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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 1xbf | ||||||
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タイトル | X-RAY STRUCTURE NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM TARGET CAR10 FROM C. ACETOBUTYLICUM | ||||||
要素 | Clostridium acetobutylicum Q97KL0 | ||||||
キーワード | STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / CAR10 / Q97KL0 / PROTEIN STRUCTURE INITIATIVE / NESG / PSI / Northeast Structural Genomics Consortium | ||||||
機能・相同性 | Uncharacterized protein family UPF0047 signature. / YjbQ-like / Uncharacterised protein family UPF0047, YjbQ / YjbQ-like superfamily / Uncharacterised protein family UPF0047 / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta / Uncharacterized conserved protein YjbQ/UPF0047 family, ortholog yugU B.subtilis 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Clostridium acetobutylicum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2 Å | ||||||
データ登録者 | Kuzin, A.P. / Chen, Y. / Vorobiev, S. / Yong, W. / Acton, T. / Ho, C.-K. / Conover, K. / Cooper, B. / Ciano, M. / Xiao, R. ...Kuzin, A.P. / Chen, Y. / Vorobiev, S. / Yong, W. / Acton, T. / Ho, C.-K. / Conover, K. / Cooper, B. / Ciano, M. / Xiao, R. / Montelione, G. / Tong, L. / Hunt, J. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) | ||||||
引用 | ジャーナル: To be published タイトル: X-RAY STRUCTURE NORTHEAST STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM TARGET CAR10 FROM C. ACETOBUTYLICUM 著者: Kuzin, A.P. / Chen, Y. / Vorobiev, S. / Yong, W. / Acton, T. / Ho, C.-K. / Conover, K. / Cooper, B. / Ciano, M. / Xiao, R. / Montelione, G. / Tong, L. / Hunt, J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 1xbf.cif.gz | 83.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb1xbf.ent.gz | 69 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 1xbf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 1xbf_validation.pdf.gz | 458.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 1xbf_full_validation.pdf.gz | 466.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 1xbf_validation.xml.gz | 18 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 1xbf_validation.cif.gz | 24.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/1xbf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/1xbf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | |
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その他のデータベース |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 15779.571 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridium acetobutylicum (バクテリア) 参照: UniProt: Q97KL0 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 38 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 1.6 M Ammonium Sulfate, 0.1 M MES, 10% Dioxane, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 293K |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSLS / ビームライン: X4A / 波長: 0.97903 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 4 / 検出器: CCD / 日付: 2004年8月21日 |
放射 | プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97903 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2→30 Å / Num. all: 90139 / Num. obs: 47396 / % possible obs: 92.5 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 1.9 % / Biso Wilson estimate: 25.2 Å2 / Rsym value: 0.052 / Net I/σ(I): 12.1 |
反射 シェル | 解像度: 2→2.07 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.88 / Num. unique all: 4697 / Rsym value: 0.218 / % possible all: 98.6 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2→19.63 Å / Rfactor Rfree error: 0.006 / Data cutoff high absF: 663317.97 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
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溶媒の処理 | 溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 54.788 Å2 / ksol: 0.402676 e/Å3 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 31.1 Å2
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Refine analyze |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2→19.63 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2→2.13 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
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Xplor file |
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