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万見
- PDB-1x9y: The prostaphopain B structure -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1x9y
タイトルThe prostaphopain B structure
要素cysteine proteinase
キーワードHYDROLASE / half-barrel / barrel-sandwich-hybrid
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type peptidase activity / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / proteolysis / extracellular region
類似検索 - 分子機能
prostaphopain b, domain 1 / Staphopain proregion domain / Staphopain peptidase C47 / Staphopain proregion / Staphopain proregion superfamily / Staphopain peptidase C47 / Staphopain proregion / Cystatin superfamily / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. ...prostaphopain b, domain 1 / Staphopain proregion domain / Staphopain peptidase C47 / Staphopain proregion / Staphopain proregion superfamily / Staphopain peptidase C47 / Staphopain proregion / Cystatin superfamily / Cysteine peptidase, histidine active site / Eukaryotic thiol (cysteine) proteases histidine active site. / Cysteine proteinases / Cathepsin B; Chain A / Papain-like cysteine peptidase superfamily / Roll / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Staphopain B / Staphopain B
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Filipek, R. / Szczepanowski, R. / Sabat, A. / Potempa, J. / Bochtler, M.
引用
ジャーナル: Biochemistry / 年: 2004
タイトル: Prostaphopain B structure: a comparison of proregion-mediated and staphostatin-mediated protease inhibition.
著者: Filipek, R. / Szczepanowski, R. / Sabat, A. / Potempa, J. / Bochtler, M.
#1: ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2003
タイトル: The Staphostatin-staphopain complex: a forward binding inhibitor in complex with its target cysteine protease.
著者: Filipek, R. / Rzychon, M. / Oleksy, A. / Gruca, M. / Dubin, A. / Potempa, J. / Bochtler, M.
履歴
登録2004年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02004年11月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32023年8月23日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: cysteine proteinase
B: cysteine proteinase
C: cysteine proteinase
D: cysteine proteinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)167,3864
ポリマ－167,3864
非ポリマー00
水4,378243
1
A: cysteine proteinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8471
ポリマ－41,8471
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: cysteine proteinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8471
ポリマ－41,8471
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: cysteine proteinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8471
ポリマ－41,8471
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: cysteine proteinase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,8471
ポリマ－41,8471
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.621, 104.918, 173.119
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
詳細The protein is a monomer

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要素

#1: タンパク質
cysteine proteinase


分子量: 41846.504 Da / 分子数: 4 / 断片: proenzyme (residues 37-393) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: sspB / プラスミド: pGEX-5T / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q70UQ8, UniProt: P0C1S6*PLUS, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 243 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.47 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.8 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 20% PEG 4000, 50 mM Bis-Tris, 5 mM Tris, pH 6.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 277.15K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU RU300 / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2003年10月9日 / 詳細: MSC Confocal MaxFlux mirrors
放射モノクロメーター: MSC Confocal MaxFlux / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→20 Å / Num. all: 53566 / Num. obs: 53566 / % possible obs: 99.3 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 2.7 % / Biso Wilson estimate: 46.9 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rsym value: 0.067 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.339 / Mean I/σ(I) obs: 3 / Num. unique all: 2535 / Rsym value: 0.339 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
CNS1精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1PXV

1pxv


解像度: 2.5→19.86 Å / Rfactor Rfree error: 0.005 / Data cutoff high absF: 2479432.46 / Data cutoff low absF: 0 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.276 2730 5.1 %RANDOM
Rwork0.244 ---
all0.246 53496 --
obs0.244 53496 99.1 %-
溶媒の処理溶媒モデル: FLAT MODEL / Bsol: 24.0088 Å2 / ksol: 0.311264 e/Å3
原子変位パラメータBiso mean: 38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--10.55 Å20 Å20 Å2
2---9.81 Å20 Å2
3---20.36 Å2
Refine analyze
FreeObs
Luzzati coordinate error0.41 Å0.35 Å
Luzzati d res low-5 Å
Luzzati sigma a0.44 Å0.43 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.5→19.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11112 0 0 243 11355
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target
X-RAY DIFFRACTIONc_bond_d0.007
X-RAY DIFFRACTIONc_angle_deg1.3
X-RAY DIFFRACTIONc_dihedral_angle_d23.8
X-RAY DIFFRACTIONc_improper_angle_d0.83
X-RAY DIFFRACTIONc_mcbond_it1.321.5
X-RAY DIFFRACTIONc_mcangle_it2.322
X-RAY DIFFRACTIONc_scbond_it1.712
X-RAY DIFFRACTIONc_scangle_it2.662.5
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.66 Å / Rfactor Rfree error: 0.017 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.361 438 5 %
Rwork0.342 8237 -
obs--98.2 %
Xplor file
Refine-IDSerial noParam fileTopol file
X-RAY DIFFRACTION1PROTEIN_REP.PARAMPROTEIN.TOP
X-RAY DIFFRACTION2WATER.PARAMWATER.PARAM

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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