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- PDB-1xb1: The Structure of the BIR domain of IAP-like protein 2 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xb1
タイトルThe Structure of the BIR domain of IAP-like protein 2
要素
  • Baculoviral IAP repeat-containing protein 8
  • Diablo homolog, mitochondrial
キーワードAPOPTOSIS / IAP / caspase inhibition / SMAC / Diabolo
機能・相同性
機能・相同性情報


activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process by cytochrome c / Release of apoptotic factors from the mitochondria / CD40 receptor complex / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / Regulation of the apoptosome activity / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors ...activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process by cytochrome c / Release of apoptotic factors from the mitochondria / CD40 receptor complex / SMAC, XIAP-regulated apoptotic response / Regulation of the apoptosome activity / SMAC (DIABLO) binds to IAPs / SMAC(DIABLO)-mediated dissociation of IAP:caspase complexes / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to oxidative stress / cysteine-type endopeptidase inhibitor activity involved in apoptotic process / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / intrinsic apoptotic signaling pathway / positive regulation of protein ubiquitination / mitochondrial intermembrane space / cytoplasmic side of plasma membrane / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / ubiquitin protein ligase activity / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / neuron apoptotic process / regulation of cell cycle / positive regulation of apoptotic process / apoptotic process / negative regulation of apoptotic process / mitochondrion / nucleus / metal ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Smac/DIABLO-like superfamily / Smac/DIABLO protein / Second Mitochondria-derived Activator of Caspases / XIAP/BIRC8, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / BIR repeat. / BIR repeat ...Smac/DIABLO-like superfamily / Smac/DIABLO protein / Second Mitochondria-derived Activator of Caspases / XIAP/BIRC8, UBA domain / : / BIRC2/3-like, UBA domain / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / Inhibitor Of Apoptosis Protein (2mihbC-IAP-1); Chain A / BIR repeat. / BIR repeat / Inhibitor of Apoptosis domain / BIR repeat profile. / Baculoviral inhibition of apoptosis protein repeat / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Death-like domain superfamily / Ring finger / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Baculoviral IAP repeat-containing protein 8 / Diablo IAP-binding mitochondrial protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Shin, H. / Renatus, M. / Eckelman, B.P. / Nunes, V.A. / Sampaio, C.A.M. / Salvesen, G.S.
引用ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2005
タイトル: The BIR domain of IAP-like protein 2 is conformationally unstable: implications for caspase inhibition
著者: Shin, H. / Renatus, M. / Eckelman, B.P. / Nunes, V.A. / Sampaio, C.A.M. / Salvesen, G.S.
履歴
登録2004年8月27日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
Remark 999SEQUENCE Residues 253-261, of chains A-F, comprise an N-terminal fusion from A-F human XIAP

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 8
G: Diablo homolog, mitochondrial
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 8
H: Diablo homolog, mitochondrial
C: Baculoviral IAP repeat-containing protein 8
I: Diablo homolog, mitochondrial
D: Baculoviral IAP repeat-containing protein 8
J: Diablo homolog, mitochondrial
E: Baculoviral IAP repeat-containing protein 8
K: Diablo homolog, mitochondrial
F: Baculoviral IAP repeat-containing protein 8
L: Diablo homolog, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,96535
ポリマ－78,46112
非ポリマー1,50423
水3,387188
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10510 Å2
ΔGint-571 kcal/mol
Surface area30820 Å2
手法PISA
2
A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 8
G: Diablo homolog, mitochondrial
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 8
H: Diablo homolog, mitochondrial
C: Baculoviral IAP repeat-containing protein 8
I: Diablo homolog, mitochondrial
D: Baculoviral IAP repeat-containing protein 8
J: Diablo homolog, mitochondrial
E: Baculoviral IAP repeat-containing protein 8
K: Diablo homolog, mitochondrial
F: Baculoviral IAP repeat-containing protein 8
L: Diablo homolog, mitochondrial
ヘテロ分子

A: Baculoviral IAP repeat-containing protein 8
G: Diablo homolog, mitochondrial
B: Baculoviral IAP repeat-containing protein 8
H: Diablo homolog, mitochondrial
C: Baculoviral IAP repeat-containing protein 8
I: Diablo homolog, mitochondrial
D: Baculoviral IAP repeat-containing protein 8
J: Diablo homolog, mitochondrial
E: Baculoviral IAP repeat-containing protein 8
K: Diablo homolog, mitochondrial
F: Baculoviral IAP repeat-containing protein 8
L: Diablo homolog, mitochondrial
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)159,93070
ポリマ－156,92224
非ポリマー3,00946
水32418
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_675x-y+1,-y+2,-z+2/31
Buried area28340 Å2
ΔGint-1405 kcal/mol
Surface area54320 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)88.689, 88.689, 191.355
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質
Baculoviral IAP repeat-containing protein 8 / Inhibitor of apoptosis-like protein 2 / IAP-like protein 2 / ILP-2 / Testis-specific inhibitor of ...Inhibitor of apoptosis-like protein 2 / IAP-like protein 2 / ILP-2 / Testis-specific inhibitor of apoptosis / XILP2


分子量: 12349.910 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: XILP2: HUMAN ILP2 WITH AN N-TERMINAL FUSION (RESIDUES 253-261 FROM HUMAN XIAP)
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BIRC8, ILP2 / プラスミド: pet15b(+) / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21DE3 / 参照: UniProt: Q96P09
#2: タンパク質・ペプチド
Diablo homolog, mitochondrial / Second mitochondria-derived activator of caspase / Smac protein / Direct IAP binding protein with low pI


分子量: 726.883 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成
詳細: The peptide was chemically synthesized. The sequence of the peptide is naturally found in Homo sapiens (human).
参照: UniProt: Q9NR28
#3: 化合物...
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 23 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 188 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 56 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.2
詳細: 5% PEG3000, 100mM Na acetate, 100mM Zinc acetate, pH 5.2, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 295K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年9月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 22931 / % possible obs: 92.9 % / 冗長度: 3 % / Rsym value: 0.071
反射 シェル解像度: 2.7→2.8 Å / Rsym value: 0.374 / % possible all: 96

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
AMoRE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.7→40.23 Å / Rfactor Rfree error: 0.008 / Data cutoff high absF: 1661581.93 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.277 1111 4.9 %RANDOM
Rwork0.232 ---
obs0.232 22904 93 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 70.4149 Å2 / ksol: 0.363543 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 44.3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-6.73 Å27.04 Å20 Å2
2--6.73 Å20 Å2
3----13.45 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→40.23 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4794 0 23 188 5005
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.006
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.2
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d22.1
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.81
LS精密化 シェル解像度: 2.7→2.87 Å / Rfactor Rfree error: 0.027 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.35 171 4.5 %
Rwork0.298 3624 -
obs--94.4 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2ION.PARAMION.TOP
X-RAY DIFFRACTION3WATER.PARAMWATER.TOP

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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