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- PDB-1xa5: Structure of Calmodulin in complex with KAR-2, a bis-indol alkaloid -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1xa5
タイトルStructure of Calmodulin in complex with KAR-2, a bis-indol alkaloid
要素Calmodulin
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / calmodulin / vinca alkaloid / KAR-2 / drug binding
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / spindle pole / protein domain specific binding / calcium ion binding / protein-containing complex / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair ...: / EF-hand / Recoverin; domain 1 / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-KAR / Calmodulin
類似検索 - 構成要素
生物種Bos taurus (ウシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.12 Å
データ登録者Horvath, I. / Harmat, V. / Hlavanda, E. / Naray-Szabo, G. / Ovadi, J.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2005
タイトル: The structure of the complex of calmodulin with KAR-2: a novel mode of binding explains the unique pharmacology of the drug
著者: Horvath, I. / Harmat, V. / Perczel, A. / Palfi, V. / Nyitrai, L. / Nagy, A. / Hlavanda, E. / Naray-Szabo, G. / Ovadi, J.
履歴
登録2004年8月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02004年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.32018年10月3日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.42023年10月25日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Calmodulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,7086
ポリマ－16,7211
非ポリマー9875
水95553
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)37.573, 37.573, 356.662
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Calmodulin


分子量: 16721.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Bos taurus (ウシ) / 組織: brain / 参照: UniProt: P62157
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-KAR / 3"-(BETA-CHLOROETHYL)-2",4"-DIOXO-3, 5"-SPIRO-OXAZOLIDINO-4-DEACETOXY-VINBLASTINE


分子量: 826.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C46H56ClN5O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.79 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.7
詳細: CaCl2, MgCl2, cacodylate, PEG 8000, pH 4.7, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 279K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: EMBL/DESY, HAMBURG / ビームライン: X11 / 波長: 0.813 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: CCD / 日付: 2003年2月24日 / 詳細: Triangular monochromator, Bent mirror
放射モノクロメーター: mirror / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.813 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.12→20 Å / Num. all: 9429 / Num. obs: 9429 / % possible obs: 98.7 % / Observed criterion σ(F): -0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.5 % / Biso Wilson estimate: 33.408 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.077 / Net I/σ(I): 23.39
反射 シェル解像度: 2.12→2.2 Å / 冗長度: 9.38 % / Rmerge(I) obs: 0.306 / Mean I/σ(I) obs: 8 / Num. unique all: 858 / % possible all: 88.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.1.24精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: C-terminal domain of pdb entry 1lin truncated to poly-ALA

1lin


解像度: 2.12→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.909 / SU B: 6.383 / SU ML: 0.164 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.255 / ESU R Free: 0.207 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26105 448 4.8 %RANDOM
Rwork0.2179 ---
all0.21992 8981 --
obs0.21992 8981 99.15 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL WITH MASK
原子変位パラメータBiso mean: 17.023 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.26 Å20.13 Å20 Å2
2--0.26 Å20 Å2
3----0.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.12→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1093 0 63 53 1209
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0050.0211172
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.02953
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2322.0251598
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.55232217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.0185142
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.2176
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.021307
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other00.02206
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2470.3341
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2660.31109
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other0.0880.5585
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2070.585
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.1340.514
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined0.2250.313
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other0.2520.351
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined0.3390.58
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.0672709
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.77831127
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.1152463
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it1.7193471
LS精密化 シェル解像度: 2.124→2.179 Å / Total num. of bins used: 20 /
Rfactor反射数
Rfree0.296 29
Rwork0.253 596
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.58183.1203-1.11216.7422-1.62032.2014-0.10950.1409-0.1078-0.14130.1362-0.26420.0579-0.0248-0.02670.1498-0.0514-0.00660.1558-0.01590.177419.20916.52126.236
21.83270.4906-0.91253.85720.49682.374-0.10280.29550.0494-0.19960.1004-0.01170.0191-0.00590.00240.2302-0.1032-0.04770.17250.02560.148710.31426.952141.129
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1AA3 - 743 - 74
2X-RAY DIFFRACTION2AA77 - 14877 - 148

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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