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万見
- PDB-1x9x: Solution Structure of Dimeric SAM Domain from MAPKKK Ste11 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 1x9x
タイトルSolution Structure of Dimeric SAM Domain from MAPKKK Ste11
要素Serine/threonine-protein kinase STE11
キーワードTRANSFERASE / SAM domain / MAP kinase / Ste11
機能・相同性
機能・相同性情報


cell integrity MAPK cascade / osmosensory signaling pathway via Sho1 osmosensor / signal transduction involved in filamentous growth / pheromone response MAPK cascade / SAM domain binding / pseudohyphal growth / pheromone-dependent signal transduction involved in conjugation with cellular fusion / invasive growth in response to glucose limitation / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / cellular hyperosmotic response ...cell integrity MAPK cascade / osmosensory signaling pathway via Sho1 osmosensor / signal transduction involved in filamentous growth / pheromone response MAPK cascade / SAM domain binding / pseudohyphal growth / pheromone-dependent signal transduction involved in conjugation with cellular fusion / invasive growth in response to glucose limitation / mitogen-activated protein kinase kinase kinase / cellular hyperosmotic response / Oxidative Stress Induced Senescence / p38MAPK cascade / MAP kinase kinase kinase activity / JNK cascade / protein kinase activity / protein serine kinase activity / ATP binding / identical protein binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ras-binding domain of Byr2 / Ras-binding domain of Byr2 / Ras-binding domain of Byr2 / Transcription Factor, Ets-1 / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / DNA polymerase; domain 1 ...Ras-binding domain of Byr2 / Ras-binding domain of Byr2 / Ras-binding domain of Byr2 / Transcription Factor, Ets-1 / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain profile. / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Serine/threonine-protein kinase STE11
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
手法溶液NMR / distant geometry
データ登録者Bhattacharjya, S. / Xu, P. / Gingras, R. / Shaykhutdinov, R. / Wu, C. / Whiteway, M. / Ni, F.
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2004
タイトル: Solution structure of the dimeric SAM domain of MAPKKK Ste11 and its interactions with the adaptor protein Ste50 from the budding yeast: implications for Ste11 activation and signal ...タイトル: Solution structure of the dimeric SAM domain of MAPKKK Ste11 and its interactions with the adaptor protein Ste50 from the budding yeast: implications for Ste11 activation and signal transmission through the Ste50-Ste11 complex.
著者: Bhattacharjya, S. / Xu, P. / Gingras, R. / Shaykhutdinov, R. / Wu, C. / Whiteway, M. / Ni, F.
履歴
登録2004年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02005年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12008年4月30日Group: Version format compliance
改定 1.22011年7月13日Group: Version format compliance
改定 1.32022年3月2日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: database_2 / pdbx_nmr_spectrometer ...database_2 / pdbx_nmr_spectrometer / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_oper_list
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.42024年5月22日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serine/threonine-protein kinase STE11
B: Serine/threonine-protein kinase STE11


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,9202
ポリマ－15,9202
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)8 / 20structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Serine/threonine-protein kinase STE11


分子量: 7960.182 Da / 分子数: 2 / 断片: SAM domain (residues 37-104) / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: STE11 / プラスミド: pET14b / 生物種 (発現宿主): Escherichia coli / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 DE3 / 参照: UniProt: P23561, EC: 2.7.1.37

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDタイプ
1113D 15N-separated NOESY
222Filtered NOESY
NMR実験の詳細Text: Structure has been determined by 3-D NMR

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試料調製

詳細
Solution-ID内容溶媒系
10.8 mM Ste11 SAM, U-15N, 13C, 10mM phosphate buffer, 300 mM NaCl, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
20.8mM Ste11 SAM U-15N, 13C mixed with unlabelled Ste11 SAM, 90% H2O, 10% D2O90% H2O/10% D2O
試料状態イオン強度: 300 mM NaCl / pH: 5.8 / 圧: ambient / 温度: 288 K

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NMR測定

放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M
放射波長相対比: 1
NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE5002

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA1.0.6Guentert構造決定
CYANA1.0.6Guentert精密化
精密化手法: distant geometry / ソフトェア番号: 1
詳細: Total distant constraints used, 1, 140, inter-subnuint NOE: 40, intra-subunit NOE:1134, dihedral angle:60
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 8

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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