSTER / : / Major ferric iron-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Neisseria gonorrhoeae (淋菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Zhong, W. / Alexeev, D. / Harvey, I. / Guo, M. / Hunter, D.J.B. / Zhu, H. / Campopiano, D.J. / Sadler, P.J.
引用
ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2004
タイトル: Assembly of an Oxo-Zirconium(IV) Cluster in a Protein Cleft
著者: Zhong, W. / Alexeev, D. / Harvey, I. / Guo, M. / Hunter, D.J.B. / Zhu, H. / Campopiano, D.J. / Sadler, P.J.
#1: ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2003
タイトル: Oxo-iron clusters in a bacterial iron-trafficking protein: new roles for a conserved motif
著者: Zhu, H. / Alexeev, D. / Hunter, D.J.B. / Campopiano, D.J. / Sadler, P.J.
履歴
登録2004年8月31日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年9月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: periplasmic iron-binding protein
B: periplasmic iron-binding protein
C: periplasmic iron-binding protein
D: periplasmic iron-binding protein
E: periplasmic iron-binding protein
F: periplasmic iron-binding protein
G: periplasmic iron-binding protein
H: periplasmic iron-binding protein
I: periplasmic iron-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)308,38518
ポリマ－303,1959
非ポリマー5,1909
水17,547974
1
A: periplasmic iron-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2652
ポリマ－33,6881
非ポリマー5771
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: periplasmic iron-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2652
ポリマ－33,6881
非ポリマー5771
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: periplasmic iron-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2652
ポリマ－33,6881
非ポリマー5771
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: periplasmic iron-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2652
ポリマ－33,6881
非ポリマー5771
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: periplasmic iron-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2652
ポリマ－33,6881
非ポリマー5771
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: periplasmic iron-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2652
ポリマ－33,6881
非ポリマー5771
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
7
G: periplasmic iron-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2652
ポリマ－33,6881
非ポリマー5771
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
8
H: periplasmic iron-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2652
ポリマ－33,6881
非ポリマー5771
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
9
I: periplasmic iron-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,2652
ポリマ－33,6881
非ポリマー5771
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)146.200, 146.200, 113.558
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number145
Space group name H-MP32

-
要素

#1: タンパク質
periplasmic iron-binding protein / Ferric binding protein / Iron transporter protein


分子量: 33688.348 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Neisseria gonorrhoeae (淋菌) / 遺伝子: FBPA / プラスミド: PTRC99A-FBP-NG / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): TOP10 / 参照: GenBank: 1098687, UniProt: P17259*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-ZRC / OXO ZIRCONIUM(IV) CLUSTER


分子量: 576.636 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: O17PZr3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 974 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.48 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.1
詳細: PEG 4000, NaCl, imidasole/malate, pH 8.1, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 289K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SRS / ビームライン: PX14.2 / 波長: 0.978 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2002年2月3日 / 詳細: mirrors
放射モノクロメーター: SAGITALLY FOCUSED Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.978 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→20 Å / Num. all: 426023 / Num. obs: 414535 / % possible obs: 98.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 22.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.095 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 1.51→1.58 Å / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.809 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique all: 46715 / Rsym value: 0.81 / % possible all: 94.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
CNS1精密化
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1O7T

1o7t


解像度: 1.51→20 Å / Isotropic thermal model: Isotropic / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / σ(I): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
詳細: Twinned least squares refinement with the twinning fraction of 0.49
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.275 19016 -RANDOM
Rwork0.191 ---
obs0.191 414535 97.3 %-
all-426023 --
原子変位パラメータBiso mean: 26.8 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.92 Å2-2.92 Å2-2.92 Å2
2---2.92 Å20 Å2
3---5.84 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.51→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21402 0 171 974 22547
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.0145
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_d2.44
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkRefine-IDNum. reflection obsTotal num. of bins used
1.51-1.580.3220590.32X-RAY DIFFRACTION467156
1.58-1.660.3322920.3X-RAY DIFFRACTION484676
1.66-1.770.3223930.29X-RAY DIFFRACTION491076
1.77-1.90.322640.27X-RAY DIFFRACTION496446
1.9-2.090.2823500.24X-RAY DIFFRACTION499646
2.09-2.40.326400.21X-RAY DIFFRACTION502196

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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